Nghiệp vụ bảo lãnh phát hành đợc các CTCK đăng ký thực hiện nhng cho tới nay các CTCK mới chỉ dừng lại ở việc tiếp xúc với khách hàng hoặc nhận làm đại lý phát hành. Công ty Chứng khoán NHNO&PTNT Việt Nam đã tham gia nghiệp vụ này với vai trò làm đại lý phát hành kỳ phiếu cho NHNO&PTNT Việt Nam.
Trong tháng 5/2002, Công ty đã làm đại lý phát hành đợc 178 tỷ đồng Kỳ phiếu NHNo&PTNT Việt Nam không chính thức qua Sở giao dịch NHNo&PTNT Việt Nam. Phí đại lý Công ty đợc hởng: 888.893.463 đồng. Do hình thức bảo lãnh phát hành hiện nay là cam kết chắc chắn trong khi phí bảo lãnh phát hành không đ- ợc vợt quá 3% nên Công ty gặp khá nhiều khó khăn khi muốn triển khai nghiệp vụ này. Và trên thị trờng lúc đó cũng chỉ có CTCK Bảo Việt là thực hiện nghiệp vụ này qua việc bảo lãnh phát hành trái phiếu Quỹ hỗ trợ phát triển với giá trị trên 100 tỷ đồng. Còn lại các CTCK đều giống Công ty NHNo&PTNT Việt Nam nhận làm đại lý phát hành cho một số công ty cổ phần niêm yết và cha niêm yết.
Trong năm 2003, Công ty đã thực hiện nghiệp vụ Bảo lãnh phát hành Trái phiếu Chính phủ cho kho bạc nhà nớc Trung ơng (5 Hợp đồng) và Quỹ hỗ trợ phát triển (8 Hợp đồng). Công ty đã tham gia 7 đợt đấu thầu Trái phiếu qua Trung tâm giao dịch Chứng khoán, trúng thầu 298,6 tỷ đồng.
Tổng doanh số bảo lãnh phát hành của cả năm 2003 là 1.692 tỷ đồng, đạt 366% so với năm 2002.
Đặc biệt Công ty đã làm Đại lý phát hành đợc 611,77 tỷ đồng Trái phiếu NHNO&PTNT VN (chiếm gần 40% tổng số phát hành của toàn ngành) vừa tạo công ăn việc làm, góp phần mở ra một kênh huy động vốn mới cho NHNo&PTNT VN đồng thời tạo tiền đề để Công ty triển khai việc T vấn niêm yết trái phiếu cho NHNo&PTNT VN.