Nhà nước thực hiện việc kiểm tra, giám sát các cơ sở giáo dục công lập và ngoài công lập, nhằm đảm bảo cho các cơ sở này phải tuân thủ các quy định của nhà nước. Các cơ sở giáo dục có trách nhiệm sử dụng kinh phí giáo dục đúng mục đích, có hiệu quả. Từng bước thực hiện kiểm toán tài chính hàng năm đối với các cơ sở giáo dục đào tạo. Bộ Giáo dục và Đào tạo phải chỉ đạo các địa phương xây dựng quy hoạch phát triển giáo dục phổ thông và phối hợp với Bộ Xây dựng quy hoạch xây dựng hệ thống các mục tiêu, trong điểm; tránh đầu tư vào các ngành , lĩnh vực mà nhu cầu xã hội không cao, hoặc khu vực kinh tế tư nhân có thể làm tốt. Để tăng cường hiệu quả thì cơ chế quản lý nhà nước cần thay đổi trên các nội dung sau:
Bộ Giáo dục Đào tạo cần có ý kiến thẩm tra khi phê duyệt dự án đầu tư cho các sử đào tạo trực thuộc các Bộ, ngành trung ương. Các Bộ ngành thực hiện chế độ báo cáo cho Bộ Giáo dục và Đào tạo để có thông tin kiểm tra, giám sát kế hoạch phát triển giáo dục đào tạo. Hoàn thiện cơ chế quản lý chung đối với các dự án ODA của ngành, tăng cường hoạt động giám sát của cơ quan quản lý nhà nước đối với các ban quản lý, ban điều phối dự án nhằm ngăn chặn những hành vi tiêu cực trong quá trình thực hiện các dự án và những vi phạm các quy định trong công tác mua sắm, đấu thầu.
Cơ quan quản lý giáo dục của địa phương (ở cấp tỉnh, thành phố là Sở Giáo dục và Đào tạo, ở cấp quận, huyện là Phòng Giáo dục và Đào tạo) cần có ý kiến thẩm định đối với các hoạt động đầu tư phát triển giáo dục ở địa phương. Sở Giáo dục và Đào tạo là cơ quan đầu mối cấp tỉnh thực hiện tổng hợp kế hoạch và ngân sách giáo dục đào tạo ở địa phương để báo cáo Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Xây dựng thống nhất bộ tiêu chuẩn quản lý tài chính giáo dục trong các cơ sở giáo dục và đào tạo và quy định báo cáo về tài chính của toàn bộ hế thống giáo dục cũng như của từng cơ sở.
Chính phủ quy định chức năng nhiệm vụ quản lý tài chính giáo dục. Trong đó quy định rõ chức năng nhiệm vục ủa các Bộ, ngành trung ương, của các địa phương trong việc phối hợp quản lý, kiểm tra, giám sát và báo cáo với Bộ Giáo dục và Đào tạo. Tiếp tục tăng cường phân cấp quản lý đầu tư và xây dựng cho địa phương, các trường đại học, cao đẳng, cùng với đó các định trách nhiệm cụ thể của các đơn vị trong quá trình xây dựng và triển khai cáca dự án đặc biệt là các dự án ODA.
Đại diện phụ huynh học sinh ở các cơ sở giáo dục mầm non và phổ thông, đại diện học sinh, sinh viên và đại diện giáo viên, giảng viên ở các cơ sở đào tạo nghề chuyên nghiệp có quyền và trách nhiệm giám sát sử dụng kinh phí của cơ sở giáo dục đào tạo theo quy chế hoạt động của trường được cấp có thẩm quyền phê duyệt.