Mỗi khu khám và điều trị bệnh có những dịch vụ khám và điều trị y khoa khác nhau, tùy theo các bệnh viện có các yêu cầu công việc riêng. Các bệnh viện lớn thường có các khu khám và điều trị với nước thải có mức độ ô nhiễm vi sinh gây bệnh, cặn lơ lững, các chất hữu cơ cao, hàm lượng BOD và COD cao hơn trong nước thải sinh hoạt.
Nhìn chung NTBV đặc trưng là chứa nhiều mầm bệnh đặc biệt là các bệnh truyền nhiễm.
Nước thải khu giải phẩu bệnh lý (mô học): Chứa máu, bệnh phẩm, dịch cơ thể chất khử trùng như formaladehyl.
Nước thải khu xét nghiệm: Chứa nhiều vi trùng gây bệnh khác nhau. Ngoài ra nước thải còn có khả năng nhiễm xạ từ các khu X-Quang, rửa
phim.
Việc XLNT bị nhiễm phóng xạ rất khó khăn và tốn kém (do chu kỳ phân hủy các chất phóng xạ khá lâu). Trong điều kiện hiện nay không đề cập đến loại nước thải này mà chỉ xử lý tính chất sơ bộ trong toàn bộ dây chuyền xử lý NTBV.
Nước thải khu điều trị vật lý: Chứa nhiều hợp chất hữu cơ halogen hóa (AOX).
Nước thải khoa truyền máu, huyết thanh học, khoa sản,… chứa nhiều huyết thanh và bệnh phẩm, hóa chất vô cơ kim loại nặng (Hg), các chất đệm, photphate, chất oxy hóa, dầu mỡ…
Nước thải từ các khu nghiên cứu, chứa các chất ô nhiễm:
Chất oxy hóa tẩy trùng môi trường: peroxides (H2O2). Dầu mỡ từ các ống bơm chân không, các thiết bị quay… Kim loại loại nặng trong các thuốc thử phân tích.
Các dung môi hữu cơ, huyết thanh và dịch cơ thể, thuốc tẩy.
Nguồn nước thải này có hàm lượng BOD5 và COD thấp hơn khu khám điều trị nhưng trên mức trung bình của nước thải sinh hoạt.