Thông qua sự xem xét kinh tế tư nhân trong các lĩnh vực khai thác, nuôi trồng, chế biến, dịch vụ hậu cần và thương mại thủy sản ở Kiên Giang ta thấy nổi lên những hạn chế như sau:
Khai thác: Nguồn thủy sản vùng ven bờ đang có dấu hiệu ngày càng cạn kiệt, cụ thể sản lượng khai thác bình quân /CV/năm có xu hướng giảm dần xuống qua các năm; trong cơ cấu sản lượng khai thác được thì các loại thủy sản có giá trị kinh tế thấp tăng. Số lượng tàu thuyền có công suất nhỏ còn quá lớn, hiện nay những tàu thuyền có công suất dưới 29 CV chiếm đến 53,55% tổng số tàu thuyền của tỉnh, loại tàu này chủ yếu khai thác ven bờ. Sản lượng hải sản khai thác tại Kiên Giang cho đến nay đã vượt quá khả năng cho phép, với trữ lượng các loại hải sản được xác định (qua điều tra khảo sát) là 464.660 tấn, khả năng cho phép khai thác dưới 40% trữ lượng, bằng 208400 tấn/năm, trên thực tế sản lượng khai thác qua các năm như sau:
Năm 1992 là 112.000 tấn đạt 53,74% sản lượng cho phép; chỉ tiêu tương ứng năm 1993 là 140.000 tấn và 68,17%; 1994 là 155.000 tấn và 74,38%; 1995 là 170.200 tấn và 81,67%; 1996 là 190.765 tấn và 91,54%; 1997 là 196.535 tấn và 94,31%; 1998 là 210.100 tấn và 100,81%; 1999 là 218.500 tấn và 104,85%.
Số liệu trên chưa gồm sản lượng hải sản mà tàu thuyền các tỉnh bạn đến ngư trường Kiên Giang khai thác. Như vậy, chỉ với lượng khai thác hải sản của tàu thuyền trong tỉnh thì năm 1999 đã vượt 4,85% sản lượng cho phép khai thác. Điều này đòi hỏi phải tổ chức lại hoạt động khai thác hải sản đối với các loại hình kinh tế tham gia vào đây để tránh tình trạng làm cạn kiệt nguồn tài nguyên.
Loại hình doanh nghiệp tư nhân trong khai thác thực tế vẫn chưa đăng ký đầy đủ số lượng hoạt động theo Luật doanh nghiệp tư nhân, đặc biệt là đối với loại tàu thuyền có công suất từ 20 CV trở xuống.
Nuôi trồng thủy sản: Do kinh tế hộ gia đình và tiểu chủ dựa trên cơ sở lợi thế của điều kiện tự nhiên vùng ven biển, sông ngòi, mương vườn để phát triển nghề nuôi trồng nên việc tổ chức nuôi trồng còn phân tán, quy mô nhỏ, tích lũy thấp, thiếu vốn, việc áp dụng
tiến bộ khoa học kỹ thuật còn là điều mới mẻ, phần lớn da vào kinh nghiệm tích lũy được qua thực tế là chính.
Việc tổ chức sản xuất theo kiểu chuyên canh, thâm canh còn quá ít so với khả năng và nguồn lợi.
Đầu tư của Nhà nước vào lĩnh vực này còn quá mỏng, do đó không đủ lực để khai thác thế mạnh và hiệu quả nuôi trồng không cao, từ đó hạn chế việc tích lũy vốn để tái đầu tư.
Chế biến: Mặc dù kinh tế tư nhân phát triển mạnh về số lượng nhưng quy mô nhỏ, vốn đầu tư thấp, họ chỉ đa dạng những mặt hàng truyền thống và sơ chế những mặt hàng tươi ướp đá cung cấp cho đơn vị chế biến xuất khẩu của Nhà nước. Các cơ sở chế biến hàng tươi sống của kinh tế tư nhân đã gây ô nhiễm môi trường trầm trọng do các chất thải không được xử lý.
