Bên cạnh những thành tựu đạt được, Hapro Mart vẫn đang tồn tại những hạn chế nhất định làm giảm hiệu quả kinh doanh.
- Về tham số sản phẩm: Danh mục hàng hoá phong phú nhưng chưa đủ sức cạnh tranh so với một vài đối thủ khác, nhất là so với hệ thống phân phối bán lẻ của nước ngoài. Bên cạnh đó, việc bày trí một vài hàng hoá còn lộn xộn, làm khách hàng khó tìm kiếm trong quá trình mua sắm. Nhiều loại hàng hoá trong Hapro Mart còn tồn nhiều, do việc không nghiên cứu nhu cầu khách hàng để biết xu hướng nhu cầu của khách hàng, từ đó có kế hoạch nhập hợp lý. Công tác quản lý và bảo quản hàng hoá còn yếu kém. Hoạt động kiểm kê hàng hoá chưa được quan tâm nên việc thiếu hụt hàng hoá còn tồn tại.
- Về tham số giá cả: Vì chính sách giá Hapro Mart theo đuổi là chính sách giá cố định nên khó thay đổi khi giá thị trường thay đổi. Bên cạnh đó, một vài hàng hoá chưa được niêm yết giá đã tiến hành bày bán nên sẽ khiến khách hàng cảm thấy không được hài lòng vì khách hàng đến với Hapro Mart với suy nghĩ giá hàng hoá luôn luôn được niêm yết sẵn.
- Về tham số phân phối: Hoạt động phân phối thông qua lực lượng bán hàng của Hapro Mart, bán hàng tại chỗ nên chưa khai thác được lượng khách hàng muốn đặt hàng đưa đến tận nhà do không có thời gian mua sắm. Bên
cạnh đó, lực lươọg bán hàng chưa có trình độ, kinh nghiệm trong việc xử lý những tình huống bất ngờ xảy ra.
- Về tham số xúc tiến: Hoạt động xúc tiến chưa được tiến hành đúng mức. Các hoạt động chưa phong phú, hình thức đơn giản nên hiệu quả truyền tin không cao. Hoạt động quảng cáo chỉ dừng lại ở hình thức quảng cáo qua băng rôn, áp phích, panô chứ chưa khai thác được các phương tiện khác. Ngân sách đầu tư cho hoạt động xúc tiến còn ít, chỉ chiếm khoảng 0,5% doanh thu.