Việt Nam đã cam kết loại bỏ tất cả các biện pháp hạn chế định lượng với hàng nhập khẩu ngay khi gia nhập WTO trong đó có hạn ngạch thuế quan.
Tác động của cam kết này đối với nền kinh tế Việt Nam nói chung và nền nông nghiệp nói riêng là đáng kể. Thực tế này đang đặt các doanh nghiệp nông sản và người nông dân Việt Nam trước những thách thức không dễ gì vượt qua. Để gia nhập WTO, Việt Nam đã cam kết mở cửa thị trường nông nghiệp bằng việc cắt giảm thuế nông sản là 20% so với mức hiện hành. Đồng thời, cam kết loại bỏ hết các hàng rào phi thuế, trừ các biện pháp hạn ngạch thuế quan đối với 4 mặt hàng là đường, trứng gia cầm, lá thuốc lá và muối.
Đối với 4 mặt hàng này, mức thuế quan trong hạn ngạch là tương đương mức thuế Tối huệ quốc (MFN) hiện hành (trứng 40%, đường thô 25%, đường tinh 50-60%, thuốc lá 30%, muối ăn 30%), thấp hơn nhiều so với mức thuế ngoài hạn ngạch.
Mức cắt giảm thuế không đồng đều giữa các lĩnh vực: thuế thấp đối với vật tư nông nghiệp (giống nguyên liệu chế biến, thức ăn) là 0-10%; thuế trung bình 15-30% với các sản phẩm nông sản tươi (rau, quả, sữa, thịt); và thuế cao (40-50%) đến rất cao
khát. Với mức cắt giảm như vậy, đối tượng được bảo vệ là ngành công nghiệp chế biến hơn là nông dân.
Theo nhận định của các chuyên gia Bộ Công Thương, việc xoá bỏ hạn ngạch thuế quan cho một số lượng các mặt hàng nông sản mà Việt Nam vốn có khả năng cạnh tranh thấp sẽ gây ra những tác động tiêu cực đối với những người nông dân sản xuất trực tiếp, nhất là trong bối cảnh sản xuất nông nghiệp của Việt Nam vẫn là nền sản xuất nhỏ, phân tán, năng suất và chất lượng thấp, trong khi bình quân đất nông nghiệp theo đầu người quá ít, giá trị sản xuất nông nghiệp trên 1 ha canh tác trung bình ở mức 30 triệu đồng/ha. Đặc biệt, trong ngành đường và muối của Việt Nam, chất lượng sản phẩm thấp trong khi giá thành sản xuất lại cao đã kéo theo lượng hàng nhập lậu lớn từ các nước láng giềng với chi phí thành phẩm thấp hơn một cách đáng kể. Trong năm 2006, Việt Nam phải nhập khẩu khoảng 185000 tấn đường và 118515 tấn muối, trong khi lượng hạn ngạch mà Việt Nam cam kết khi gia nhập WTO là 55000 tấn đường và 15000 tấn muối.
Điều này cho thấy việc áp dụng hạn ngạch thuế quan đối với những mặt hàng này rõ ràng có tác động đáng kể đối với khả năng tiếp cận thị trường của các nhà nhập khẩu, từ đó ảnh hưởng tới việc xuất khẩu hàng nông sản cũng như đời sống người nông dân.
Theo đại diện của Uỷ ban quốc gia về Hợp tác kinh tế quốc tế, trong tương lai, nếu những ý kiến về việc mở rộng hạn ngạch thuế quan cho các mặt hàng nhạy cảm và đặc biệt được thống nhất trong khuôn khổ của vòng đàm phán Doha, thì Việt Nam, với tư cách là một thành viên của WTO, sẽ phải mở rộng hạn ngạch cho 4 mặt hàng vốn được áp dụng hạn ngạch thuế quan theo cam kết gia nhập WTO. Khi đó, những người nông dân sản xuất trực tiếp sẽ là những đối tượng bị ảnh hưởng đầu tiên và nặng nề nhất. Điều này sẽ kéo theo những tác động tiêu cực đối với không chỉ nền kinh tế, tới các mặt của đời sống xã hội, tới mục tiêu xoá đói giảm nghèo mà còn ảnh hưởng đến việc xuất khẩu hàng nông sản của Việt Nam trong hội nhập WTO.