Dịch vụ hậu cần nghề cá: Tuy ngành đóng tàu và sửa chữa tàu đủ sức phục vụ cho nghề khai thác thủy sản trong tỉnh cũng như ngoài tỉnh nhưng kỹ thuật chủ yếu là thủ công và bán thủ công, phần lớn dựa vào kinh nghiệm của những người cao tuổi, hàng chục cơ sở đóng tàu nằm rải rác phân tán ở các huyện, thị trong tỉnh.
Như vậy dịch vụ đóng, sửa tàu chỉ mới phát triển theo chiều rộng chưa đi vào chiều sâu.
Vận tải tuy đã đáp ứng cho nhu cầu lưu thông nhưng kỹ thuật bảo quản hàng thủy sản vận chuyển còn hạn chế, nhất là vận tải thủy, chỉ mới dùng phương pháp ướp đá nên làm giảm chất lượng sản phẩm.
Việc tổ chức kinh doanh các dịch vụ hậu cần còn mang tính phiến diện, chưa đồng bộ, thiếu cân đối, nhiều khâu còn bỏ trống, như sản xuất ngư lưới cụ, bao bì thủy sản, trong khi đó nước đá lại có xu hướng sản xuất thừa (cung lớn hơn cầu).
Thương mại: Kinh tế tư nhân trong khâu lưu thông hàng thủy sản một mặt làm sôi động thị trường, mặt khác gây ra tình trạng tranh mua tranh bán, tạo ra sự cạnh tranh không lành mạnh, làm mất trật tự trong lĩnh vực này.
Về mặt phân tích, chúng ta chia ra từng lĩnh vực, nhưng trong thực tế hiện nay ngày càng có nhiều doanh nghiệp hoạt động trên tất cả các lĩnh vực của nghề cá, tạo nên sự khép kín đan xen nhau, nhìn chung các doanh nghiệp tư nhân có xu hướng ngày càng đa dạng hóa ngành nghề kinh doanh.
Về cơ chế chính sách: Phát triển tàu có công suất lớn để khai thác xa bờ là một chủ trương đúng đắn của Đảng và Nhà nước ta đang được triển khai rầm rộ, nhưng thực hiện chưa có trọng tâm, trọng điểm, mà theo kiểu rải mành, chưa kết hợp với công nghiệp hóa ngành khai thác của tỉnh.
Chính sách đầu tư vào nghề cá trên các lĩnh vực chưa được cân đối đồng bộ, đã ảnh hưởng đến phát triển nguồn lực, nhất là khai thác tài nguyên thiên nhiên và nuôi trồng.
Hiện nay, các ngành chức năng vẫn chưa có số liệu nghiên cứu thật chính xác về trữ lượng cũng như khả năng khai thác cho phép trên ngư trường Kiên Giang. Hiện tại, chúng ta dựa vào kết quả điều tra nghiên cứu của tổ chức FAO (thời kỳ 1968 - 1971) của Viện nghiên cứu hải sản - Bộ thủy sản (1978 - 1981) và tài liệu thăm dò, khai thác của Liên Xô trong các năm 1978 - 1986 cùng thực tế khai thác của ngư dân qua các năm để dự tính nguồn lợi hải sản vùng biển Kiên Giang.
Chính sách đầu tư vào lĩnh vực nuôi trồng còn quá hạn hẹp so với tiềm năng sẵn có.
Nhìn chung, kinh tế tư nhân hoạt động trên các lĩnh vực của nghề cá đã có những đóng góp tích cực vào phát triển kinh tế xã hội của tỉnh, nhưng vì quá chú trọng tới lợi ích cá nhân, lợi ích trước mắt, chạy theo lợi nhuận, nên cũng gây ra tình trạng không bình thường trong quan hệ kinh tế, mất ổn định xã hội, ảnh hưởng xấu đến việc sử dụng tài nguyên thiên nhiên, ảnh hưởng đến môi trường sinh thái, việc thực hiện các chế độ chính sách đối với người lao động chưa được quan tâm thỏa đáng, chưa nghiêm chỉnh chấp hành đăng ký kinh doanh.