So với biện pháp bảo vệ QSHTT bằng thủ tục tố tụng hành chính và thủ tục tố tụng hình sự, thì biện pháp bảo vệ QSHTT bằng thủ tục tố tụng dân sự được đánh giá là có nhiều ưu điểm hơn. Với tư cách là một công cụ pháp lý để cá nhân, tổ chức bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của mình, pháp luật về thủ tục tố tụng dân sự đã phần nào bảo đảm được trình tự, thủ tục công khai, công bằng để người tham gia tố tụng dân sự thực hiện được các quyền và nghĩa vụ tố tụng của mình tại TAND; bảo đảm các nguyên tắc, thủ tục tố tụng đầy đủ, có hệ thống, xác định rõ chức năng, thẩm quyền của cơ quan và người tiến hành tố tụng, thẩm quyền của mỗi cấp Tòa án trong việc giải quyết các vụ việc dân sự. Tuy nhiên, thực tiễn giải quyết các tranh chấp QSHTT tại TAND lại không đem lại hiệu quả như mong muốn. Qua số liệu thống kê của TANDTC, việc giải quyết các tranh chấp về QSHTT từ năm 2000 đến năm 2005 của toàn ngành Tòa án như sau: thụ lý 93 vụ án về SHTT, đã giải quyết 61 vụ, trong đó: đình chỉ, tạm đình chỉ, rút đơn khởi kiện là 16 vụ; hòa giải thành 12 vụ; đưa vụ án ra xét xử 33 vụ (bao gồm 11 vụ tranh chấp QTG và quyền liên quan, 22 vụ tranh chấp về SHCN).
Tình trạng vụ án giải quyết tranh chấp về QSHTT tại TAND thường bị kéo dài, phải xét xử nhiều lần, nhiều cấp, gây tốn kém thời gian, tiền bạc của đương sự và của Nhà nước là một trong những nguyên nhân chính. Theo quy định tại Điều 179 của BLTTDS, thời hạn chuẩn bị xét xử sơ thẩm đối với vụ án dân sự là 4 tháng, kể từ ngày Tòa án thụ lý vụ án; đối với vụ án có tính chất phức tạp hoặc do trở ngại khách quan thì có thể gia hạn nhưng không quá hai tháng. Tuy nhiên, do tính đặc thù của các tranh chấp về QSHTT, thì đây là loại việc khó đối với Tòa án. Trong quá trình giải quyết vụ
án, Tòa án thường phải trưng cầu ý kiến của các cơ quan quản lý nhà nước về SHTT và các cơ quan chức năng có liên quan để có kết luận đối với hành vi xâm phạm nên trong nhiều trường hợp Tòa án phải gia hạn thời hạn chuẩn bị xét xử. Bên cạnh đó, việc nhìn nhận, đánh giá về các hành vi xâm phạm QSHTT của các cơ quan chức năng nhiều khi không thống nhất được quan điểm. Về phía Tòa án chưa đủ khả năng trong việc đưa ra nhận định về hành vi xâm phạm do hầu hết các Thẩm phán chưa có kiến thức sâu về SHTT, do đó thường còn bị phụ thuộc vào kết luận các yếu tố vi phạm của cơ quan quản lý nhà nước về SHTT về việc có hay không có hành vi xâm phạm quyền QSHTT. Về phía chủ sở hữu thì không đưa ra chứng cứ chứng minh được hành vi xâm phạm của bị đơn hoặc không chứng minh được thiệt hại của mình, mặc dù hành vi xâm phạm và thiệt hại thực tế đã xảy ra… Theo quy định của pháp luật, về nguyên tắc, nguyên đơn có nghĩa vụ chứng minh thiệt hại thực tế đã xảy ra và thiệt hại tiềm ẩn (nếu có) do bị xâm phạm quyền, nhưng nhiều trường hợp nguyên đơn không chứng minh được thiệt hại vì không có đủ sổ sách kế toán để chứng minh cho việc bị giảm doanh thu, lợi nhuận của mình do bị xâm phạm quyền... Các bên tranh chấp thường có tâm lý cạnh tranh gay gắt, quyết liệt nên thường kháng cáo bản án, quyết định của Tòa án cấp sơ thẩm để yêu cầu Tòa án cấp phúc thẩm giải quyết. Có trường hợp, sau khi có bản án của Tòa án cấp phúc thẩm, nguyên đơn vẫn cho rằng phán quyết Tòa án cấp phúc thẩm không đúng nên đã khiếu nại tới Chính phủ, tới các cơ quan lãnh đạo của Đảng, tới báo chí… Có thể nói, phần nào của nguyên nhân của tình trạng khiếu nại kéo dài này là do các cơ quan chức năng về SHTT đã không thống nhất được quan điểm khi kết luận hành vi xâm phạm. Có trường hợp cơ quan chức năng còn đề nghị Chính phủ can thiệp vào quá trình giải quyết vụ án của Tòa án… Vụ kiện giữa nguyên đơn là Công ty Foremost Việt Nam (sau đây viết tắt là Công ty Foremost) và bị đơn là Công ty TNHH công nghiệp Trường Sinh (sau đây viết tắt là Công ty Trường Sinh) là một ví dụ.
