Những tồn tại, hạn chế của việc thực hiện pháp luật về giáo dục và đào tạo ở tỉnh Bình Định trong thời gian qua là do những nguyên nhân sau đây:
Thứ nhất, tư duy về giáo dục và đào tạo còn chậm đổi mới, chưa theo kịp yêu cầu phát triển của đất nước, cũng như đòi hỏi của sự chuyển đổi cơ chế quản lý kinh tế-xã hội và giao lưu, hội nhập khu vực và quốc tế. Đây là nguyên nhân có tính chất tiền đề làm hạn chế việc thực hiện pháp luật về giáo dục và đào tạo ở tỉnh Bình Định trong thời gian qua.
Các cấp ủy đảng và chính quyền địa phương chưa quán triệt sâu sắc các quan điểm chỉ đạo của Đảng và Nhà nước về phát triển giáo dục và đào tạo trong tình hình mới, chưa cụ thể hoá kịp thời và đầy đủ trong việc hoạch định một số chính sách để thực hiện tốt các qui định của pháp luật về giáo dục và đào tạo ở tỉnh Bình Định.
Bên cạnh đó, các cấp, các ngành cũng chưa nhận thức một cách đầy đủ để có giải pháp đối với những vấn đề mới nảy sinh trong mối quan hệ giữa kế hoạch phát triển giáo dục và đào tạo với nhu cầu của thị trường lao động; giữa việc mở rộng qui mô trường, lớp giữa các vùng miền với việc nâng cao chất lượng và hiệu quả giáo dục và đào tạo; giữa việc đáp ứng nhu cầu học tập ngày càng cao của nhân dân và khả năng hạn hẹp của nền kinh tế địa phương; giữa đầu tư của Nhà nước với đóng góp của nhân dân; giữa tình trạng phân hoá giàu nghèo và yêu cầu bảo đảm công bằng xã hội trong giáo dục và đào tạo.
Thứ hai, cơ chế quản lý về giáo dục và đào tạo chưa tương thích với nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa và nhu cầu phát triển nguồn nhân lực của địa phương. Quản lý nhà nước về giáo dục và đào tạo còn nặng tính quan liêu, chưa thoát khỏi tình trạng ôm đồm, sự vụ, kinh nghiệm chủ nghĩa. Công tác xây dựng và thực hiện qui hoạch, kế hoạch về giáo dục-đào tạo còn nhiều bất cập.
Hệ thống chính sách về giáo dục và đào tạo chưa kịp thời được bổ sung, hoàn chỉnh và còn thiếu hiệu lực. Việc đầu tư từ nguồn ngân sách Nhà nước còn dàn trải, không đủ đáp ứng nhu cầu phát triển của giáo dục và đào tạo; trong khi đó việc thực hiện công tác xã hội hoá giáo dục còn phiến diện, chưa có chính sách đủ mạnh để huy động các nguồn đầu tư khác trong xã hội. Chính sách về học phí có nhiều điểm chậm được sửa đổi, bổ sung cho phù hợp, dẫn đến tình trạng có một số địa phương và nhà truờng đặt ra quá nhiều khoản thu, gây bức xúc trong xã hội.
Công tác chỉ đạo điều hành còn nhiều yếu kém, bất cập. Các cấp chính quyền ở nhiều địa phương vẫn còn thiếu chủ động trong việc thực hiện các chủ trương và giải quyết các vấn đề cụ thể về giáo dục và đào tạo, chưa quan tâm đầy đủ trong việc khắc phục bệnh thành tích và tiêu cực trong giáo dục và đào tạo. Quản lý của ngành giáo dục và đào tạo ở các địa phương đối với các cơ sở giáo dục ngoài công lập còn lúng túng,
một mặt chưa tạo điều kiện để các trường phát triển, mặt khác chưa ngăn chặn kịp thời tình trạng lơị dụng chính sách xã hội hoá về giáo dục nhằm thu lợi bất chính.
Thứ ba, trình độ kiến thức, năng lực nghiệp vụ của một bộ phận giáo viên và cán bộ quản lý giáo dục còn những mặt hạn chế nhất định. Một số cơ quan quản lý giáo dục ở các cấp chưa làm tốt chức năng tham mưu với các cấp ủy đảng và chính quyền địa phương, nhất là về mặt quản lý nhà nước, nên còn thiếu những chủ trương, biện pháp cụ thể, thiết thực và kịp thời để thúc đẩy sự nghiệp giáo dục và đào tạo của tỉnh nhà được tiếp tục ổn định và phát triển hơn nữa.
Sự phối hợp trong quản lý giữa các cấp quản lý giáo dục và đào tạo với các ban ngành liên quan, cũng như sự phối hợp giữa nhà truờng với gia đình và xã hội có lúc chưa chặt chẽ; tình trạng cơ sở vật chất phục vụ cho công tác dạy và học còn nghèo nàn, thiếu thốn và lạc hậu. Việc chấp hành các qui định về chế độ công tác, thực hiện lề lối làm việc trong cơ quan quản lý giáo dục cũng như trong nhà trường và cơ sở giáo dục khác chưa thật nghiêm túc; có nơi còn có hiện tượng buông lỏng quản lý về cơ sở vật chất, tài chính. Việc xử lý kỷ luật đối với các vi phạm những qui định trong hoạt động giáo dục và đào tạo còn chậm, chưa triệt để.
Thứ tư, bên cạnh các nguyên nhân chủ yếu đã nêu trên, cần kể đến các nguyên nhân khách quan làm tăng thêm các yếu kém, bất cập của lĩnh vực giáo dục và đào tạo tỉnh Bình Định, đó là: Nhu cầu học tập của nhân dân ngày càng cao, trong khi khả năng đáp ứng của ngành giáo dục-đào tạo và trình độ phát triển kinh tế- xã hội của tỉnh còn có những hạn chế. Địa hình một số nơi trong tỉnh có nhiều phức tạp, đặc biệt là các vùng sinh sống của đồng bào dân tộc thiểu số, vùng sâu, vùng xa... còn những khó khăn về nhiều mặt, nhất là về kinh tế. Kinh phí của tỉnh dành cho giáo dục và đào tạo còn hạn chế so với yêu cầu hoạt động.
Tâm lý khoa cử, bằng cấp vẫn còn chi phối nặng nề việc dạy, học và thi cử ở tất cả các cấp học, ngành học. Thái độ chưa coi trọng các trường ngoài công lập đã làm hạn chế việc đẩy mạnh công tác xã hội hoá giáo dục-đào tạo. Một số tiêu cực ngoài xã hội đã thâm nhập vào nhà trường và cơ quan giáo dục- đào tạo dù đã có nhiều cố gắng ngăn chặn song chưa đạt hiệu quả cao.