Bên cạnh những thuận lợi, hiện nay việc tuyển dụng viên chức cũng gặp phải những khó khăn nhất định. Những chế độ, chính sách một thời là động lực cho sự phát triển thì nay cũng chứa đựng một số điểm bất hợp lý, ảnh hưởng tiêu cực tới hoạt động tuyển dụng.
Trước tiên, cơ chế, chính sách đối với đội ngũ viên chức vẫn chưa tính đến đặc thù của hoạt động chuyên môn để có cơ chế sử dụng hiệu quả nhất nguồn lực chất xám. Một thời gian dài chúng ta coi công chức và viên chức gần như đồng nhất, cùng là người làm việc cho nhà nước, hưởng lương từ ngân sách nhà nước và đương nhiên phải thực hiện những nhiệm vụ mà nhà nước giao cho.
Vì vậy, cơ chế quản lý, sử dụng viên chức vẫn nặng về mệnh lệnh hành chính trong khi hoạt động của viên chức nhằm cung cấp dịch vụ. Viên chức và ĐVSNCL bị trói buộc bởi những quy định về tiền lương, bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, kỷ luật...
Do sự yếu kém về cơ chế quản lý và ý thức của các ĐVSNCL nên hiện nay nhiều đơn vị có sự dôi dư về viên chức, điều đáng nói đây lại là những viên chức trình độ chuyên môn thấp. Để loại bỏ một viên chức yếu kém ra khỏi vị trí là hết sức khó khăn bởi các quy định của pháp luật đều nhằm bảo vệ người lao động. Quy định về việc nghỉ hưu sớm và tinh giản biên chế đối với viên chức phần lớn vẫn dựa trên sự tự nguyện, đơn vị sự nghiệp không thể chủ động trong giải quyết việc này. Điều này khiến cho các ĐVSNCL khó có điều kiện tập trung nguồn lực để thu hút những viên chức có trình độ cao hơn, ngoài ra còn khiến môi trường làm việc trong đơn vị thiếu đi sự cạnh tranh cần thiết.
Cùng với đó là sự bất hợp lý trong cơ chế, chính sách đối với các ĐVSNCL. Các ĐVSNCL hiện nay vẫn được nhà nước ưu đãi về nhiều mặt như cơ chế, chính sách, cơ sở hạ tầng, nguồn ngân sách hỗ trợ hoạt động. Đây là sự ưu đãi cần thiết nhưng lại dẫn đến sự ỷ lại của các đơn vị này. Do không có áp lực cạnh tranh để thu hút nguồn nhân lực, nâng cao chất lượng dịch vụ nên việc tuyển dụng viên chức tại nhiều đơn vị không hiệu quả, chưa coi trọng việc tuyển dụng nhân tài hoặc tuyển dụng tràn lan để hưởng các chế độ ưu đãi của viên chức.
Các ĐVSNCL cũng phải chịu sự quản lý về nhiều mặt của nhà nước, từ việc tuyển dụng viên chức, trả tiền lương, nâng lương... Chính sách lương về cơ bản đã thụt lùi một khoảng khá xa so với sự phát triển nền kinh tế và đời sống xã hội. Tiền lương không hấp dẫn nên nhiều đơn vị đang gặp phải khó khăn trong việc thu hút nguồn nhân lực, đặc biệt là nhân lực có chất lượng cao. Theo hướng sắp xếp, các ĐVSNCL chỉ được thành lập, hoạt động cung ứng những dịch vụ thiết yếu cho xã hội mà khu vực tư nhân không thể hoặc không muốn đảm nhiệm. Điều đó sẽ dẫn tới việc các đơn vị này sẽ còn gặp khó khăn hơn trong
việc tuyển dụng bởi lẽ người lao động sẽ có xu hướng chọn những đơn vị mà họ có khả năng phát huy năng lực, hưởng đồng lương tương xứng.
Việc quản lý các ĐVSNCL bằng mệnh lệnh hành chính có thể làm mất đi sự cạnh tranh - yếu tố quan trọng trong sự phát triển. Nhà nước đầu tư thành lập các ĐVSNCL cung ứng dịch vụ công cho xã hội không nhằm mục đích lợi nhuận. Việc quy định mức viện phí, học phí ở mức thấp đảm bảo được ý nghĩa xã hội, nhưng sẽ làm ảnh hưởng tới sự phát triển của các đơn vị vì không đảm bảo được nguồn thu cho các hoạt động. Ví dụ, đối với một trường học thì nguồn thu chủ yếu là học phí, trong khi đó học phí lại được khống chế ở một mức độ nhất định, do đó các trường học sẽ khó tìm ra một nguồn thu nào khác bởi nhiệm vụ chính của trường là đào tạo. Như vậy, ngân sách nhà nước sẽ tiếp tục phải hỗ trợ cho hoạt động của đơn vị sự nghiệp. Nhưng mức hỗ trợ của ngân sách chỉ có hạn, do vậy các đơn vị sự nghiệp lại luẩn quẩn trong việc tìm nguồn thu để nâng cao chất lượng dịch vụ của mình và thu hút nhân lực đến làm việc.
Việc quản lý các ĐVSNCL chiếm một phần thời gian khá lớn của các cơ quan quản lý nhà nước. Nhưng nhiều cơ quan vẫn muốn giữ lại các ĐVSNCL để tạo thêm sức mạnh và thuận lợi hơn trong quản lý dịch vụ công. Do vậy, việc phân quyền cho đơn vị sự nghiệp trong các hoạt động trong đó có tuyển dụng viên chức cũng được thực hiện một cách rụt rè hơn.
Giải quyết được những vấn đề về cơ chế mới có cơ hội trong việc nâng cao chất lượng tuyển dụng bởi kể cả khi chúng ta có ban hành ra một đạo luật mới, nhưng trên cơ sở của một cơ chế quản lý cũ không phù hợp thì văn bản đó trước sau cũng tỏ ra kém hiệu quả.
Chương 3. CÁC GIẢI PHÁP NHẰM NÂNG CAO CHẤT LƯỢNG, HIỆU QUẢ CÔNG TÁC TUYỂN DỤNG VIÊN CHỨC