2. Quản lý kê khai, khấu trừ thu nhập chịu thuế:
2.1. Quản lý việc kê khai thuế thu nhập cá nhân:
Kê khai thuế là khâu rất quan trọng trong quá trình quyết toán thuế thu nhập cá nhân .Nhờ đó mà cơ quan quản lý thuế mới có thể thu thập được thông tin, kiểm soát thu nhập của các đối tượng nộp thuế theo những khoảng thời gian nhất định, có thể là một tháng, một quý, một năm tùy thuộc vào mỗi một đối tượng khác nhau, thì cũng có những yêu cầu kê khai thuế thu nhập khác nhau, tất cả nhằm thực hiện cho quá trình quản lý việc thu nộp thuế được dễ dàng hơn.
Trong năm 2009 vừa qua, có một số nội dung mới liên quan đến chính sách miễn giảm thuế thu nhập cá nhân. Đối với các khoản thu nhập từ tiền lương, tiền công thì được thực hiện miễn thuế 6 tháng đầu năm, vì thế việc kê khai thuế năm 2009 thực chất chỉ là việc kê khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân cho 6 tháng cuối năm 2009. Đối với thu nhập từ kinh doanh của cá nhân kinh doanh cũng như vậy. Ngoài ra một số khoản thu nhập khác từ đầu tư vốn, chuyển nhượng vốn ... thì năm 2009 cũng đã được miễn thuế thu nhập cá nhân theo nghị quyết của Quốc hội và thông tư của Bộ Tài chính. Chính vì có chính
sách miễn giảm thuế 6 tháng đầu năm nên cách thức kê khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân cũng có một số thay đổi liên quan đến việc kê khai gia cảnh trong năm 2009. Bên cạnh đó, Ngành thuế cũng đã ban hành công văn số 451/TCT- TNCN ngày 8/2/2010 để hướng dẫn cụ thể việc kê khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân.
Hiện nay, đối tượng thực hiện quyết toán thuế TNCN bao gồm cơ quan chi trả thu nhập và cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công, thu nhập từ kinh doanh. Ngoài việc kê khai trên các mẫu kê khai bằng giấy tại các cơ quan thuế tại địa phương thì các cơ quan chi trả và cá nhân có thể sử dụng một giải pháp khác mà Tổng cục thuế đã cung cấp và đưa vào áp dụng, triển khai, đó là phần mềm hỗ trợ quyết toán thuế .Các phần mềm này sẽ giúp đỡ rất nhiều cho người nộp thuế không chỉ trong việc kê khai mà còn cả trong việc thực hiện quyết toán thuế thu nhập cá nhân. Khi kê khai thì cơ quan thuế và cá nhân có thể nhập dữ liệu , kiểm tra và chỉnh sửa thông tin có sai sót và in hồ sơ quyết toán thuế, sau đó cơ quan chi trả hoặc cá nhân gửi tệp dữ liệu tới cơ quan thuế bằng cách tải lên trang web www.tncnonline.com.vn hoặc ghi vào USB gửi đến cơ quan thuế. Nếu hồ sơ là giấy thì sẽ gửi trực tiếp hoặc qua đường bưu điện tới cơ quan thuế. Có thể nói việc sử dụng các phần mềm hỗ trợ quyết toán thuế sẽ góp phần giảm thiểu được nhiều công sức của cơ quan chi trả vì tận dụng được các phần mềm có sẵn để kết xuất dữ liệu quyết toán cần phải nhập lại dữ liệu. Cơ quan chi trả dễ dàng lập tờ khai quyết toán thuế và cung cấp thông tin quyết toán cho cá nhân từ các thông tin bảng kê. Bên cạnh đó, nó cũng hỗ trợ rất nhiều cho các cá nhân, do đại đa số người dân chưa có kinh nghiệm kê khai và không nhớ được các khoản thu nhập, số thuế đã khấu trừ trong năm, do đó việc kê khai có thể thiếu sót do thiếu thông tin. Hơn nữa, giải pháp này cũng tiết kiệm được rất nhiều thời gian và phiền hà vì đối tượng kê khai không phải đến tận cơ quan thuế.
Tuy nhiên, vẫn có rất nhiều người nộp thuế không thể tiếp xúc với các giải pháp mang tính công nghệ như trên vì nhiều lý do khách quan, thì có thể nộp hồ sơ quyết toán thuế hoặc hồ sơ khai thuế tháng đến cơ quan thuế. Hồ sơ hoàn thiện đương nhiên sẽ được gửi đến cơ quan thuế trực tiếp hoặc qua đường bưu điện. Trình tự, thủ tục của việc kê khai thuế tháng và khai hồ sơ quyết toán thuế được quy định chi tiết tại thông tư 84/2008/TT-BTC, cụ thể như sau :