Như đã trình bày ở trên, trong quá trình thống nhất đất nước, Oda Nobubaga đã lật đổ Tướng quân cuối cùng của dòng họ Ashikaga. Tuy nhiên, quá trình thống nhất đất nước còn tiếp tục với Toyotomi Hideyoshi và Tokugawa Ieyasu để rồi, năm 1600, sau khi đánh bại liên minh 40 lãnh chúa, Ieyasu trở thành Tướng quân (năm 1603) và lập ra Mạc phủ ở Edo (Tokyo ngày nay). Từ đây, nội chiến, cát cứ hoàn toàn chấm dứt đồng thời mở ra một thời kỳ hòa bình và phát triển kéo dài hơn hai thế kỷ.
Lên làm tướng quân, Togukawa đã thi hành nhiều biên pháp nhằm củng cố Mạc phủ và chế độ phong kiến Nhật Bản. Ông đã xây dựng và củng cố tiến tới từng bước hoàn chỉnh hệ thống hành chính. Trong hệ thống đó, gồm có các cơ quan chính là Viện Nguyên Lão (Tairosho), Hội đồng các quan đầu ngành (Rojusho), Hội đồng xét xử.
Viện Nguyên Lão thực hiện chức năng tư vấn về những chính sách lớn cho Tướng quân như quan hệ giữa Mạc phủ với triều đình Thiên hoàng….Hội đồng các quan đầu ngành đảm nhiệm chức năng cai trị và tư vấn. Hội đồng xét xử với thành viên gồm một số người thuộc Rojusho, quan chức của các cơ quan chinh quyền trung ương, đia phương, đền chùa được gọi chung là Bugyo.
Với những nổ lực lớn nhằm củng cố sức mạnh của chính quyền phong kiến tập trung để điều hành có hiệu quả, Togukawa đã xây dựng một cơ chế vận động song song: Mạc phủ, đứng đầu là Shogun Togukawa ở Edo và các Daimyo cai trị khoảng 265 lãnh địa. Do đó, cơ cấu chính trị mang tình chất quân phiệt này thường được gọi là Bakuhan taisei tức Chế độ Mạc phủ - công quốc hay còn được gọi là Mạc – phiên thể chế, dựa vào sự phục tùng và trung thành tuyệt đối của các võ sĩ.
Trên cơ sở mối quan hệ huyết thống và thái độ của các daimyo trước trận Sekigahara, Tokugawa Ieyasu đã chia các lãnh chúa ta làm 3 loại: Shimphan (thân phiên) gồm có 23 lãnh chúa là họ hàng, con cháu gia tộc Togukawa; Fudai daimyo (phổ đại) gồm 145 lãnh chúa, vốn là đồng mình của Togukawa trước năm 1600; Tozama daimyo (ngoại phiên) gồm 97 lãnh chúa, là những người chỉ thần phục Togukawa sau khi bị đánh bại.
Với từng loại daimyo, Mạc phủ có cách đối xử phân biệt không chỉ trong việc ban cấp lãnh địa, của cải mà còn trong các vấn đề hành chính, luật pháp, tước vị cùng nghĩa vụ phải thực hiện với chính quyền trung ương…Bên cạnh một chính sách có phần ưu ái, nâng đỡ cho các Shimpan và fudai daimyo, Mạc phủ cũng luôn có thái độ mềm dẻo nhưng hết sức nguyên tắc với các lãnh chúa vốn là những kẻ thù địch. Do là “người ngoài”, các tozama daimyo được đối xử đúng nghi lễ thậm chí được coi gần như ngang hàng nhưng để đề phòng mọi bất trắc có thể xảy ra, Mạc phủ đã phân phong cho các daimyo thân tín những vùng đất có vị trí chiến lược hoặc ở ngay gần kể các lãnh chúa có khả năng chống đối. Mục tiêu của chính sách này vừa để tiện theo dõi, kiểm soát vừa có thể ngăn chặn sớm nếu lãnh chúa đó dám liều lĩnh phản bội lại chính quyền trung ương.
Để quản lý chặt chẽ hơn nữa các lãnh chúa trên cơ sở nguyên tắc chung, năm 1615 Togukawa cho ban hành bộ luật “Buke shohatto” (bộ luật Vũ gia) nhằm thiết chế hóa cơ chế chính trị dựa trên những quy định của đẳng cấp võ sĩ. Bộ luật này được ban hành là một bước tiến nữa nhằm thâu tóm quyền lực vào tay chính quyền trung ương đồng thời xây dựng những nguyên tắc căn bản trong quan hệ xã hội.
Đặc biệt chế độ “sankin kotai” là một phương cách cai trị rất điển hình của chế độ phong kiến quân sự Nhật Bản. Chế độ sankin kotai ban đầu là sự tự nguyện của các lãnh chúa phong kiến, tình nguyện về Edo để bày tỏ sự trung thành của mình với chủ tướng. Nhưng sau một thời gian, đã trở thành bổn phẩn bất khả kháng của tất cả các tozama daimyo, đây thực chất là chế độ con tin, buộc các lãnh chúa hàng năm phải về sống ở Edo một thời gian rồi sau đó lại trở về lãnh đại của mình. Tuy nhiên, họ phải để vợ con cùng nhiều võ sĩ thân tín trong tư dinh thứ hai ở “Thủ đô”. Hệ thống luân phiên trình diện này là chứng cớ đầy sức thuyết phục cho thấy uy lực của chính quyền trung ương với lãnh chúa địa phương đồng thời thể hiện rõ mối quan hệ “Tôn chủ - bồi thần” rất điển hình ở Nhật Bản giai đoạn lịch sử này.
Như vậy, với nhiều biên pháp khôn ngoan thì Mạc phủ Togukawa đã thống trị toàn quốc bằng chế độ quan liêu hết sức tinh vi, thâu tóm toàn bộ quyền lực về tay mình. Đối với triều đình Thiên hoàng ở Kyoto, chính quyền Togukawa tiếp tục thi hành chính sách của những đời Shogun trước, một mặt nâng cao uy tín của Thiên hoàng, một mặt tìm cách kiểm soát và tách rời Thiên hoàng với các daimyo nhằm phòng ngừa các daimyo có thể nhờ thế lực của Thiên hoàng để chống lại mình. Do vậy, trong thời kì Tokukawa, triều đình và Thiên hoàng tuy vẫn tồn tại, song chỉ hoàn toàn là hình thức, còn trên thực tế đã mất hết mọi chức năng hành chính. Triều đình và Thiên hoàng vẫn nhận được những khoản thu nhập thỏa đáng, song phải nhận bằng hiện vật chứ không được phép sỡ hữu đất đai.