Về sự tồn tại của cơ chế hai chính quyền, trong một số công trình khoa học, các nhà nghiên cứu đã đưa ra nhiều lý giải sâu sắc về “tính bền vững” của cơ chế này. Điều tưởng nghịch lý là, thế lực phủ chúa và giới quân sự Nhật Bản luôn giữ thế áp đảo nhưng dường như các võ tướng không muốn hoặc không thể lật đổ vương quyền như vẫn thường thấy ở các quốc gia khác.
Chính quyền Mạc phủ với thiết chế chính trị của nó, vừa mang tính chất quân sự vừa có chức năng dân sự, vừa thống trị Nhật Bản với tư cách là lãnh chúa lớn nhất vừa đóng vai trò của chính phủ trung ương, thay mặt Thiên hoàng cai quan đất nước, hoạch định chính sách quốc gia. Nhưng Mạc phủ vẫn luôn đề cao vị thế của Thiên hoàng. Ngay cả vào thời kỳ Nam – Bắc triều (1336 – 1392), tuy có quyền định đoạt mọi vấn đề chính trị quan trong nhất nhưng tướng quân họ Ashikaga vẫn phải chọn người thuộc dòng dõi hoàng gia đưa lên ngôi báu.
Đến thời Edo, Mạc phủ Tokugawa không những duy trì được địa vị thống trị của mình mà còn bảo đảm được sự phát triển ổn định và thống nhất đất nước suốt trong 267 năm. Bên cạnh việc ban hành những chính sách kinh tế - xã hội và thực hiện một chủ trương đối ngoại quyết đoán tương đối phù hợp với tình hình Nhật Bản thời bấy giờ thì việc giải quyết thành công mối quan hệ với triều đình Kyoto đã góp phần tạo nên sức mạnh cho chính quyền quân sự Edo. “Ở đất nước biệt lập như Nhật Bản,
luôn bị chia cắt bởi những thế lực cát cứ thì vị thế thiêng liêng và quyền lực của Thiên hoàng, dù chỉ là hư vị, là điều kiện cần để dung hòa các xung đột. Trong ý nghĩ đó, tướng quân được coi là kẻ bề tôi của Nhật hoàng cũng phải chấp nhận nguyên tắc tối thượng nêu trên”[4,269]. Thật vậy, trong điều kiện mà cương vị
tướng quân luôn là mục tiêu giành đoạt của nhiều lãnh chúa có thế lực thì việc thiết lập được quan hệ tốt đẹp với hoàng gia là một thử thách chính trị lớn đối với người đứng đầu Mạc phủ. Củng cố mối quan hệ chặt chẽ với Triều đình là một khâu then chốt trong việc duy trì thế ổn định của trật tự xã hội phong kiến.
Dưới thời Togukawa, Nho giáo được coi là tư tưởng chính thống với chữ Trung mang ý nghĩa chi phối các giá trị đạo đức khác. Các học giả uyên bác nhất của chế độ Mạc phủ đã tìm thấy trong giá trị của học thuyết Nho giáo nhiều điểm tương đồng với Thần đạo (Shinto), một tôn giáo chủ yếu là tôn thờ các vị thần tự nhiên, thể hiện bản sắc và thế ứng xử với tự nhiên của cư dân nông nghiệp Nhật Bản. Trên thực tế, Nho giáo Nhật Bản thời kỳ Edo, một hệ tư tưởng và lý luận đạo đức chịu nhiều ảnh hưởng của tư tưởng Tống Nho, đã đạt đến độ hòa trộn cao với tôn giáo bản địa. Hệ quả của sự tiếp nhận và giao hòa đó đã dần đến sự xuất hiện một hệ luận: “Thần
đạo là Trung quân mà Trung quân là Khổng giáo”. Cho nên, tư tưởng Trung quân
trở thành nguyên tắc của đạo đức truyền thống và được đề cao trong xã hội Nhật Bản. Do đó, mặc dù Mạc phủ nắm trong tay quyền lực chính trị thực sự những chính quyền Mạc phủ luôn coi việc duy trì những mối liên hệ thường xuyên với Thiên hoàng là sự thể hiện những nguyên tắc truyền thống của đạo đức phong kiến.
