Chính quyền Mạc phủ Kamakura cùng với vị trí, vai trò của hệ thống hành chính đã tỏ ra rất hữu hiệu trong thời gian dài song cũng không tránh khỏi suy yếu trước sự tác động mạnh mẽ của những chuyển biến xã hội trong lịch sử.
Sau khi Yoritomo chết (1199), trong gia đình Minamoto không có ai đủ mạnh để giữ quyền lực cho dòng họ. Quyền lực thực sự chuyển từ gia đình Minamoto sang gia đình Hojo, gia đình bên vợ của Yoritomo, quan nhiếp chính của tướng quân. Họ đã
duy trì chính phủ quân sự ở Kamakura cho đến năm 1333. Khi Ashikaga Takauji được chính quyền Kamakura cử đi đánh dẹp Thiên hoàng Godaigo khi ông này chống lại Mạc phủ Kamakura để giành lại quyền bính. Thay vì tiến đánh triều đình Kyoto, Ashikaga Takauji quay lại Kamakura và lật đổ Mạc phủ. Tiếp đó Ashikaga Takauji mới đánh chiếm Kyoto, đuổi Godaigo khỏi kinh thành rồi lập một hoàng thân khác lên ngôi Thiên hoàng. Sau sự kiện đó, Ashikaga Takauji được triều đình Kyoto phong làm Tướng quân (năm 1336) và đặt đại bản doanh ngay tại Muromachi. Cho nên, Mạc phủ Ashikaga còn được gọi là Mạc phủ Muromachi.
Có thể nói, thời Mạc phủ Muromachi hiện ra với bức tranh toàn cảnh là nội chiến, cát cứ triền miên song thực tế quyền lực vẫn nằm trong tay các Tướng quân, Thiên hoàng vẫn làm chỉ vì. Về cơ bản, chính quyền Mạc phủ vẫn giữ nguyên hệ thống hành chính vốn có từ thời Mạc phủ Kamakura với các cơ quan và chức danh của chính quyền các cấp. Những thay đổi có chăng chỉ dừng lại ở mức giải pháp tình thế do tác động của điều kiện, hoàn cảnh, chính trị, xã hội đương thời. Hầu hết những người đứng đầu các cơ quan Samurai Dokoro, Man Dokoro, Modujo vẫn là những người từng làm dưới thới Mạc phủ Kamakura. Mặc dù vậy, quyền lực của những cơ quan này đã suy giảm nhiều so với thời Mạc phủ Kamakura bởi khuynh hướng phân quyền và đơn giản hóa bộ máy.
Mặc dù mọi quyền hành đều nằm trong tay dòng họ Ashikaga, nhưng điều đó không có nghĩa là đất nước thực sự được thống nhất. Dưới thời Mạc phủ Kamakura, người đứng đầu các địa phương (Shugo) đều là gia nhân thuộc dòng họ của Tướng quân song hiện giờ các Shugo không nhất thiết phải là gia nhân của dòng họ Mạc phủ. Chính từ đây, nền tảng của sự trung thành được xây dựng trên cơ sở huyết thống , danh dự võ sĩ, bạn bè chiến hữu khó mà tránh khỏi rạn nứt, xói mòn khi xảy ra biến động xã hội. Quả vậy, sau thời Nam Bắc triều (1333 – 1392) một số Shugo trở nên hùng mạnh cai quan cả vùng rộng lớn và được gọi là lãnh chúa phong kiến (Daimyo). Các Daimyo xưng hùng xưng bá ở các địa phương, dựa vào lực lượng quân sự riêng, liên tục đánh lẫn nhau để mở rộng phạm vi thế lực, tranh giành bá quyền đối lập với chính quyền trung ương. Ngay cả quyền lực của Tướng quân cũng không còn tập trung như dưới thời Mạc phủ Kamakura. Bên cạnh tướng quân Ashikaga còn có chức
phó Tướng quân kiêm chức năng tư vấn và điều hành một số cơ quan chính quyền. Song, phó tướng quân không đề ra chủ trương mà chỉ thi hành lệnh của Tướng quân cùng với sự phối hợp với các cơ quan và hội đồng khác trong chính quyền.
Khi Shogun Ashikaga có ảnh hưởng cuối cùng là Yoshiteru bị ám sát năm 1565, một daimyo giàu tham vọng, Oda Nobunaga, nắm lấy cơ hội và lập anh trai của Yoshiteru là Ashikaga Yoshiaki làm Shogun Ashikaga thứ 15. Tuy nhiên, Yoshiaki chỉ là một Shogun bù nhìn. Đến năm 1573, Oda Nobunaga tiến hành thống nhất Nhật Bản, đặt dấu chấm hết cho Mạc phủ Ashikaga.
Như vậy, Mạc phủ Ashikaga yếu hơn so với Mạc phủ Kamakura hay Mạc phủ Tokugawa, một phần vì Ashikaga Takauji thành lập Mạc phủ của mình bằng cách ủng hộ Thiên Hoàng chống lại Mạc phủ Kamakura trước đó, nhà Ashikaga chia sẻ nhiều quyền lực với Hoàng gia hơn Mạc phủ Kamakura. Hệ thống kiểm soát tập trung các chư hầu được sử dụng dưới thời Kamakura được thay thế bằng một hệ thống daimyo (lãnh chúa địa phương) phân tán hơn, quyền lực quân sự của nhà Ashikaga dựa chủ yếu vào sự trung thành của các daimyo.