Bờn cạnh những ưu điểm đạt được, quỏ trình thực hiện pháp luật về thanh tra xây dựng cho thấy cũn một số hạn chế, bất cập cần sớm được nghiên cứu khắc phục như sau:
Một là, đỏnh giỏ chung về hệ thống các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến hoạt động thanh tra xây dựng có thể thấy rằng các quy định pháp luật về thanh tra xây dựng được quy định tản mạn trong nhiều văn bản khác nhau, nhỡn chung chưa hoàn chỉnh và đồng bộ, nhiều quy định chồng chéo, trựng lặp hoặc cũn thiếu những quy định cần thiết, thậm chí có những quy định đó lỗi thời, khụng phự hợp với thực tiễn cuộc sống nhưng chậm được sửa đổi, bổ sung, gây khó khăn cho công tác pháp điển hoá các văn bản quy phạm pháp luật trong lĩnh vực này. Xột về hình thức văn bản pháp luật quy định về tổ chức và hoạt động thanh tra xây dựng thỡ cơ bản mới chỉ dừng ở nghị định nên chưa bao quát đầy đủ tất cả các vấn đề về thanh tra xây dựng.
Nghị định số 46/2005/NĐ-CP của Chính phủ mới chỉ thỏo gỡ những vấn đề cơ bản trong tổ chức và hoạt động của thanh tra xây dựng mà chưa giải quyết cơ bản, toàn diện về cơ chế thanh tra xây dựng, sự phối hợp giữa các cơ quan thanh tra xây dựng với các cơ quan hữu quan, cơ quan thanh tra chuyên ngành khác, ví dụ thanh tra giao thụng cụng chớnh, thanh tra nhà đất, thanh tra nhà nước ở địa phương. Các văn bản hướng dẫn thi hành cũng như các văn bản pháp luật liên quan đến hoạt động thanh tra xây dựng chưa được ban hành đầy đủ, kịp thời, nhiều vấn đề phát sinh trong quá trình thanh tra chưa được điều chỉnh và hướng dẫn.... Điều này đũi hỏi trong thời gian tới cần thiết phải sớm ban hành văn bản quy phạm pháp luật về thanh tra xây dựng ở mức độ hiệu lực pháp lý cao hơn làm cơ sở đầy đủ cho tổ chức và hoạt động thanh tra xây dựng.
Hai là, cũn cú sự chồng chộo về thẩm quyền của thanh tra xây dựng với Các lực lượng thanh tra khác trong việc xử lý vi phạm. Các lĩnh vực xây dựng, giao thông công chính, nhà đất, tài nguyên môi trường đều có sự liên quan chặt chẽ với nhau nhưng mỗi lĩnh vực lại do một cơ quan thanh tra thực hiện với những nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể (thanh tra xây dựng, thanh tra giao thông công chính, thanh tra nhà đất, thanh tra môi trường..) nên trong nhiều trường hợp dẫn đến sự chồng chéo về thẩm quyền, thiếu cơ sở phối hợp giữa các cơ quan hữu quan trong việc xử lý những vi phạm pháp luật về xây dựng, thậm chí gây phiền hà, khó khăn cho Các chủ đầu tư, nhà thầu xây dựng. Vớ dụ, theo các quy định tại chương 2 của Nghị định số 126/2004/NĐ-CP ngày 26/5/2004 của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính trong hoạt động xây dựng, quản lý cụng trình hạ tầng đô thị và quản lý sử dụng nhà thỡ khi Các chủ đầu tư, nhà thầu xây dựng có hành vi vi phạm hành chính trong hoạt động xây dựng thỡ tuỳ tính chất, mức độ của hành vi mà có tới 11 loại chủ thể cú thẩm quyền xử phạt: Chủ
tịch Uỷ ban nhõn dõn cấp xó; Chủ tịch Ủy ban nhõn dõn cấp huyện, Chủ tịch Uỷ ban nhõn dõn cấp tỉnh; Thanh tra viên xây dựng xây dựng, Thanh tra viên xây dựng giao thụng - cụng chớnh, Thanh tra viên xây dựng nhà đất; Chỏnh Thanh tra xây dựng, giao thụng - công chính, nhà đất cấp sở; Chánh Thanh tra Bộ Xây dựng và các cơ quan thanh tra nhà nước chuyên ngành. Hơn nữa, có trường hợp cả Thanh tra viên xây dựng xây dựng và Thanh tra viên xây dựng nhà đất đều có quyền xử phạt theo khoản 1, Điều 38 của Nghị định.
Chớnh vỡ những bất cập, chồng chộo về thẩm quyền như vây trên nên không ít trường hợp các chủ đầu tư, nhà thầu xây dựng có vi phạm chưa tự giác chấp hành các quyết định xử phạt của Thanh tra xây dựng, không hợp tác, chõy ỳ, trốn trỏnh nghĩa vụ nộp phạt, thậm chí có hành vi cản trở, chống đối, gây khó khăn cho cơ quan thanh tra xây dựng thực thi nhiệm vụ.
