Nước thải sinh hoạt và nước thải từ các khu khám chữa bệnh từ bể phốt theo cống dẫn riêng dẫn tới hố thu gom. Trong hố thu gom bố trí một song chắn rác, cĩ tác dụng loại bỏ các tạp vật kích thước lớn cuốn theo nước, chủ yếu là băng bơng vệ sinh, giấy báo, bao nilon…
Từ hố gom nước thải được bơm chìm bố trí dưới đáy bơm vào bể điều hồ để điều hịa về lưu lượng và nồng độ nước thải. Tại đây, nước thải sẽ được sục khí để khuấy trộn. Nhờ đĩ, các chất hữu cơ sẽ được phân hủy một phần. Nước thải sau bể điều hịa được đưa vào SBR bằng bơm chìm.
Ở đây bố trí 2 bể SBR để nước thải được xử lý theo mẻ. Tại đây BOD, COD, SS được khử qua 5 giai đoạn làm đầy, sục khí và phản ứng, ổn định, rút nước và giai đoạn chờ. SBR là mơ hình xử lý nước thải hiếu khí từng mẻ, xử lý sinh học bằng bùn hoạt tính. Nước sau khi ra bể SBR được bơm qua bể trung gian để kiểm tra nồng độ và chất lượng nước. Từ bể trung gian được bơm chìm đặt trong bể trung gian bơm qua bể khử trùng.
Tại bể khử trùng, hố chất khử trùng được sử dụng là Clorua vơi CaOCl2. Tại đây hầu hết các vi sinh vật sẽ bị tiêu diệt, đảm bảo tiêu chuẩn vi sinh cho nước thải đầu ra. Nước từ bể khử trùng theo cống thốt nước xả ra hệ thống thốt nước chung của thành phố.
Nước thải sau xử lý đạt mức A, TCVN 5945 – 2005: Chất lượng nước – Nước thải cơng nghiệp và TCVN 5984-2001: Chất lượng nước cơng nghiệp được phép thải vào vực nước sơng. Chế độ điểu khiển hệ thống xử lý nước thải là tự động và bán tự động.