Việc giảm thiểu chất thải nên bao gồm: soát xét lại những quy phạm thực hành sản xuất hiện hành, tránh tạo chất thải, làm giảm bớt chất thải, tái sử dụng chất thải và tái chế chất thải.
• Nhận biết chất thải và chất gây ô nhiễm: Phải liệt kê tất cả các sản phẩm có thể
là chất thải (như: giấy, bìa, túi nhựa, dầu...) và các nguồn ô nhiễm (như: phân bón thừa, khói xả, dầu, tiếng ồn, chất phế thải, hóa chất, nước tắm cho cừu, thức ăn thừa, cá bệnh hoặc cá chết, tảo được loại ra khi làm sạch ao nuôi...) sinh ra trong quá trình sản xuất tại trang trại.
• Có kế hoạch hành động về chất thải và chất gây ô nhiễm: kế hoạch phải có giá
trị, mang tính toàn diện, có tính thông dụng, dưới dạng văn bản trong đó bao hàm việc giảm thiểu chất thải, chất ô nhiễm và tái chế chất thải. Phải quan tâm đến những yếu tố gây nhiễm từ không khí, đất, nước, tiếng ồn và ánh sáng.
Có những hoạt động và biện pháp quan sát được tại trang trại để xác nhận rằng các mục tiêu của kế hoạch hành động về chất thải và chất gây ô nhiễm đang được tiến hành.
Rác và chất thải trong trang trại và các công trình tại đó phải được thu dọn sạch sẽ để tránh tạo môi trường thuận lợi cho sự sinh sôi nẩy nở các loại động vật gây hại và những bệnh có thể tạo ra những nguy cơ liên quan đến an toàn thực phẩm. Việc quan sát cho thấy không bằng chứng nào về nơi sinh sản của động vật gây hại trong những khu vực chứa chất thải/rác tại những vùng đệm trung gian gần nơi sản xuất hoặc kho chứa. Có thể chấp nhận các loại rác, chất thải phụ và không đáng kể được trữ tại những nơi được thiết kế riêng cho việc này, cũng như là các loại rác thải được loai ra trong ngày làm việc. Tất cả các loại rác và chất thải khác phải được dọn sạch sẽ. Khu vực xử lý sản phẩm trong nhà thì phải được làm vệ sinh ít nhất 1 lần trong ngày. (chính yếu).
Trang trại phải có khu vực được thiết kế dành cho việc chứa rác và chất thải. Các loại chất thải khác nhau phải được nhận diện và bảo quản tách biệt.