Mục đích của việc phân loại đối tợng hoàn thuế nhằm tăng cờng hiệu quả của công tác hoàn thuế GTGT, hạn chế tối đa những gian lận vi phạm về hoàn thuế, gây thiệt hại cho NSNN. Cơ chế tiền kiểm bên cạnh tính u việt cũng tồn tại không ít bất cập. Thực tế là hồ sơ đề nghị hoàn thuế của các doanh nghiệp thuộc diện kiểm tra trớc khi hoàn thờng rất sơ sài. Bởi mọi phát hiện không hợp lệ cũng không bị xử phạt nh là một hành vi gian lận về thuế vì hành vi đo cha xảy ra. Bên cạnh đó, trách nhiệm của của cán bộ thuế trong cơ chế tiền kiểm là khá lớn cũng gây ra không khí “căng thẳng” trong việc hoàn thuế. Sự kiểm soát quá kỹ lỡng không phải là thừa nhng có thể ảnh hởng đến thời gian hoàn thuế, các đơn vị chấp hành luật nghiêm chỉnh sẽ chịu thiệt thòi. Thời gian hoàn thuế lâu, thậm chí có những hồ sơ rất lâu sẽ ảnh hởng đến ý định tái đầu t và mở rộng sản xuất của doanh nghiệp.
Theo ý kiến của một số cán bộ thuế phòng Nghiệp vụ, việc phân loại còn bỏ sót các trờng hợp mà trên thực tế cũng có dấu hiệu gian lận. Việc kiểm tra tr- ớc hoàn thuế với các doanh nghiệp xuất khẩu nông lâm thủy hải sản chỉ quy định qua đờng bien giới đất liền. Mà thực tế, các doanh nghiệp này rất dễ dàng có đợc giấy xác nhận thực xuất qua đờng biển để hoàn chỉnh hồ sơ xin hoàn thuế. Hay qua thực hiện hoàn thuế, kinh nghiệm cho thấy một số đơn vị có bất thờng trong doanh thu xuất khẩu, hay trớc không xuất khẩu nay có hoạt động xuất khẩu với số lợng lớn cũng nên đ… a vào diện xét kiểm tra trớc khi hoàn thuế để hạn chế bớt sai sót.