Công tác kiểm tra, giám sát trước trong và sau quá trình thực hiện là nội dung quan trọng trong công tác quản lý nói chung của các cấp, các ngành và các cơ quan quản lý. Có thể nói không có kiểm tra cũng tức là không có quản lý.
Công tác kiểm tra, giám sát tài chính nhằm mục đích thực hiện tốt công tác theo dõi nguồn kinh phí nhà nước có được sử dụng đúng mục đích mà chương trình đề ra hay không. Ngăn chặn kịp thời những biểu hiện tiêu cực,
thất thoát, lãng phí nguồn vốn được cấp. Cần sử dụng tốt các phương tiện thông tin đại chúng để tạo điều kiện cho toàn xã hội có điều kiện tham gia giám sát; thực hiện tốt công tác thi đua khen thưởng biểu dương kịp thời những nơi làm tốt và phê phán kịp thời những việc thực hiệ chưa tốt. Hàng năm khi lập kế hoạch cần dành một khoản kinh phí phù hợp cho việc biểu dương những mô hình, điển hình tiên tiến .
Thực hiên phối hợp chặt chẽ giữa các cơ quan thanh tra, kiểm toán, tăng cường công tác kiểm tra giám sát đối với đơn vị sử dụng ngân sách; đồng thời xử lý đầy đủ, kịp thời đối với những cá nhân và tập thể vi phạm. Thực hiện chế độ trách nhiệm đối với những người đứng đầu cơ quan, đơn vị trong công tác quản lý, sử dụng ngân sách, tài sản công. Họ phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về những khoản chi sai chế độ, thất thoát lãng phí ở đơn vị được giao phụ trách.
Ngoài ra phải thực hiện công tác kiểm toán tại Bộ GD&ĐT cũng như ở các đơn vị cơ sở nhằm kiểm soát chặt chẽ tình hình sử dụng vốn đầu tư của Nhà nước.