khâu, nhiều ngành, nhiều cấp liên quan. Mỗi nội dung chi đều có đóng góp của 2 nguồn vốn đến từ 2 nơi khác nhau (Kho bạc và ngân hàng thương mại) với những tỷ lệ thanh toán khác nhau. Vấn đề hoàn thuế GTGT còn rất nhiều khó khăn đặc biệt đối với những dự án được phê duyệt trước khi Luật thuế GTGT được ban hành. Mặc dù quá trình hạch toán Dự án thực hiện theo cơ sở dồn tích, nhưng Báo cáo tài chính luôn phải lập theo 2 phương pháp. Chưa có tập huấn, hướng dẫn chính thức nào về lập báo cáo theo cơ sở tiền mặt. Khối lượng công việc kế toán Dự án luôn gấp 2 lần so với kế toán đơn vị hành chính sự nghiệp đơn thuần do luôn phải đáp ứng yêu cầu từ hai phía là Nhà nước Việt Nam và Ngân hàng thế giới.Quy trình thanh toán phức tạp, mất thời gian, do bộ máy quản lý hiện nay còn khá cồng kềnh, nhiều nhiệm vụ còn bị quy định chồng chéo lên nhau, dẫn đến hiệu quả của công việc thực hiện kém hiệu quả, khi xảy ra những bất cập thì rất khó xác định rõ trách nhiệm của bộ phận sẽ giải quyết vấn đề đó. Các quy trình để hoàn thiện các quy trình thủ thục đầu tư mất nhiều thời gian, điều này làm tăng thêm nhiều chi phí quản lý dự án, thuê chuyên gia nước ngoài, kéo dài thời gian của quá trình chuẩn bị thực hiện dự án. Đặc biệt đối với các dự án sử dụng nguồn vốn đầu tư của nước ngoài như các dự án dự án sử dụng vốn ODA thì các dự án phải tuân thủ song song hai hệ thống quản lý của chính phủ Việt Nam và nhà tài trợ, những quy định của hai bên về các vấn đề không phải lúc nào cũng có sự thống nhất của các bên và thường có những mâu thuẫn trong cùng một vấn đề. Hiện nay, quá trình quản lý đầu tư và xây dựng còn tập trung khá nhiều công việc ở cấp quản lý nhà nước, trách nhiệm còn quy định chung chung, làm cho các địa phương, các trường đại học chưa chủ động trong sử dụng nguồn vốn đầu tư có hiệu quả.
Chương 3: MỘT SỐ GIẢI PHÁP NÂNG CAO HIỆU QUẢ ĐẦU TƯ PHÁT TRIỂN NGÀNH GIÁO DỤC BẰNG NGUỒN VỐN NGÂN SÁCH NHÀ NƯỚC TRONG THỜI GIAN