Công ty Foremost là công ty chuyên sản xuất các loại sữa, trong đó có sản phẩm sữa đặc có đường mang nhãn hiệu "Trường Sinh". Ngày 11-12-1996 Công ty Foremost đó đăng ký nhãn hiệu "Trường Sinh" tại Cục SHTT và tháng 6-1998 đã được Cục SHTT cấp Giấy chứng nhận đăng ký nhãn hiệu hàng hóa bảo hộ cho nhãn hiệu "Trường Sinh". Cuối năm 1998, Công ty Foremost phát hiện trên thị trường có sản
phẩm sữa đậu nành do xưởng Trung Thực (nay là công ty TNHH công nghiệp Trường Sinh) sản xuất cũng mang nhãn hiệu "Trường Sinh". Công ty Foremost cho rằng, sự xuất hiện của sản phẩm sữa đậu nành "Trường Sinh" trên thị trường đã làm giảm uy tín, giảm doanh thu sản phẩm bán ra trên thị trường vì đã gây nhầm lẫn cho người tiêu dùng. Công ty Foremost đã tiến hành khởi kiện Công ty Trường Sinh ra Tòa dân sự TAND thành phố Hà Nội yêu cầu Công ty Trường Sinh chấm dứt ngay hành vi xâm phạm QSHCN đối với nhãn hiệu hàng hóa "Trường Sinh" và bồi thường thiệt hại do bị xâm phạm quyền. Công ty Trường Sinh đã đưa ra các lý lẽ phản đối và khẳng định đây là hai sản phẩm không cùng nhóm, cho nên không thể gây nhầm lẫn cho người tiêu dùng. Sự trùng hợp về tên gọi "Trường Sinh" chỉ là sự trùng hợp ngẫu nhiên, không thể làm phương hại đến Công ty Foremost, và không thể gây thiệt hại. Tòa án đã lấy ý kiến của Bộ Thương mại, Bộ Y tế và Cục SHTT. Theo quan điểm của Bộ Thương mại thì đối chiếu với danh mục của Bộ Thương mại, sản phẩm sữa đặc có đường của Foremost thuộc nhóm 29, còn sản phẩm sữa đậu nành Trường Sinh thuộc nhóm 32, do đó, đây là hai sản phẩm không cùng nhóm và không có sự xâm phạm (Công văn số 2275/BTM-QLCL ngày 13- 6-2002 của Bộ Thương mại). Theo quan điểm của Bộ Y tế thì đây là hai sản phẩm có chất lượng dinh dưỡng khác nhau, tuy nhiên có vi phạm hay không thì thuộc thẩm quyền kết luận của Cục SHTT. Còn Cục SHTT cho biết đã từ chối cấp Giấy chứng nhận nhãn hiệu hàng hóa đối với nhãn hiệu "Sữa đậu nành cao cấp Trường Sinh" của Công ty Trường Sinh ở thời điểm năm 1998, và sau khi Công ty Foremost có đơn gửi Cục SHTT về việc Công ty Trường Sinh đã xâm phạm quyền được bảo hộ của mình, Cục SHTT đã hai lần gửi văn bản yêu cầu Công ty Trường Sinh chấm dứt ngay việc sử dụng nhãn hiệu "Trường Sinh" cho sản phẩm sữa đậu nành. Cục SHTT cũng đã gửi công văn số 27 ngày 13-01-2000 cho Tòa án để khẳng định rõ về hành vi xâm phạm quyền được bảo hộ của Công ty Foremost.
