Độ pH thích hợp nhất cho lên men sản xuất khí sinh học nằm trong giới hạn từ 6,5 – 7,5. Trong điều kiện này sự sinh trưởng và phát triển của vi khuẩn sinh mêtan đạt giá trị cực đại, pH nhỏ hơn 6,4 có nghĩa là axit nhẹ được sinh ra nên vượt quá khả năng sử dụng của vi khuẩn sinh mêtan, nếu pH tiếp tục giảm sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến sinh trưởng và phát triển của loại vi khuẩn này. Nguyên nhân thừa axit có thể do:
- Tốc độ bổ sung nguyên liệu mới quá nhanh - Nhiệt độ bao quanh dao động mạnh
- Độc tố được tích lũy ảnh hưởng đến hoạt động của vi khuẩn sinh mêtan - Bề mặt dung dịch lên men bị một lớp váng quá dày bao phủ
- Có thể điều chỉnh pH cho thích hợp bằng cách giảm tốc độ bổ sung nguyên liệu, tìm cách ổn định nhiệt độ môi trường bao quanh hoặc thêm NH4, vôi, phá tan lớp váng…
Các nguyên tố cacbon và nitơ là thức ăn chủ yếu của vi khuẩn sinh mêtan kỵ khí. Tốc độ tiêu thụ C nhanh hơn N khoảng 30 lần, do đó phân rã kỵ khí tốt nhất khi nguyên liệu có tỷ lệ C/N là 30 : 1. Ngược lại khí nitơ quá thừa thì cacbon sẽ nhanh chóng bị sử dụng hết và sự lên men cũng bị ngừng lại.
Tuy nhiên cần phải lưu ý mấy điểm sau đây:
- N là lượng đạm tổng số, C là lượng cacbon tổng số không kể C của lignin; - Tỷ lệ C/N đo bằng phân tích hóa học trong phòng thí nghiệm đôi khi không đúng với thực tế;
- Hàm lượng C và N trong mỗi loại nguyên liệu dao động rất mạnh tùy thuộc vào nguồn gốc, thời gian sinh trưởng của động vật và thực vật…