Trong giai đoạn này CPA VIET NAM ngoài việc căn cứ vào chơng trình kiểm toán mẫu mà còn dựa trên đặc điểm về qui trình hạch toán tiền lơng và các khoản trích theo lơng của từng khách hàng cụ thể để tiến hành đánh giá rủi ro tiềm tàng. Từ đó kiểm toán viên thiết kế thêm các thử nghiệm cần thiết để hớng tới việc phát hiện các rủi ro đó. Chính vì vậy có thể thấy rằng việc áp dụng chơng trình kiểm toán mẫu tại CPA VIET NAM là hoàn toàn linh động và hiệu quả.
Tuy nhiên, khi tiến hành đánh giá HTKSNB CPA VIET NAM lại chỉ đánh giá về hệ thống kiểm soát chung cho các hoạt động tổng thể trong đơn vị khách hàng mà cha đánh giá hệ thống kiểm soát cho từng chu trình cụ thể.
Việc thực hiện đánh giá HTKSNB chỉ dựa trên sự phán đoán và kinh nghiệm thực tế của kiểm toán viên mà không đợc thể hiện trên giấy tờ làm
việc. Bên cạnh đó việc đánh giá HTKSNB hầu nh chỉ đợc thực hiện ở các khách hàng năm đầu tiên, còn khách hàng quen của CPA VIET NAM thì chỉ đợc đánh giá khi nhận thấy có sự thay đổi lớn trong đơn vị khách hàng.
Đối với việc đánh giá tính trọng yếu và rủi ro CPA VIET NAM chỉ đa ra mức trọng yếu tổng thể cho toàn bộ BCTC mà cha phân bổ mức trọng yếu đó cho từng khoản mục trên BCTC. Cách đánh giá mức trọng yếu cũng chủ yếu phụ thuộc vào kinh nghiệm của chủ nhiệm kiểm toán. Chính vì thế mức trọng yếu ở đây chỉ mang tính định tính mà cha mang tính định lợng. Điều này sẽ gây khó khăn cho kiểm toán viên trong việc thu thập bằng chứng kiểm toán cả về số lợng và chất lợng.