Với uy tín của Thiên hoàng có được là do nguồn gốc thuần thoại và tôn giáo. Theo thần thoại Nhật Bản thì Thiên hoàng có nguồn gốc trực tiếp từ Nữ thần mặt trời_ là người tạo ra các hòn đảo Nhật Bản. Chính yếu tố thần bí này đã tạo ra niềm tin tôn giáo ăn sâu vào tư tưởng của người Nhật Bản. Niềm tin này trở thành động lực mạnh mẽ và làm tăng thêm tính tự tôn dân tộc của ngưởi Nhật khi mà họ nghĩ rằng họ là con cháu thần Mặt trời và mảnh đất Nhật Bản của họ là mảnh đất thánh. Người Nhật từ nhỏ đã được dạy rằng Thiên hoàng của họ là thành thần. Mỗi khi Thiên hoàng đi qua là phải cúi đầu thấp để tỏ lòng kính trọng. Trẻ em được dạy rằng chúng sẽ bị mù nếu nhìn thẳng vào mặt Thiên hoàng. Cho nên, ở thời kỳ Mạc phủ, về danh nghĩa, Thiên hoàng vẫn là người đứng đầu nền quân chủ và đồng thời là biểu trưng cho truyền thống văn hóa, tinh thần thống nhất và sự hòa hợp dân tộc. Ngôi vị Thiên hoàng là hết sức cần thiết để hợp thức hóa quyền lực chính trị của mỗi tướng quân. Về phần mình, các tướng quân phải có trách nhiệm bảo vệ uy danh
truyền thống của Thiên hoàng, người đại diện và là hiện thân của Nữ thần mặt trời, vị thần bảo mệnh của toàn thể dân tộc. Địa vị của Thiên hoàng được quan niệm như một nhân tố thiết yếu trong đời sống tâm linh và hệ thống chính trị Nhật Bản. Nguồn gốc cao quý của Nhật hoàng thấm sâu trong truyền thống và ý thức dân tộc là biểu tượng cho tinh thần đoàn kết và thống nhất quốc gia đã khiến cho các tướng quân dù có tham vọng đến đâu cũng phải tính toán cẩn trọng trong các bước đi chính trị.
Như vậy có thể nói rằng Thiên Hoàng đóng một vai trò khá quan trọng mà không ai có thể làm thay đổi được. Chính vì vậy, những cuộc đấu tranh giành về địa vị thống trị xảy ra giữa các thể lực chính trị khác nhau trong xã hội đều núp dưới danh nghĩa bảo vệ Thiên Hoàng. Hay nói cách khác đều dương cao ngọn cờ Thiên Hoàng để hợp pháp hóa những hoạt động của mình. Chế độ chính trị của Nhật Bản từ xưa đến nay có thể coi là nhị nguyên hay là “lưỡng đầu chế” giữa một bên là Thiên Hoàng với một bên là các thế lực nắm quyền lực thực sự. Thời cổ đại thì một bên là Thiên Hoàng với một bên là dòng họ quý tộc, thời Trung đại thì một bên là Thiên Hoàng và một bên là Tướng quân, còn thời Minh Trị thì một bên là Thiên Hoàng và một bên là những người lãnh đạo trong Chính phủ Minh Trị, và cho đến nay cũng như vậy. Thiên hoàng ngự trên ngôi nhưng không cai trị về mặt thực tế. Tuy nhiên, việc dòng họ Thiên hoàng tồn tại suốt từ xưa cho đến nay qua bao nhiêu biến cố chính trị chứng tổ một điều rằng tuy Thiên hoàng không có quyền lực thực sự, không có ảnh hưởng nhiều về mặt chính trị nhưng lại có ảnh hưởng rất lơn trong việc duy trì địa vị thống trị của các thế lực cầm quyền ở Nhật Bản. Điều đó cho thấy rằng các thế lục nắm quyền thực sự không muốn và cũng không thể phế truất ngôi Thiên hoàng để giành hẳn quyền chủ động về tay mình bởi vì nếu làm vậy thì địa vị của họ cũng khó mà giữ được ổn định, các quyết định của họ cũng khó mà thực hiện được và cũng khó mà hô hào hiệu triệu được nhân dân.
Tóm lại, nếu xét dước góc độ chính trị thì sự tồn tại cảu Thiên hoàng chỉ là danh nghĩa hình thức nhưng lại không thể thiếu được trong việc duy trì địa vị thống trị của những thế lực nắm quyền trong lịch sử nói chung và thời Mạc phủ nói riêng. Xét về mặt xã hội thì Thiên hoàng như một “chất keo” kết dính mọi thành phần trong xã hội tạo ra một sức mạnh tập thể xung quanh Thiên hoàng.
