3.4.2.1. Cải thiện vệ sinh môi trường
Phân bón động vật lên men trong hầm khí sinh học là cách hiệu quả để giải quyết phân động vật ở các vùng làm nông nghiệp. Nó làm bớt đi những mùi hôi thối và ruồi muỗi. Kết quả của một quá trình ủ phân trong hầm khí sinh học (30 ngày) loại bỏ các trứng giun, sán và các bệnh ký sinh trùng khác. Nó sẽ cải thiện môi trường. Nó sẽ giúp cho mọi người trong cộng đồng trong các vùng đó có sức khỏe tốt hơn, đồng thời cũng phòng trừ việc gây ảnh hưởng đến nguồn
nước tự nhiên mà có thể gây ra ô nhiễm nước. Cặn lắng trong hầm khí sinh học ít các chất hữu cơ hơn.
Ngoài ra sử dụng khí sinh học để đun nấu sẽ không còn khói bụi, hạn chế nóng nực. Nhờ vậy sẽ hạn chế các bệnh về mắt và hô hấp, cải thiện sức khỏe người sử dụng.
3.4.2.2. Bảo vệ môi trường sinh thái
Nguồn ô nhiễm môi trường tập trung là chất thải hữu cơ của các trại chăn nuôi, các nhà máy chế biến lương thực, thực phẩm… Để xử lý những nguồn gây ô nhiễm này, biện pháp xử lý kỵ khí là một trong những biện pháp đã được sử dụng từ lâu ở nhiều nước.
Các phế liệu nông nghiệp như rơm rạ, thân lá các cây trồng, phân động vật lâu nay là nguồn cung cấp chất đốt sinh hoạt quan trọng cho nhân dân nông thôn của các nước đang phát triển. Với cách sử dụng đốt trực tiếp như hiện nay, không những hiệu suất về năng lượng rất thấp mà còn làm mất hết của đất những chất dinh dưỡng, làm cho đất đai ngày càng trở nên nghèo kiệt và thải vào khí quyển nhiều chất độc hại. Trái lại, nếu phát triển công nghệ khí sinh học, ta vừa thu được chất đốt, lại vừa thu được phân bón để trả lại sự màu mỡ cho nó.
Công nghệ khí sinh học góp phần giải quyết chất đốt nên sẽ hạn chế được nạn phá rừng, hạn chế sự xói mòn đất bề mặt, bảo vệ môi trường sinh thái.