Tuy nhiên, việc mở rộng hạn ngạch thuế quan cũng sẽ đem lại cơ hội lớn cho Việt Nam trong việc tiếp cận thị trường một cách dễ dàng hơn, đặc biệt là nếu hạn ngạch
thuế quan được mở rộng đối với những mặt hàng mà Việt Nam đang có lợi thế so sánh và tiềm năng xuất khẩu cao như: gạo, cà phê, hạt tiêu, điều, rau quả…
Các chuyên gia của Uỷ ban Quốc gia về hợp tác kinh tế cho rằng Chính phủ cần có những giải pháp vĩ mô và vi mô trong việc đẩy mạnh chuyển dịch cơ cấu kinh tế. Các biện pháp cụ thể được đề xuất bao gồm cơ cấu kinh tế trong nông nghiệp và nông thôn, từng bước chuyển mạnh phần lớn lao động sang làm công nghiệp và dịch vụ, mở rộng thị trường xuất khẩu lao động đi đôi với việc tăng cường đầu tư và hỗ trợ cho nông nghiệp và nông thôn bằng các biện pháp phù hợp với quy định của WTO như đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng thuỷ lợi, giao thông nông thôn, hỗ trợ nông dân áp dụng khoa học công nghệ vào sản xuất, bảo quản, phơi sấy.
Bên cạnh đó cần đầu tư cho các loại giống có năng xuất cao, chất lượng tốt để cung cấp cho nông dân với giá ưu đãi, phát triển hệ thống khuyến nông, giảm bớt sự đóng góp của nông dân đi đôi với việc tổ chức tiêu thủan phẩm hàng hoá cho nông dân, góp phần nâng cao sức cạnh tranh cho những mặt hàng phải xoá bỏ hạn ngạch thuế quan theo cam kết gia nhập…
Ngoài ra, Nhà nước cũng cần hoàn thiện cơ chế thông tin và cảnh báo để chủ động hơn trong việc đối phó với các biến động trên thị trường thế giới và trong nước. Đối với những mặt hàng nhạy cảm mà các nước phải cải thiện tiếp cận thị trường bằng cách mở rộng hạn ngạch thuế quan theo như kết quả có thể xãy ra trong vòng đàm phán Doha, Việt Nam có thể vận dụng những ưu đãi, đối xử đặc biệt và khác biệt dành cho các nước đang phát triển để có thể kéo dài thời gian thực hiện hoặc duy trì số lượng hạn ngạch nhất định dành cho những mặt hàng này.
Mặt khác, Việt Nam cần phối hợp với những nước đang phát triển khác có cùng quan điểm trong việc kêu gọi những nước phát triển nhanh chóng, xoá bỏ mọi trợ cấp không được phape theo quy định của WTO đối với những mặt hàng nông sản có tính nhạy cảm cao để bảo đảm sự công bằng và bình đẳng trong thương mại quốc tế, giúp hàng nông sản của những nước nghèo có thể tiếp cận dễ dàng hơn với thị trường nước giàu.
Về phía các doanh nghiệp và người nông dân, không có cách nào hơn là tự vươn lên chính mình, trước tiên các doanh nghiệp phải quan tâm nâng cao chất lượng các mặt hàng nông sản để nâng cao sức cạnh tranh theo 4 tiêu chí là “sạch, ngon, giá rẻ, số lượng lớn”. Muốn làm được điều này phải thực hiện liên kết tốt 4 nhà ( doanh nghiệp liên kết với nhà nước, nhà khoa học và nông dân). Trong đó, vai trò của doanh nghiệp là nắm bắt yêu cầu thị trường, của người tiêu dùng và các tiêu chuẩn chất lượng sản phẩm,các quy định về vệ sinh an toàn thực phẩm…để hướng dẫn, đặt hàng nông dân sản xuất đúng yêu cầu; kết hợp với nhà nước, nhà khoa học, ngân hàng…áp dụng các công cụ hỗ trợ, hướng dẫn, giám sát cho nông nghiệp, nông dân; tổ chức thu mua, bảo quản, chế biến, đóng gói, vận chuyển sản phẩm trước khi đưa ra thị trường; tổ chức mạng lưới bán hàng, tiếp thị sản phẩm, cung cấp các dịch vụ sau bán hàng và xây dựng thương hiệu nông sản; theo dõi phản ứng của thị trường và người tiêu dùng để điều chỉnh sản xuất của nông dân và các khâu khác trong quy trình sản xuất, kinh doanh của mình, từ đó có những hướng đi đúng đắn trong sản xuất và xuất khẩu hàng nông sản.