Lập dự án là một công việc liên quan tới nhiều tổ chức, nhiều cá nhân trong đó cần phải có một cơ cấu tổ chức hợp lý mới hiệu quả. Để có thể tiến hành lập dự án thì trước hết dự án đó phải được các cấp Lãnh đạo trong công ty thông qua và sau đó mới đi vào lập dự án cụ thể. Đổi mới và nâng cao hiệu quả chỉ đạo điều hành của lãnh đạo công ty trong mọi hoạt động cũng như nâng cao hiệu quả làm việc của cán bộ, công nhân viên trong công ty, xây dựng một cơ cấu tổ chức hợp lý sẽ làm nâng cao chất lượng công tác lập dự án tại công ty.
Bộ máy của công ty gồm: đại hội đồng cổ đông, hội đồng quản trị, ban kiểm soát, tổng giám đốc, phó tổng giám đốc, và các phòng ban, các trung tâm. Nếu chức năng lãnh đạo của công ty luôn được đảm bảo và phù hợp thì các hoạt động của công ty sẽ đi đúng hướng đạt hiệu quả như mong muốn. Hiện nay công ty có chủ tịch hội đồng quản trị, một tổng giám đốc và hai phó tổng giám đốc chịu trách nhiệm chỉ đạo công ty, luôn luôn theo sát các hoạt động của công ty, điều hành các dự án, đề ra các phương hướng, nhiệm vụ, mục tiêu, kế hoạch hoạt động. Do đó, công ty cần tạo điều kiện để các cán bộ quản lý phát huy hơn nữa năng lực quản lý của mình. Cần phải có sự phối hợp chặt chẽ giữa các phòng ban trong công ty để tạo ra sự thống nhất thông suốt trong quá trình quản lý các hoạt động của dự án.
Đối với công tác tổ chức lập dự án, thực hiện phân công công việc rõ ràng, phân trách nhiệm cụ thể cho từng thành viên trong nhóm lập dự án. Trong quá trình soạn thảo công ty cần đưa ra một lịch trình lập dự án cụ thể, chi tiết hoá thời gian thực hiện các phần công việc từ đó tạo điều kiện cho các thành viên hoàn tất công việc