Bên cạnh những cơ hội trên ngành thủy sản Việt Nam còn phải đối mặt với nhiều khó khăn như:
- Theo một chuyên gia bộ Công thương, khó khăn cho xuất khẩu thuỷ sản trong thời gian tới, chủ yếu vẫn là xu hướng bảo hộ thương mại, các hàng rào kỹ thuật, kiểm dịch chặt chẽ và thường xuyên ban hành các tiêu chuẩn mới khắt khe hơn về dư lượng kháng sinh và an toàn vệ sinh thực phẩm của các thị trường. Nếu không đáp ứng được yêu cầu của khắt khe về ATVSTP, dư lượng kháng sinh…thì sẽ lại xuất hiện tình trạng các lô hàng bị trả lại và các DN bị đình chỉ xuất khẩu. Điều này sẽ ảnh hưởng tới uy tín của hàng thủy sản Việt Nam và là lực cản cho xuất khẩu thủy sản của Việt Nam trong thời gian tới
- Một thực tế nữa là trong thời gian tới, các DN phải đứng trước khó khăn về thiếu nguyên liệu trong nước để sản xuất xuất khẩu trong khi thuế nhập khẩu nguyên liệu một số mặt hàng vẫn chưa đưa về mức 0%. Hiện nay, hầu hết các nhà máy chế biến cá Tra, Tôm đang thiếu nguyên liệu trầm trọng, do chưa đến thời vụ thu hoạch nên chỉ hoạt động được khoảng 70% công suất do thiếu nguyên liệu chế biến. Trong khi chi phí đầu vào tăng, lãi suất ngân hàng đang ở mức cao, nhiều nhà máy phải hoạt động cầm chừng, cho công nhân nghỉ luân phiên.Số nhà máy chế biến hải sản không Ngừng tăng lên trong khi năng lực nuôi trồng, khai thác trong nước có hạn, cạnh Tranh trở
nên gay gắt. Nhiều DN đã tăng cường nhập khẩu nguyên liệu. Tình trạng thiếu nguyên liệu này có thể còn kéo dài và nhiều nhà máy chế biến chưa dám đưa ra nhận định lạc quan về diễn biến của tình hình nguồn nguyên liệu trong thời gian tới. Theo dự báo của bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, để đáp ứng đủ nhu cầu chế biến xuất khẩu, sắp tới nhập khẩu hàng thuỷ sản của Việt Nam sẽ tăng từ 8 – 10%/năm, với giá trị khoảng 200 triệu USD/năm.
- Việc thực hiện liên kết giữa người nuôi và nhà chế biến chưa tốt, một số nhà máy chế biến có vùng nguyên liệu khi giá cá tăng cao đã không thu mua cá của dân hoặc cố tình làm giá để ép người nuôi, chậm thanh toán nợ so với hợp đồng mua bán nên người nuôi mất lòng tin vào DN. Vì vậy diện tích nuôi cá giảm làm cho tình trạng thiếu nguyên liệu càng trở nên khó khăn hơn.Bên cạnh đó, yếu kém trong khâu tiếp thị và thiếu đội ngũ các nhà quản lý cũng như lao động có trình độ cũng là khó khăn đối với ngành thuỷ sản.
- Tình trạng con giống (để nuôi trồng thuỷ sản) không đảm bảo, chất lượng thấp. Vấn đề sử dụng hóa chất, kháng sinh ở các công đoạn nuôi trồng và trước chế biến chưa được giải quyết dứt điểm. Tỷ giá tăng cao, thêm vào đó các DN khó tiếp cận vay vốn sản xuất chế biến (nếu như năm 2009 và 2010, DN được hỗ trợ về chính sách lãi suất thì năm nay không những không được hỗ trợ mà còn chịu sựtác động nhiều chiều của sự phục hồi kinh tế). Trong khi đó nhu cầu về nguyên vật liệu, nhu cầu về giá vận chuyển, nhu cầu về vốn tăng lên… các Ngân hàng thực hiện chính sách thả nổi lãi suất, sựđiều chỉnh giá nhiên liệu trong nước cộng với sự mất ổn định nền kinh tế của một số thị trường mặt hàng thủy sản Việt Nam chiếm ưu thế khiến sức mua và khả năng xuất khẩu của DN Việt Nam bị ảnh hưởng. Ngoài ra, khi kinh tế có dấu hiệu phục hồi, bằng các chính sách điều chỉnh về tiền tệ, tài khóa, các quốc gia tăng trưởng, có nền kinh tế mạnh hơn đẩy khó khăn về phía các quốc gia “yếu” hơn sao cho mang lại lợi cho họ nhiều hơn. Khi đó, chính các DN xuất khẩu Việt Nam sẽ phải gánh chịu. Tất cả các yếu tố này sẽ đẩy các DN sản xuất Việt Nam vào một năm hoạt động kinh doanh khó khăn.
- Tình trạng thiếu lao động có tay nghề do sự chuyển dịch lao động từ ngành chế biến thủy sản sang ngành khác và một số lượng lớn đi lao động tại các khu công nghiệp ngoài tỉnh; do thu nhập thấp, không ổn định dẫn đến việc các DN thiếu lao động có có
kinh nghiệm, tay nghề giỏi ngày càng gay gắt hơn làm ảnh hưởng không nhỏ tới hoạt động sản xuất kinh doanh ngành thủy sản.
- Nhật Bản là thịtrường lớn nhập khẩu thủy sản của Việt Nam chủ yếu là Tôm lại gặp phải khó khăn do sóng thần và động đất, nền kinh tế Nhật bị tàn phá nặng nề, để phục hồi chính phủnước này sẽ thực hiện nhiều biện pháp trong đó việc chi tiêu, nhất là các mặt hàng nhập khẩu xa xỉ sẽ bị giảm. Điều này sẽ là một thách thức lớn với ngành thủy sản Việt Nam trong thời gian tới.
Như vậy trong thời gian tới sẽ còn nhiều khó khăn, thách thức đối với các DN và ngành thủy sản Việt Nam. Để phát triển bền vững thì cần phải có định hướng cụ thể và giải pháp nhằm khắc phục những khó khăn trên để giúp ngành thủy sản có thể đạt được mục tiêu đã đề ra.