Bên cạnh những kết quả đạt được như trên, Chi nhánh ngân hàng nông nghiệp và phát triển nông thốn Láng Hạ vẫn còn tồn tại một số điểm yếu sau:
Thứ nhất, hoạt động tín dụng vẫn tồn tại nhiều rủi ro tiềm ẩn. Cụ thể là năm 2003 và năm 2004, mặc dù tỷ lệ nợ quá hạn/tổng dư nợ rất thấp nhưng lại không phản ánh hết được rủi ro tín dụng. Do vậy, nhiều khoản nợ được ngân hàng đánh giá là nợ đủ tiêu chuẩn và không phải trích lập dự phòng rủi ro thì sang năm 2005 lại thành nợ xấu. Năm 2005 khi phân loại lại nợ theo quy định mới thì nợ cơ cấu lại thời hạn chiếm tỷ trọng rất cao trong tổng nợ không đủ tiêu chuẩn. Cũng trong năm này, tuy ngân hàng đã tiến hành thắt chặt tín dụng với một số doanh nghiệp làm ăn không hiệu quả nhưng tỷ lệ nợ xấu/tổng dư nợ vẫn cao, chiếm 3,49% tổng dư nợ. Theo ngân hàng thì tỷ lệ này nên ở mức dưới 3% thì tốt.
Thứ hai, công tác phân loại và xử lý nợ quá hạn còn chưa tốt. Năm 2005, tất cả các nhóm nợ được phân loại theo quy định mới 493 nên có xuất hiện một số sai sót như cuối năm có sự chênh lệch giữa các nhóm. Hơn nữa, nợ có khả năng mất năm 2005 là 36,9 tỷ, tương đương với 5% nợ xấu nhưng cán bộ tín dụng vẫn chưa có biện pháp cụ thể thu hồi các khoản nợ này. Trong năm, nợ quá hạn đã xử lý rủi ro là 118,9 tỷ nhưng thu nợ quá hạn đã xử lý rủi ro chỉ được 16,3 tỷ.
Thứ tư, mặc dù tỷ trọng cho vay thành phần kinh tế quốc doanh giảm dần qua các năm và năm 2005 là 36,1% tổng dư nợ nhưng tỷ trọng nợ xấu của thành phần này lại chiếm 44,2% tổng nợ xấu. Như vậy, ngân hàng vẫn chưa nhận thức được đầy đủ
những tác động, rủi ro khi cho vay doanh nghiệp nhà nước trong thời điểm hiện tại nên vẫn tập trung vốn cho vay với nhiều dự án lớn.