Với danh nghĩa là thống lĩnh quân sự và là bề tôi gần gũi nhất, trung thành nhất của Thiên hoàng, bằng nhiều biện pháp khôn khéo, Mạc phủ đã tìm cách tách triều đình Kyoto ) ra khỏi mối liên hệ thường xuyên với bên ngoài. Mục tiêu chủ trương này là nhằm ngăn chặn không cho phép bất cứ thế lực nào có thể dựa vào Thiên hoàng để mưu toan việc ban thưởng, tấn phong hay xác lập liên minh chính trị. Do đặt chính quyền ở Edo, dưới danh nghĩa phục tùng Thiên hoàng, Mạc phủ đã lập Kyoto shoshidai (Kinh đô ty đại) ở Kyoto để kiểm tra mọi hoạt động của các lãnh chúa và toàn bộ hoàng gia. Các lãnh chúa, thậm chí cả những quý tộc cao cấp của triều đình nếu muốn diện kiến Thiên hoàng đều phải chịu sự giám sát và phải được đại diện của Mạc phủ ở shoshidai chấp nhận.
Năm 1615, nhằm thể thức hóa hoạt động của Hoàng gia, Mạc phủ đã cho ban hành luật Kinchu Narabini Kuge Shohatto (luật về thể thức hoạt động của hoàng tộc). Bộ luật gồm 17 điều quy định chặt chẽ khuôn khổ hoạt động của Thiên hoàng trong những mục tiêu văn hóa truyền thống và lễ nghi, khẳng định địa vị của Mạc phủ, quy định quan hệ của Thiên hoàng với các cơ sở tôn giáo, nguyên tắc sống bắt buộc trong cung cấm của các hoàng tử với giới quan lại cao cấp. Để khống chế, thắt chặt hơn nữa quan hệ với triều đình, Mạc phủ còn định ra thể thức hôn nhân với hoàng tộc. Đồng thời, Mạc phủ cung cấp cho triều đình khoản chi phí, lương thực lớn để triều đình có thể duy trì cuộc sống tương đối xa xỉ, xây dựng một số công trình kiến trúc, sửa chữa hoàng cung, tổ chức nghi lễ tôn giáo…
Với những biện pháp nêu trên, Thiên hoàng bị khống chế về mọi mặt, không thể can dự vào hoạt động chính trị của đất nước. Do đó, Thiên hoàng không có khả năng lật đổ được Mạc phủ.
Mặt khác, như đã biết, do được phân phong và do chiếm đoạt đất đai, các lãnh chúa lớn ở địa phương xuất hiện ngày càng nhiều và từ thế kỷ X, do sự suy yếu của chính quyền trung ương mà quyền quản lý các địa phương ngày càng tập trung vào tay những thủ lĩnh quân sự, lãnh chúa có thế lực. Các lãnh chúa dần dần củng cố, tăng cường thế lực, từ việc thành lập các nhóm vũ trang riêng biệt để bảo vệ mình và lấn chiếm đất đai, nhiều thủ lĩnh ra sức xây dựng lực lượng quân đội riêng. Đến thế
kỷ XI, các võ sĩ đoàn đã lần lượt xuất hiện và lực lượng võ sĩ sớm trở thành đẳng cấp trung tâm của xã hội.
Từ các địa phương, thế lực của các tập đoàn võ sĩ ngày một có uy thế đối với chính quyền trung ương. Sự hiện diện của đẳng cấp võ sĩ trên chính trường Nhật Bản là hệ quả của một quá trình phát triển lâu dài qua nhiều thế kỷ. Sự phát triển thế lực của các võ sĩ đoàn đã đe dọa trực tiếp sự tồn tại của Hoàng gia. Nhằm ngăn chặn nguy cơ tiếm quyền của những võ sĩ đoàn có thế lực lớn, triều đình đành phải nhờ cậy đến sự hậu thuẫn của các tập đoàn võ sĩ tin cẩn. Không ai khác, đó chính là Mạc phủ. Hậu quả là, sự phụ thuộc của chính quyền trung ương vào Mạc phủ ngày càng sâu sắc.
Như vậy, giữa Thiên hoàng và Mạc phủ có sự “cộng sinh” lẫn nhau, Mạc phủ nắm quyền hành trong cả nước nhưng không lật đổ Thiên hoàng và ngược lại, vì quyền lợi của mình, Thiên hoàng cũng không lật đổ (thực ra là không thể) Mạc phủ, mà phải dựa vào Mạc phủ để tồn tại. Do vậy, cơ chế “lưỡng đầu chế” của Nhật Bản đã tồn tại trong suốt thời kì phong kiến của lịch sử Nhật Bản từ năm 1192 cho đến 1868.