Vườn quốc gia Cúc Phương là một nơi mang giá trị lịch sử và là địa điểm khảo cổ. Các di vật của người tiền sử có niên đại cách đây khoảng 12.000 năm đã được phát hiện tại đây, chứng tỏ con người đã từng sinh sống tại khu vực Cúc Phương từ 7.000 đến 12.000 năm trước. Người ta đã phát hiện một loạt các hiện vật như mồ mả, rìu đá, mũi tên đá, dao bằng vỏ sò, dụng cụ xay nghiền v.v. trong một số hang động thuộc vườn quốc gia này. Gần đây, một phần bộ xương của một loài lưỡng cư biển, rất có thể là thằn lằn cá đã được phát hiện trong địa bàn vườn.
Năm 1960 , Cúc Phương được công nhận là khu bảo tồn rừng và theo Quyết định 72/TTg ngày 7 tháng 7 năm 1962 Cúc Phương được quyết định thành lập như là một khu rừng cấm với diện tích 20.000 ha đánh dấu sự ra đời khu bảo vệ đầu tiên của Việt Nam . Quyết định số 18 QĐ-LN ngày 8 tháng 1 năm1966 chuyển hạng lâm trường Cúc Phương thành Vườn quốc gia Cúc Phương và thành lập một Ban quản lý vườn quốc gia này. Quyết định số 333/QĐ-LN ngày 23 tháng 5 năm 1966 quy định chức năng và trách nhiệm của Ban quản lý .
2.1.2.Đặc điểm về địa lý và tự nhiên.
Vị trí địa lý : Vườn quốc gia Cúc Phương trải dài từ 20°14’ đến 20°24’ vĩ
bắc, 105°29’ tới 105°44’ kinh đông , nằm trong một thung lũng lớn dài 25km , giữa hai dãy núi đá vôi trong đoạn cuối dãy Hoàng Liên Sơn , ở ranh giới ba tỉnh Hoà Bình , Thanh Hoá và Ninh Bình (nhưng phân nửa nằm trên diện tích Ninh Bình).
Diện tích : Theo luận chứng kinh tế - kỹ thuật của vườn quốc gia đã được
Viện điều tra quy hoạch rừng xây dựng vào tháng 10 năm 1985 và được chủ tịch hội đồng Bộ trưởng phê duyệt theo quyết định số 139/CT xác định tổng diện tích đưa ra là 22.200 ha bao gồm 11.350 ha thuộc địa giới tỉnh Ninh Bình , 5.850 ha thuộc địa giới tỉnh Hòa Bình và 5.000 ha thuộc địa giới tỉnh Thanh Hóa. VQG Cúc Phương được phân làm 3 khu chức năng :Thứ nhất là khu bảo
vệ nguyên vẹn có diện tích là 20.745 ha có chức năng duy trì, bảo vệ những điều kiện tự nhiên nguyên thủy nhất, bảo vệ nguyên vẹn tài nguyên thiên nhiên, cảnh quan di tích lịch sử. Thứ hai là khu chuyên dùng với diện tích 743 ha có chức năng hoạt động dịch vụ, quản lý hành chính, nghiên cứu khoa học, dịch vụ du lịch và dân cư xen kẽ. Thứ ba là vùng đệm nhằm tạo vành đai bảo vệ tránh những tác động xấu của con người cho hai khu trên.
Độ cao :150-637m.
Địa hình, thuỷ văn: Vườn quốc gia Cúc Phương nằm ở phía nam dãy núi
Tam Điệp, một dãy núi đá vôi chạy từ tỉnh Sơn La ở hướng tây bắc.Dải núi đá vôi này với ưu thế là địa hình kiểu karst tự nhiên , hình thành trong lòng đại dương cách đây khoảng 200 Ma. Dãy núi đá vôi nhô lên đến độ cao 637m tạo thành một nét địa hình nổi bật giữa một vùng đồng bằng. Phần dãy núi đá vôi bao quanh vườn quốc gia có chiều dài khoảng 25 km và rộng đến 10 km, ở giữa thung lũng chạy dọc hết gần chiều dài của dãy núi.Tại đây có rất nhiều hang động với cảnh quan kì thú và ẩn chứa những chứng tích văn hóa lịch sử lâu đời như động Trăng Khuyết, động Chúa, động Thủy Tiên, động Người Xưa, hang Con Moong…
Phần lớn nước ở trong vuờn quốc gia bị hệ thống các mạch nước ngầm chằng chịt hút rất nhanh chóng, nước sau đó thường chảy ra ở những khe nhỏ hai bên sườn của vườn quốc gia. Do vậy không có ao hồ tự nhiên hay các thuỷ vực tĩnh nằm trong vườn quốc gia mà chỉ có một dòng chảy thường xuyên là sông Bưởi. Con sông này nằm ở phía tây vườn, chảy theo hướng bắc-nam đổ vào sông Mã.
Khí hậu : Khí hậu Cúc Phương thuộc loại nhiệt đới gió mùa , nhiệt độ
trung bình năm khoảng 24,7°C. Mùa khô ở Cúc Phương từ tháng 12 đến tháng 4 , mùa mưa từ tháng 5 đến tháng 11. Mưa khá to, dâng rất nhanh và rút cũng rất nhanh. Lượng mưa trung bình hàng năm lên tới 2.157mm với lượng mưa cao nhất là 3300mm vào năm1963.Số ngày mưa trung bình năm là 224 ngày.
