Do đặc điểm và điều kiện cụ thể về kinh tế - xã hội ở địa phơng cũng nh tồn tại trong từng tổ chức tín dụng, nên việc thực hiện cơ chế tín dụng còn gặp nhiều khó khăn, tồn tại.
Trong mối quan hệ giữa các tổ chức tín dụng với các doanh nghiệp nổi lên nhiều bất cập: Các doanh nghiệp (cả doanh nghiệp quốc doanh và doanh nghiệp ngoài quốc doanh) có vốn lu động, hoặc vốn tự có quá nhỏ, nhiệm vụ đ- ợc giao lại rất lớn, nhất là đối với các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực xây lắp, về nguyên tắc, doanh nghiệp không thể vay vốn tín dụng gấp nhiều lần
vốn tự có, nhng thực tế lại trái ngợc, nhiều doanh nghiệp vay ngân hàng gấp 4-5 lần vốn tự có, thậm chí có doanh nghiệp dự nợ ngân hàng gấp hàng chục lần vốn tự có. Nhiều doanh nghiệp thiếu kinh nghiệm xây dựng các dự án đầu t, nh cha chủ động trong quá trình sản xuất kinh doanh từ khâu sản xuất đến khâu tiêu thụ sản phẩm, cha có chiến lợc thị trờng, nhất là khả năng thâm nhập thị tr- ờng bên ngoài, cơ sở hạ tầng, phơng tiện làm việc, trang thiết bị còn yếu kém, lạc hậu, năng lực điều hành kinh doanh của đội ngũ cán bộ quản lý còn nhiều hạn chế, đội ngũ lao động cha đợc đào tạo để theo kịp sự đòi hỏi của nền kinh tế thị trờng. Chuyển sang nền kinh tế thị trờng đã có thời gian khá dài, nhng tồn tại của cơ chế quan liêu bao cấp trong công tác tín dụng còn nặng, một số doanh nghiệp nhà nớc và tập thể trớc đây làm ăn thua lỗ buộc phải giải thể, sát nhập, kéo theo một khối lợng không nhỏ vốn tín dụng bị đóng băng, chuyển thành nợ khê đọng, khó đòi. Nhiều doanh nghiệp đợc thành lập mới, nhng làm ăn kém hiệu quả nên việc cho vay và thu hồi nợ còn nhiều hạn chế.
Hiện nay nguồn vốn quản lý và huy động của các tổ chức tín dụng trên dịa bàn đã tăng đáng kể, song phải thừa nhận rằng các tổ chức tín dụng vẫn cha đáp ứng đợc thật đầy đủ mọi nhu cầu vốn cho phát triển kinh tế - xã hội ở địa phơng, đặc biệt là nguồn vốn trung, dài hạn. Bên cạnh đó nhiều doanh nghiệp vẫn còn hoạt động kinh doanh thu lỗ, nên các tổ chức tín dụng không dám mạnh dạn đầu t. Một thực tế là trong khi nhu cầu vốn của các doanh nghiệp ngày càng lớn, nhng quan hệ tín dụng với ngân hàng lại không có hoặc không đầy đủ tài sản thế chấp, nên khi gặp khó khăn và rủi ro trong sản xuất kinh doanh, các ngân hàng thơng mại sẽ gặp nhiều khó khăn trong xử lý thu hồi nợ. Việc mở rộng phạm vi, quy mô đầu t trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn theo dự án còn nhiều khó khăn do hạn chế về bộ máy tổ chức của các tổ chức tín dụng và khả năng đảm bảo an toàn vốn vay ngân hàng. Mặt khác, trên địa bàn nông nghiệp, nông thôn tỉnh Hà Giang, ngoài 2 cây trồng có thế mạnh là cây chè và cây cam, thì còn nhiều lúng túng trong việc tìm ra cây trồng mũi nhọn có thể trở thành thế mạnh trong kinh tế hàng hoá, do vậy các tổ chức tín dụng cũng còn nhiều lúng túng trong định hớng đầu t vào khu vực này.
Tồn tại lớn nhất của các tổ chức tín dụng trên địa bàn Hà Giang là chất l- ợng tín dụng cha cao, một bộ phận vốn tín dụng bị sử dụng sai mục đích, kém hiệu quả, dẫn đến nợ quá hạn gia tăng. Mặc dù các tổ chức tín dụng đã áp dựng nhiều biện pháp tăng cờng thu hồi nợ quá hạn và nâng cao chất lợng tín dụng, nhng tình hình nợ quá hạn vẫn cha đợc khắc phục và còn tiếp tục gia tăng về số tuyệt đối.