Ba là, việc quy định cơ chế tham gia của nhiều ngành, nhiều cơ quan, tổ chức trong công tác thanh tra xây dựng như hiện nay đó làm cho cụng tác thanh tra xây dựng ở trong tình trạng bị phân tỏn, nhiều đầu mối, thiếu tập trung thống nhất cả về quản lý nhà nước và tổ chức thực hiện. Sự phân tán này ảnh hưởng không nhỏ đến các quan hệ giám sát, chỉ đạo, phối hợp, hỗ trợ, tham gia của các cơ quan, tổ chức có liên quan trong công tác thanh tra xây dựng. Đặc biệt, do chưa có sự gắn kết giữa Thanh tra xây dựng và Thanh tra nhà nước ở địa phương nên công tác Thanh tra xây dựng gặp phải những vướng mắc khi mà trong nhiều trường hợp cùng một vụ việc có hai cơ quan chịu trách nhiệm ra quyết định và tổ chức thanh tra, ví dụ như thanh tra xây dựng thanh tra việc cấp phép xây dựng, thanh tra nhà nước thanh tra về việc cấp vốn đầu tư, giải phóng mặt bằng….
Bốn là, thực tế cụng tác thanh tra xây dựng cho thấy rằng hiệu quả hoạt động thanh tra xây dựng phụ thuộc nhiều vào sự ủng hộ, phối hợp của các cơ quan liên quan và chính quyền cơ sở. Tuy nhiên, trên thực tế một số cơ quan, tổ chức cũn cú sự can thiệp khụng đúng thẩm quyền vào hoạt động của Thanh tra viên xây dựng; không thực hiện đúng nghĩa vụ, trách nhiệm trong việc tạo điều kiện, hỗ trợ, phối hợp, tham gia công tác thanh tra xây dựng theo quy định của pháp luật. Vớ dụ như không tạo điều kiện cho cơ quan thanh tra xác minh, khảo sát, đánh giá các tài liệu liên quan, trong khi đó pháp luật chưa có những quy định cụ thể, ràng buộc trách nhiệm của các cơ quan, cá nhân có liên quan khi không thực hiện đúng và kịp thời những yêu cầu, đề nghị của Thanh tra viên xây dựng theo quy định của pháp luật. Trong một số trường hợp tổ chức cưỡng chế, lực lượng cảnh sát chưa kịp thời hỗ trợ cơ quan thanh tra trong việc đảm bảo trật tự và an toàn trong quá trình cưỡng chế; một số nơi, cơ quan công an cũn cho rằng việc cưỡng chế là nhiệm vụ riêng của Các cơ quan thanh tra xây dựng chứ khụng phải nhiệm vụ của ngành mình nờn khi cơ quan thanh tra đề nghị bảo vệ cưỡng chế thỡ chậm cử người tham gia hoặc không cử đủ số người cần thiết khiến cho việc cưỡng chế trong một số trường hợp không đạt được kết quả dự kiến.
Năm là, Thanh tra xây dựng có ý nghĩa quan trọng trong việc đảm bảo thực hiện nghiêm chỉnh các quy định pháp luật về xây dựng, đảm bảo cho các công trình xây dựng được thực hiện theo đúng quy hoạch xây dựng và quy hoạch kiến trỳc. Tuy nhiên, trong thời gian qua, các cơ quan hữu quan chưa có sự chỉ đạo, phối hợp chặt chẽ, nhất là trong việc ỏp dụng Các biện pháp kiên quyết, ngăn chặn việc xây dựng trỏi phộp, phối hợp xử lý vi phạm pháp luật nên đó xảy ra nhiều vụ việc vi phạm pháp luật xây dựng nhưng xử lý khụng kịp thời, khụng đúng pháp luật nên đó gây bức xúc
trong dư luận. Theo số liệu của Sở Xây dựng Hà Nội, bảy tháng đầu năm 2007, các lực lượng chức năng đó lập biên bản 1.988 vụ vi phạm trật tự xây dựng, trong đó có 175 vụ sai phép, 806 vụ nhà không phép, 777 vụ xây nhà trái phép 985 vụ đó bị cưỡng chế. éiển hình là một số cụng trình lớn, tọa lạc ở những vị trớ đẹp như công trình số 221-223 phố Bạch Mai; số 4 phố éặng Dung; số 2 ngừ 31 Nguyễn Chí Thanh; tổ 31, cụm 2, phường Quảng An; số 16, tổ 6, cụm 2, phường Bưởi....ngang nhiên sai phạm sau hàng loạt biên bản, quyết định xử lý của chính quyền địa phương lẫn thanh tra xây dựng quận. Thậm chí có những công trình đó bị xử lý "cắt ngọn" rồi lại cố tình tỏi phạm tiếp, như công trình số 221-223 phố Bạch Mai, cụng trình tỏm tầng tại tổ 31, cụm 2, phường Quảng An [1]. Tại thành phố Hồ Chớ Minh, theo thống kê chưa đầy đủ, chỉ trong 6 tháng đầu năm 2007, ở TP.HCM đó cú 3.518 vụ vi phạm xây dựng sai phộp, khụng phộp, trong đó, chỉ có