Sau khi các trình tự, thủ tục trên đã được hoàn thành, chúng tạo thành tiền đề, là bước đệm cho việc chính thức thực hiện chi trả bồi thường và bố trí tái định cư. Công việc này cũng cần được tiến hành theo một quy trình nhất định.
Theo Điều 58 Nghị định 84/2007/NĐ-CP: Sau 5 ngày, kể từ ngày gửi văn bản thông báo về phương án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư đến người có đất bị thu hồi, Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, giải phóng mặt bằng thực hiện chi trả tiền bồi thường, hỗ trợ.
Trong trường hợp bố trí tái định cư thì Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, giải phóng mặt bằng có trách nhiệm bàn giao nhà ở hoặc đất ở và giấy chứng nhận quyền sử dụng đất ở, quyền sở hữu nhà ở cho người được bố trí tái định cư trước khi giải phóng mặt bằng. Trong trường hợp có thoả thuận giữa Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường giải phóng mặt bằng và người được bố trí tái định cư về việc nhận nhà ở, đất ở tái định cư sau khi giải phóng mặt bằng thì thực hiện theo văn bản thoả thuận có chữ ký của hai bên.
Tuy nhiên, nhu cầu tái định cư tại các khu vực đô thị rất lớn trong khi quỹ đất và nhà xây dựng thường không theo kịp nhu cầu. Cho nên, đây là một
trong những nguyên nhân chủ yếu dẫn tới việc triển khai dự án xây dựng Đại học Quốc gia Hà Nội tại Hà Tây bị chậm so với yêu cầu đặt ra. Mặc dù điều chỉnh quy hoạch chung ĐHQGHN tại Hoà Lạc được Chính phủ phê duyệt từ năm 2002 và nhiều công việc đã được triển khai từ trước đó, nhưng đến 8/2007 Ban quản lý dự án mới chính thức tiếp nhận được khoảng 25% diện tích mặt bằng của khu vực xây dựng ĐHQGHN tương đương với hơn 220 ha và vẫn chưa phải là mặt bằng sạch (tức là nhà cửa, vật kiến trúc, cây trồng vẫn chưa được di dời). Có nhiều nội dung trong mục tiêu mà Đảng uỷ ĐHQGHN đã đặt ra: đến hết năm 2007 thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng được 800ha, đến hết quý II/2007 thi công xong phân khu phía bắc để chuyển các hộ dân thuộc diện di dời đến khu tái định cư… Trên thực tế là cả một vùng dự án vẫn xanh màu cỏ dại và cây rừng xen lẫn với những nương chè.
Mặc dù đây là một trong những dự án đầu tư cơ sở vật chất cho ngành giáo dục lớn nhất từ trước tới nay, có mức đầu tư dự kiến đến khoảng trên 11.000 tỷ đồng nhưng cách điều hành và triển khai dự án lại hết sức thiếu chuyên nghiệp.
Ông Cấn Văn Lai – trưởng ban giải phóng mặt bằng huyện Thạch Thất thừa nhận là, mặc dù đã tiến hành kiểm đếm, bồi thường được trên 600 ha đất thu hồi và bàn giao 340 ha nhưng thực tế thì tái định cư cho cả ngàn hộ dân thuộc diện di dời vẫn nằm trên giấy. Bản thân phần đất để đưa dân đến tái định cư cũng mới bồi thường tiền thu hồi đất được 43 ha. Đất tái định cư đã được bàn giao mặt bằng cho chủ đầu tư đã một năm nay nhưng khu tái định cư vẫn chưa thấy đâu.[18]
Như vậy, có thể nhận thấy rằng mặc dù yêu cầu đặt ra là khu tái định cư phải đi trước một bước, nhưng thực tế dự án này thì ngược lại, thu hồi đất rồi mà vẫn chưa xây khu tái định cư. Nhà cửa trong khu vực thu hồi không được tu sửa, cải tạo, cộng thêm với việc người lao động tại nông trường mất việc làm do bị
thu hồi đất khiến nhiều hộ dân hoang mang, không ổn định cuộc sống dẫn đến giải phóng mặt bằng thêm nhiều khó khăn.
Sai phạm từ phía các cơ quan chức năng là có nhưng không chỉ theo hướng một chiều như vậy. Theo báo Pháp lý số 6 năm 2005 thì việc thu hồi đất tại Vĩnh Phúc để sử dụng vào mục đích xây dựng cơ sở hạ tầng gặp rất nhiều khó khăn, vì nó gắn liền với lợi ích kinh tế và việc làm của mỗi người dân. lãnh đạo Sở TN&MT cho biết công tác thu hồi đất, giải phóng mặt bằng ở Vĩnh Phúc vẫn còn đứng trước một số khó khăn cần tháo gỡ: Một số người dân do thiếu hiểu biết pháp luật, thậm chí có những người cố tình đòi hỏi mức bồi thường vượt quá quy định của pháp luật mà không giao đất, làm cản trở quá trình giao đất cho các dự án. Trong đó, một số hộ dân yêu cầu mức bồi thường phải tương đương mức bồi thường của một số thành phố lớn như Hà Nội, Hải Phòng, vượt quá mức bồi thường quy định của tỉnh.[19]
Để tháo gỡ vấn đề này, khoản 3 Điều 58 Nghị định 84/2007/NĐ-CP đưa ra cách giải quyết cụ thể: “trường hợp người bị thu hồi đất không nhận tiền chi trả về bồi thường, hỗ trợ, không nhận nhà hoặc đất tái định cư thì Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, giải phóng mặt bằng chuyển khoản tiền chi trả vào tài khoản riêng mở tại Ngân hàng và giữ nguyên nhà hoặc đất tái định cư để làm căn cứ cho việc giải quyết khiếu nại sau này (nếu có)”.
Một trong những khó khăn nảy sinh sau khi Nghị định số 197/2004/NĐ- CP ngày 3/12/2004 của Chính Phủ có hiệu lực là: Những người thuộc diện bồi thường từ những dự án của năm 2004 đã kiên quyết không nhận tiền bồi thường. Họ dây dưa kéo dài không chịu bàn giao đất chờ đến năm 2005 để có thể được áp dụng mức giá bồi thường cao hơn. Điều này, đã làm ách tắc một số dự án, ảnh hưởng đến kế hoạch đầu tư sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Với những trường hợp này, biện pháp mà khoản 4 Điều 58 Nghị định 84/2007 đưa ra là:
19[19]. Làm tốt công tác thu hồi đất, giao đất, ký hợp đồng thuê đất, giải phóng mặt bằng, chìa khoá để thu hút đầu tư, thúc đẩy phát triển, Báo Pháp lý số 6/2005.
Trường hợp đã thực hiện xong việc bồi thường, hỗ trợ, tái định cư trước ngày Nghị định số 197/2004/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì không áp dụng hoặc không điều chỉnh theo Nghị định số 197/2004/NĐ-CP và Nghị định số 17/2006/NĐ-CP;
Trường hợp do chậm chi trả hoặc chậm nhận tiền bồi thường, hỗ trợ được giải quyết theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Nghị định số 197/2004/NĐ-CP và khoản 2 Điều 4 Nghị định số 17/2006/NĐ-CP;
Trường hợp đã có quyết định phê duyệt trước ngày Nghị định số 197/2004/NĐ-CP có hiệu lực thi hành nhưng chưa thực hiện chi trả bồi thường, hỗ trợ và tái định cư mà sau đó giá đất cao hơn giá đất đã phê duyệt thì thực hiện điều chỉnh giá đất theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Nghị định số 197/2004/NĐ- CP và khoản 2 Điều 4 Nghị định số 17/2006/NĐ-CP.