Hệ thống ưu đĩi của Việt Nam là một trong những hệ thống phức tạp nhất trong khu vực. Cỏc ưu đĩi đầu tư cú rất nhiều loại khỏc nhau, lại được quy định rải rỏc trong cỏc luật và cỏc văn bản dưới luật khỏc nhau, gõy khú khăn cho cỏc cơ quan nhà nước trong cụng tỏc quản lý ưu đĩi đầu tư cũng như cho doanh nghiệp trong việc nhận biết và tiếp cận ưu đĩi đầu tư. Hơn nữa, cú những loại ưu đĩi đầu tưđược sử dụng nhằm đạt được đồng thời nhiều mục tiờu khỏc nhau và đụi khi cũn xung đột lẫn nhau, vớ dụ như vừa thu hỳt đầu tư lại vừa giải quyết cụng ăn việc làm, phỏt triển kinh tế địa phương, cõn bằng giới và khuyến khớch chuyển giao cụng nghệ.
Sự phức tạp càng được nhõn lờn khi cỏc địa phương tiếp tục đưa ra cỏc ưu đĩi riờng của địa phương mỡnh một cỏch tựy tiện để cạnh tranh thu hỳt đầu tư. Việc ỏp dụng cỏc chớnh sỏch riờng ban đầu cú thể thu hỳt được một số cụng ty đầu tư vào địa phương mỡnh, tuy nhiờn cú thể gõy ra cỏc ảnh hưởng xấu cả về mặt kinh tế và xĩ hội. Việc cỏc địa phương cạnh tranh thu hỳt đầu tư bằng cỏc chớnh sỏch ưu đĩi đầu tư riờng khụng những làm thiệt hại lợi ớch chung của cả quốc gia cũn làm cho cỏc nhà đầu tư lừng chừng chờđợi cỏc chớnh sỏch ưu đĩi hơn từ cỏc địa phương khỏc... Sự cạnh tranh này thường dẫn đến tỡnh trạng "đua đến kiệt sức" trong nội bộ một quốc gia.
Ưu đĩi đầu tư hiện nay tràn lan và chưa đỳng trọng điểm. Lẽ ra chỉ nờn tập trung ưu đĩi vào cỏc dự ỏn tỏc động lớn tới nền kinh tế, tỏc động đến chiến lược phỏt triển chung, tỏc động vào ngành nghề cần khuyến khớch. Cỏc ưu đĩi theo địa bàn đầu tưđối với những vựng khú khăn và đặc biệt khú khăn cũng cần được xem xột lại, bởi vỡ vụ hỡnh chung chỳng ta đang dựng cỏc ưu đĩi này đểđũi cỏc doanh nghiệp thực hiện chức năng xĩ
hội là xúa đúi, giảm nghốo. Hơn nữa, cú những địa bàn với cơ sở hạ tầng nghốo nàn đến mức ưu đĩi đến thế nào cũng khụng thu hỳt được đầu tư.
Trong cơ hội tiếp cận nguồn vốn của nhà nước cũng như cỏc dự ỏn lớn, cỏc doanh nghiệp nhà nước nhiều khi cũng được thiờn vị hơn. Những bất bỡnh đẳng khỏc cũn tồn tại như ưu đĩi đầu tư thiờn lệch vềđầu tư mới so với cỏc đầu tư mở rộng; chờnh lệch lớn về ưu đĩi đầu tư giữa cỏc doanh nghiệp trong và ngồi khu chế xuất, v.v...
Những ưu đĩi đầu tư hiện hành khụng phự hợp với cam kết của tổ chức thương mại thế giới (WTO) (như những yờu cầu về tỷ lệ nội địa húa, yờu cầu liờn quan đến xuất khẩu) cần phải được thay đổi hoặc bĩi bỏ để đỏp ứng những đũi hỏi của việc gia nhập tổ chức này.
Một hệ thống ưu đĩi hiệu quả phải mang tớnh chọn lọc; qui định rừ ràng, trỏnh được những đỏnh giỏ, xem xột mang tớnh chủ quan khi thực hiện; đơn giản và cuối cựng là phải bỡnh đẳng, minh bạch. Quan trọng hơn cả, hệ thống ưu đĩi đầu tư hiệu quả phải dựa trờn cơ sở kết quả hoạt động chứ khụng dựa trờn kế hoạch hay đề xuất.
Nhỡn chung, hệ thống hiện tại ở Việt Nam khụng đạt được những tiờu chuẩn trờn. Theo cỏc chuyờn gia MPDF/FIAS, Việt Nam nờn xem xột việc thiết kế lại một hệ thống ưu đĩi hồn tồn mới phự hợp với thụng lệ quốc tế thay vỡ tiếp tục điều chỉnh và sửa đổi. Chớnh phủ nờn xõy dựng một hệ thống ưu đĩi về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) cú định hướng, dựa trờn kết quả hoạt động và theo nguyờn tắc trỏnh phõn biệt đối xử, đơn giản và minh bạch.