Kế toán thuế là một khái niệm khá quen thuộc trong công tác quản lý thuế, đây là một quá trình nghiệp vụ rất cơ bản, nếu được thực hiện tốt sẽ góp phần nâng cao hiệu quả công tác quản lý thuế. Kế toán thuế có nhiệm vụ ghi nhận, xử lý, kiểm tra, giám sát, phân tích và cung cấp thông tin về tình hình thu, nộp thuế, phí, lệ phí và các khoản thu khác của người nộp thuế ( NNT). Kế toán NNT phản ánh tất cả các nghiệp vụ phát sinh liên quan đến từng cơ sở như : kê khai, điều chỉnh, các quyết định của cơ quan thuế, phạt, nộp thuế, hoàn thuế, thoái trả tiền thuế … theo từng sắc thuế, trong đó mỗi nghiệp vụ phát sinh được ghi đơn vào tài khoản của NNT và thể hiện bằng từng dòng giao dịch.
Hiện nay, hệ thống quản lý kế toán thuế hoạt động dựa trên nguyên tắc số phát sinh, các tờ khai, quyết định, chứng từ được nhập vào hệ thống, đồng thời được ghi vào 6 sổ, bao gồm :
+ (1) Sổ phát sinh
+ (2) Sổ theo dõi thu nộp
+ (3) Sổ theo dõi tình hình nợ thuế
+ (4) Sổ theo dõi tinh hình nợ thuế tổng hợp + (5) Sổ diễn giải thu nộp
+ (6) Sổ theo dõi thu nộp của NNT và thể hiện theo dõi từng dòng giao dịch.
Các báo cáo về tình hình kế toán thuế sẽ được lấy từ các sổ, phương thức này đã không còn ưu việt vì không xem được nhiều chiều. Hiện nay, phương pháp quản lý kế toán thuế đã bộc lộ nhiều thiếu sót như hệ thống không linh hoạt, và không hỗ trợ được nhiều cho cơ quan thuế trong việc quản lý, kiểm soát tất cả các nghiệp vụ phát sinh của NNT và cung cấp thông tin kịp thời phục vụ các đối tượng nộp thuế.
Tổng cục thuế đa nhận thức được điều này và hệ thống quản lý thuế TNCN ( PIT) đang được thiết kế được dự đoán là sẽ khắc phục được những nhược điểm của hệ thống quản lý kế toán thuế hiện hành.