Đến Cúc Phương đẹp nhất là vào mùa khô từ tháng 12-tháng 4,khi những cơn mưa dữ dội đi qua. VQG Cúc Phương là một khu rừng nguyên sinh với hệ sinh thái rừng nhiệt đới đa dạng, phong phú được bảo vệ nghiêm ngặt lại nằm trên tuyến đường du lịch với những điểm du lịch hấp dẫn như Bích Động, cố đô Hoa Lư, bãi biển Sầm Sơn…Vì vậy Cúc Phương chính là một điểm đến lí tưởng cho những ai yêu thích du lịch sinh thái.
2.1.3.Hệ sinh thái.
2.1.3.1.Thực vật
Nơi đây rất giầu có về đa dạng sinh học, với rất nhiều loại đặc hữu, rất nhiều trong số đó được ghi trong sách đỏ của Việt Nam, cũng như trên thế giới.Rừng ở đây là những khu rừng nhiệt đới.Có 5 lớp được phân chia ra: ba lớp gỗ, 1 lớp bụi và 1 lớp cỏ.Thực vật ở đây được chia làm 5 loại: A1, A2, A3, B, C.Nằm ở đỉnh cao nhất( A1) bao gồm các cây có chiều cao từ 40m – 50m.Loại cây tìm thấy ở đây như chò chỉ( Parasorea assamica) chò xanh( Terminalia myriocarpa) A2 là những lớp cây với tính đa dạng hơn, gồm những cây có chiều cao từ 20m – 35m.A3 là những loại khác với chiều cao từ 10m – 20m.Lớp bụi thì gồm những cây có chiều cao không quá 8h và lớp cỏ( C) là lớp nằm sát mặt đất.Lớp này khó có điều kiện phát triển vì bị một số giới hạn, tuy nhiên khi mà tán cây rừng mở ra thì nó phát triển rất mạnh.Ở trên núi đá vôi, lớp đất ở đây thì mỏng hơn so với lớp đá.Rừng ở đây chỉ có 3 lớp.Lớp trên cùng với chiều cao từ 15-30m bao gồm những cây gỗ lim lớn Lớp tiếp theo là những lớp có sự phát triển đều hơn với tán cây cao từ 10- 15m.Lớp thứ ba là những lớp cây bụi và cỏ.
Cúc Phương có sự phát triển hệ thực vật rất phong phú và đa dạng, là nơi tập trung của 4 luồng thực vật khác nhau. Một là luồng á nhiệt đới (long não, mộc lan, máu chó...). Hai là luồng nhiệt đới nóng ẩm (các cây họ thầu dầu, chò chỉ ). Ba là luồng ôn đới (dẻ, ngát...). Bốn là luồng Tây Nam (họ bàng, họ gạo, họ bồ hòn). Theo số liệu gần đây , Cúc Phương có 1983 loài
thực vật bậc cao thuộc 912 chi trong 219 họ, 86 bộ của 7 ngành, trong đó có 433 loài cây làm thuốc, 229 loài cây ăn được, nhiều loài đươc ghi trong sách đỏ Việt Nam. Thảm thực vật Vườn quốc gia Cúc Phương có ưu thế là rừng trên núi đá vôi,92% đất có thực vật che phủ,rất phong phú về loài. Ở một đôi chỗ, rừng hình thành nên nhiều tầng tán có thể đến 5 tầng rõ rệt, trong đó tầng vượt tán đạt đến độ cao trên 40m. Do địa hình dốc, tầng tán thường không liên tục và đôi khi sự phân tầng không rõ ràng. Nhiều cây rất phát triển hệ rễ bạnh để đáp ứng vơi tầng đất mặt thường mỏng. Vườn quốc gia hiện là nơi có nhiều loại cây gỗ lớn như: chò xanh, chò chỉ, đăng...Với diện tích bằng 1/700 diện tích miền Bắc, 1/1500 diện tích lãnh thổ cả nước nhưng hệ thực vật VQG Cúc Phương chiếm tỷ lệ 76% số họ, 48,6% số chi, 30% số loài của miền Bắc và chiếm 68,9% số họ, 43,6% số chi, 24,6% số loài hiện có ở Việt Nam. Những con số đó cho thấy tầm quan trọng của rừng Cúc Phương và bảo tồn Đa dạng sinh học. Song Vườn Quốc gia Cúc Phương còn nổi tiếng ở chỗ tồn tại những cổ thụ khổng lồ, như cây chò chỉ ( Parashorea chinensis ) sống trên 1000 năm tuổi, có phần thân dưới cành tới 70m, đường kính ngang ngực 2,4m ; cây chò xanh ( Terminalia myriocarpa Heurcket Muell ) thân cao 45m, chu vi gốc 25m ; cây Vù hương (Cinnamomum balansae) cao 48m, đường kính 2,5m v.v…Riêng hoa phong lan có tới 50 loài, có loài cho hoa và hương thơm quanh năm.