Sau khi hệ thống tiếp nhận thụng tin khai bỏo của Doanh nghiệp và xử lý, phõn luồng thành cụng, sẽ tự động truyền xuống cỏc Đội Giỏm sỏt hải quan và Kiểm tra hàng húa. Dữ liệu sẽ được xử lý tiếp như sau:
Khi đến nhận hàng, Doanh nghiệp trỡnh Lệnh giao hàng do Hóng tàu cung cấp, cỏn bộ hải quan giỏm sỏt sẽ nhập số Lệnh giao hàng vào mỏy tớnh, mỏy tớnh sẽ đưa ra toàn bộ cỏc thụng tin quản lý (tương tự cỏc thụng tin tại tờ khai hải quan hiện nay), đưa ra cỏc thụng bỏo kết quả phõn luồng, kết quả xử lý tự động. Căn cứ vào kết quả đú, đội giỏm sỏt sẽ thực hiện cho thụng quan hàng húa (đối với hàng húa được phõn vào luồng xanh) hay yờu cầu Doanh nghiệp đưa hàng đến địa điểm kiểm tra hàng húa thực tế (trạm mỏy soi, kiểm tra thực tế hàng húa tại địa điểm kiểm tra – đối với luồng đỏ). Kết quả xử lý đú sẽ được ghi nhận trờn một mẫu văn bản quy định nhằm phục vụ cho việc luõn chuyển và vận chuyển hàng húa trờn đường, là chứng từ lưu của Doanh nghiệp để phục vụ cho cụng tỏc kế toỏn, kiểm toỏn cũng như kiểm tra sau thụng quan (lưu cựng cỏc chứng từ gốc).
b. Tại Đội Kiểm tra hàng húa
Căn cứ vào kết quả xử lý dữ liệu tại đội giỏm sỏt hải quan, kết quả phõn luồng và thụng tin do hệ thống cung cấp, Đội Kiểm tra hải quan sẽ tiến hành kiểm tra thực tế của hàng húa thụng qua mỏy soi và cỏc thiết bị hỗ trợ khỏc. Kết quả kiểm tra thực tế hàng húa sẽ là căn cứ cho cỏc bước xử lý nghiệp vụ tiếp theo.