Hệ thống quản lý chất thải cơng nghiệp nguy hại (CTCNNH) cũng bao gồm cơng cụ quản lý và tổ chức thực hiện. Cơng cụ sử dụng trong quản lý CTCNNH là các điều luật, là các quy định, tiêu chuẩn mơi trường, chính sách thuế, thưởng phạt do nhà nước cũng như do các cơ quan địa phương cĩ thẩm quyền ban hành. Bên cạnh các cơng cụ về luật lệ, các cơng cụ kinh tế sẽ hỗ trợ đắc lực cho sự thành cơng của hệ thống quản lý CTCNNH. Một trong những cơng cụ kinh tế áp dụng trong quản lý CTCNNH là “phí gây ơ nhiễm phải trả”. Phí này bao gồm phí thu gom, vận chuyển, xử lý, chơn lấp chất thải và hồ sơ về chất thải. Phí này được tính tốn dựa trên khối lượng và tính độc hại của chất thải do cơng ty quản lý CTNH quyết định. Các hình thức xử phạt đối với những trường hơp vi phạm về quy định thải bỏ, lưu trữ vận chuyển, xử lý, chơn lấp CTNH sẽ do sở Tài nguyên – Mơi trường các địa phương quyết định.
Trình tự ưu tiên trong quản lý CTNH được thực hiện qua sơ đồ hình 4.4. Mục đích là nhằm quản lý chất thải nguy hại từ tất cả các loại hình cơng nghiệp, mà chất thải nguy hại chưa cĩ hình thức xử lý tại địa bàn nào đĩ.
Việc xây dựng lị đốt chất thải nguy hại là một dự án rất lớn đối với Việt Nam, nĩ cần sự đầu tư và vay mượn tài chính từ các tổ chức tài chính nước ngồi và xem
đây là một dự án dài hạn. Ngồi ra cần cĩ hệ thống quản lý chất thải (các hợp đồng thu gom, giám sát mơi trường…) và bộ máy điều chỉnh thích hợp (gồm giám sát và cưỡng chế).
Để quản lý chất thải nguy hại từ tất cả các loại hình cơng nghiệp (bên trong và bên ngồi các khu cơng nghiệp), mục đích chủ yếu của hệ thống quản lý chất lượng mơi trường là:
Xây dựng chi tiết kế hoạch và bộ máy điều chỉnh để quản lý chất thải nguy hại cơng nghiệp khu vực và xây dựng địa điểm để chơn lấp chất thải nguy hại.
Bảo đảm 100% xí nghiệp cĩ hợp đồng cam kết về quản lý chất thải cơng nghiệp nguy hại.
Thống kê hiện trạng của các hợp chất hữu cơ bền (POPs) và đề ra chiến lược giảm thiểu khả năng phát tán POPs ra mơi trường.
Một trong những vấn đề chính là chất thải nguy hại lẫn lộn trong những dạng chất thải cơng nghiệp khác và chúng được xả thải cùng nhau vào mơi trường (ví dụ như việc xả chất thải vào bãi chơn lấp). Việc phân loaijchaats thải gần như chưa hề được thực hiện. Ngồi ra, một số loại chất thải đang được tồn trữ, chờ đến khi xây dựng xong các thiết bị xử lý. Tuy nhiên, những thiết bị tồn trữ và phương thức tồn trữ lại khơng bảo đảm về khía cạnh mơi trường, sức khỏe và tính an tồn.
Những biện pháp được kiến nghị cho việc quản lý CTCNNH ở Việt Nam gồm: