- Thời kỳ đầu mới thành lập gồm cú:
d. Kiểm soỏt tuõn thủ phỏp luật
- Thu thập thụng tin và quản lý rủi ro: Hoàn thiện kỹ thuật quản lý rủi ro, phự hợp với chuẩn mực của Hải quan thế giới và thực tiễn của quản lý của Hải quan Việt Nam. Xõy dựng và triển khai Quản lý rủi ro toàn diện, đầy đủ trong cỏc lĩnh vực nghiệp vụ hải quan. Mở rộng quản lý tuõn thủ cho toàn bộ mụi trường thương mại trờn cơ sở xõy dựng hệ thống minh bạch, nõng cao nhận thức và ý thức tuõn thủ của doanh nghiệp.
Áp dụng cỏc biện phỏp kiểm soỏt hải quan, thu thập, xử lý thụng tin nghiệp vụ và kỹ thuật quản lý rủi ro để chủ động phũng ngừa, phỏt hiện và ngăn chặn cú hiệu quả buụn lậu, vận chuyển trỏi phộp hàng húa qua biờn giới, đặc biệt là ma tuý, vũ khớ, chất nổ và cỏc mặt hàng cấm nhằm đảm bảo phục vụ cú hiệu quả cụng tỏc thu thuế, thực thi chớnh sỏch thương mại và đảm bảo an ninh quốc gia. Kiện toàn về tổ chức, nhõn sự và hoạt động của cỏc cấp, đơn vị thực hiện cụng tỏc thu thập, xử lý thụng tin nghiệp vụ hải quan và quản lý rủi ro. Xõy dựng và triển khai thực hiện Đề ỏn nõng cấp, hoàn thiện hệ thống quản lý rủi ro giai đoạn 2. Hoàn thiện về lý luận nghiệp vụ, phỏt triển về kỹ thuật và chiến thuật nghiệp vụ thu thập, phõn tớch, xử lý thụng tin nghiệp vụ hải quan. Xõy dựng và triển khai chiến lược về quản lý rủi ro.
- Đấu tranh phũng chống buụn lậu: Hoàn thiện hệ thống cỏc biện phỏp nghiệp vụ kiểm soỏt hải quan theo Quyết định số 65/2004/QĐ-TTg ngày 19/04/2004 của Thủ tướng Chớnh phủ ban hành Quy chế hoạt động của lực lượng hải quan chuyờn trỏch phũng, chống buụn lậu, vận chuyển trỏi phộp hàng húa qua biờn giới. Hoàn thiện cỏc quy trỡnh nghiệp vụ kiểm soỏt, cơ chế phối hợp với cỏc đơn vị trong và ngoài ngành. Trang thị cỏc phương tiện kỹ thuật hiện đại gúp phần nõng cao hiệu quả cụng tỏc kiểm soỏt hải quan. Mở rộng hợp tỏc quốc tế, phối hợp với cỏc lực lượng chức năng trong lĩnh vực
chống buụn lậu. Tớch cực tham gia vào cỏc chương trỡnh hợp tỏc trong lĩnh vực kiểm soỏt của Hải quan khu vực và quốc tế.
- Kiểm tra sau thụng quan: Đưa hoạt động kiểm tra sau thụng quan đạt chuyờn nghiệp, chuyờn sõu, hoạt động cú hiệu quả, đỏp ứng yờu cầu quản lý (đặc biệt là về trị giỏ hải quan) và yờu cầu cải cỏch, phỏt triển, hiện đại hoỏ ngành Hải quan. Cụ thể là:
+ Hệ thống phỏp luật, văn bản hướng dẫn, quy trỡnh thực hiện, cẩm nang kiểm tra sau thụng quan đầy đủ, hệ thống, tương thớch với hệ thống văn bản về cỏc lĩnh vực, cỏc nghiệp vụ liờn quan khỏc, tiếp cận với cỏc chuẩn mực quốc tế;
+ Tổ chức, bộ mỏy hoàn chỉnh, chức năng, nhiệm vụ rừ ràng, hoạt động hiệu quả;
+ Cỏn bộ kiểm tra sau thụng quan được đào tạo đầy đủ cỏc chuyờn mụn theo yờu cầu nghiệp vụ, cú cỏc kỹ năng chuyờn sõu về kiểm tra sau thụng quan và chuẩn hoỏ tỏc nghiệp nghiệp vụ được;
+ Xỏc định được đối tượng kiểm tra sau thụng quan trờn cơ sở phõn tớch, xử lý thụng tin từ hệ thống cơ sở dữ liệu tương đối đầy đủ, sẵn sàng và cập nhật;
+ Tập trung kiểm tra sau thụng quan theo kế hoạch nhằm đỏnh giỏ đỏnh giỏ mức đội tuõn thủ của doanh nghiệp và doanh nghiệp ưu tiờn đặc biệt.
+ Đẩy lựi, ngăn chặn được tỡnh trạng gian lận, trốn thuế qua việc khai sai trị giỏ tớnh thuế;
+ Phõn loại được hầu hết doanh nghiệp, loại hỡnh, mặt hàng xuất nhập khẩu ; và
- + Kiểm súat được cỏc doanh nghiệp, loại hỡnh, mặt hàng xuất nhập khẩu cú rủi ro cao.
+ Hoàn chỉnh khung phỏp lý liờn quan đến thanh tra thuế, chuẩn húa cỏc quy trỡnh nghiệp vụ thanh tra thuế;
+ Tạo nờn sự gắn kết về chức năng, nhiệm vụ và quy trỡnh thanh tra thuế với kiểm tra sau thụng quan;
+ Hoàn chỉnh tiờu chuẩn thanh tra viờn thuế hải quan và lựa chọn được đội ngũ cỏn bộ cụng chức đủ tiờu chuẩn đạo đức, nghiệp vụ để thực hiện thanh tra thuế; và
+ Ngăn chặn cú hiệu quả những hành vi nhiều lần trốn thuế, gian lận thuế hoặc tẩu tỏn tài liệu, tang vật liờn quan nhằm trốn thuế, gian lận thuế.