Một khi đã được thành lập một cách hợp pháp thì khu bảo tồn phải được quản lý một cách có hiệu quả nhằm duy trì đa dạng sinh học. Thế giới đã có rất nhiều những “vườn quốc gia giấy” được thiết lập bởi những qui định của chính phủ nhưng lại không được quản lý một cách có hiệu quả trên thực tế. Ở một số nước, con người đã không ngần ngại triển khai sản xuất nông nghiệp, chặt phá hay khai khoáng ở một số khu bảo tồn.
Một thực tế nữa là việc quản lý tốt nhất đôi khi lại không cần phải có hoạt động gì vì các hoạt động quản lý có lúc không hiệu quả hoặc thậm chí có hại. Việc các nhà quản lý vườn quá sốt sắng trong việc dọn dẹp, thu gom cây cối bị đổ và phát quang bờ bụi để cải tiến bộ mặt cảnh quan của vườn có thể vô tình làm mất những nơi làm tổ, nguồn thức ăn của cả một tập hợp sinh vật ăn gỗ mục,... và nơi cư trú về mùa đông quan trọng của một số loài nhất định.
1. Các mối đe dọa đối với các vườn Quốc gia
Năm 1990, Trung tâm quan trắc bảo tồn thế giới (WCMC) và UNESCO đã tiến hành khảo sát 89 vị trí được coi là di sản của thế giới để xem xét các vấn đề về quản lý ở đó. Nhìn chung, những mối đe dọa đối với các khu bảo tồn ở Nam Mỹ là lớn nhất và ở Châu Âu là ít nhất. Vấn đề các loài thực vật ngoại lai nghiêm trọng nhất ở Châu Úc, Australia, New Zealand và các đảo ở Thái Bình Dương trong khi việc khai thác bất hợp lý các loài hoang dại, nạn cháy rừng, chăn thả và canh tác nông nghiệp là những mối đe dọa lớn ở cả Nam Mỹ và Châu Phi. Quản lý chưa đúng mức các vườn là vấn đề thường xảy ra đối với các nước đang phát triển ở Châu Phi, Châu Á và Nam Mỹ. Những mối đe dọa lớn nhất đối với các vườn quốc gia ở các nước công nghiệp phát triển có liên quan đến các hoạt động kinh tế như khai khoáng, chặt gỗ, nông nghiệp và các dự án thủy lợi.
2. Quản lý nơi cư trú
Một khu bảo tồn nhiều khi phải được quản lý rất nghiêm ngặt để bảo đảm gìn giữ các nơi cư trú nguyên thủy. Nhiều loài chỉ xuất hiện ở một nơi cư trú hoặc vào một giai đoạn diễn thế nhất định nào đó. Trong các vườn quốc gia nhỏ, có thể không có đầy đủ các giai đoạn của quá trình diễn thế và nhiều loài có thể bị mất đi vì chính lý do này. Các nhà quản lý vườn Quốc gia đôi khi cần phải chủ động quản lý những địa điểm nhằm bảo đảm cho tất cả các giai đoạn của diễn thế đều xảy ra tại đây. Cách phổ biến thường làm là thỉnh thoảng gây cháy cục bộ, có kiểm soát tại những khu vực đồng cỏ, cây bụi và những cánh rừng để khởi động lại quá trình diễn thế.
Quản lý nguồn lợi thủy sản ở các vùng đất ngập nước là một vấn đề cực kỳ quan trọng. Việc duy trì các vùng đất ngập nước là cần thiết để bảo tồn quần thể các loài chim nước, cá, lưỡng cư, thực vật thủy sinh và nhiều loài khác.
Khi quản lý các vườn cần cố gắng bảo tồn và duy trì các nguồn vật chất quan trọng mà nhiều loài phải phụ thuộc vào. Nếu như không thể giữ các nguồn này nguyên vẹn thì cần phải cố gắng xây dựng lại chúng.
Con người đã là một bộ phận của tất cả các hệ sinh thái trên thế giới từ hàng ngàn năm nay, và việc loại bỏ con người ra khỏi các khu bảo tồn thiên nhiên có thể sẽ dẫn đến những hậu quả lớn. Tuy nhiên, việc đưa người địa phương ra khỏi các khu bảo tồn có thể lại là sự lựa chọn duy nhất khi mà tài nguyên thiên nhiên đang bị khai thác tới mức sự toàn vẹn của các quần xã sinh vật đang bị đe dọa.
Trong bất kỳ một kế hoạch quản lý khu bảo tồn nào thì việc sử dụng khu bảo tồn của người dân địa phương và du khách cần phải là nội dung trung tâm, kể cả ở quốc gia phát triển lẫn quốc gia đang phát triển. Những người dân từ ngàn đời nay đã sử dụng các sản phẩm trong khu bảo tồn, nay đột nhiên không được phép vào trong đó nữa sẽ phải chịu đựng sự mất đi quyền được tiếp cận các nguồn tài nguyên cơ bản cần cho sự sinh tồn của họ. Vì thế hiển nhiên họ sẽ giận dữ và những người dân trong hoàn cảnh như vậy sẽ không thể là người ủng hộ mạnh mẽ cho công tác bảo tồn. Nhiều khu bảo tồn phát triển hay bị hủy hoại là tuỳ thuộc vào mức độ ủng hộ khai thác hay thù địch của những người sử dụng các khu vực này. Nếu nhân dân địa phương quán triệt được mục đích của khu bảo tồn và nếu mọi người đều nhất trí với các mục tiêu và quy định của các khu bảo tồn thì các cộng đồng sẽ được giữ lại trong vườn như bình thường. Trường hợp lý tưởng nhất là những người dân địa phương tham gia vào quy hoạch và quản lý khu bảo tồn, được đào tạo và tuyển vào làm trong ban quản lý và được hưởng lợi từ việc bảo tồn đa dạng sinh học cũng như hoạt động bảo vệ trong khu bảo tồn. Ngược lại, nếu quan hệ giữa dân địa phương và chính phủ vốn đã không tốt và không tin nhau, hoặc nếu mục đích của khu bảo tồn không được giải thích thỏa đáng thì dân địa phương có thể không chấp nhận việc thành lập cũng như tuân thủ các quy định của vườn. Trong trường hợp này, người dân địa phương sẽ gây xung đột với những người trong ban quản lý của vườn.
Chương trình Con người và Sinh quyển (MAB) của UNESCO đã thành lập một số các khu bảo tồn sinh quyển trên khắp thế giới nhằm cố gắng đưa các hoạt động của con người, các hoạt động nghiên cứu và bảo vệ môi trường vào cùng một địa điểm.