Tại phiên tòa, Hội đồng xét xử nhận định: nhãn hiệu "Trường Sinh" của Công ty Foremost đã được Cục SHTT cấp Giấy chứng nhận đăng ký bảo hộ số 27280 ngày 15-6-1998. Theo Giấy chứng nhận này, nhãn hiệu "Trường Sinh" được bảo hộ đối với các sản phẩm sữa đặc có đường và sữa bột thuộc nhóm 29 trên toàn lãnh thổ Việt Nam; Công ty Foremost đã xây dựng uy tín cho sản phẩm của mình bằng nhãn hiệu "Trường
Sinh" và nhãn hiệu này đã được Nhà nước bảo hộ, theo đó Công ty Foremost được độc quyền sử dụng nhãn hiệu "Trường Sinh" cho các sản phẩm sữa đặc có đường, sữa bột thuộc nhóm 29. Do đó, việc Công ty Trường Sinh dùng nhãn hiệu "Trường Sinh" để gắn vào sản phẩm "sữa đậu nành cao cấp Trường Sinh" thuộc nhóm 32 là sự trùng lặp về tính tương tự tới mức gây nhầm lẫn cho người tiêu dùng về nhà sản xuất của sản phẩm. Bên cạnh đó, Hội đồng xét xử còn nhận định về việc Cục SHTT đã có công văn gửi Tòa án và khẳng định hành vi vi phạm của Công ty Trường Sinh. Với các nhận định nêu trên, căn cứ theo các quy định tại các điều 785, 788 và điểm a khoản 3 Điều 805 của BLDS năm 1995, điểm b khoản 1 và điểm c khoản 2 Điều 6 của Nghị định số 63/CP ngày 24-10-1996 của Chính phủ quy định chi tiết về SHCN, Hội đồng xét xử kết luận: chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty Foremost; đối với yêu cầu đòi bồi thường thiệt hại của Công ty Foremost, do Công ty Foremost không đưa ra được chứng cứ để chứng minh được thiệt hại cụ thể, do đó, Hội đồng xét xử không có cơ sở để xem xét yêu cầu bồi thường thiệt hại.
Vụ án Nhạc sĩ Lê Vinh kiện hãng phim Trẻ Thành phố Hồ Chí Minh và Nhà xuất bản âm nhạc Việt Nam về QTG bài hát "Hà Nội và Tôi" là cũng một ví dụ. Vụ án kéo dài từ năm 1997 đến năm 2000, trải qua hai lần xét xử, bị đơn mới chấm dứt việc sử dụng bài hát và công khai xin lỗi tác giả trên các phương tiện thông tin đại chúng, đồng thời bồi thường cho tác giả 28.802.378 đồng…
Một nguyên nhân khác dẫn đến các tranh chấp về QSHTT thì nhiều, nhưng lại ít được giải quyết bằng phán quyết của Tòa án là do tâm lý chung của người dân Việt Nam vẫn còn e ngại khi "phải ra Tòa", người dân coi việc ra Tòa là một sự phiền hà, ảnh hưởng đến uy tín, danh dự cá nhân. ở khía cạnh khác, SHTT là lĩnh vực nhạy cảm, liên quan đến kinh tế, thương mại, liên quan đến kết quả kinh doanh, bí mật kinh doanh… các lý do này đã trở thành rào cản khiến các chủ sở hữu quyền mặc dù bị vi phạm nhưng không muốn giải quyết tranh chấp tại Tòa án, mà thường chọn biện pháp xử lý vi phạm hành chính để giải quyết. Trên thực tế hầu hết các vi phạm QSHTT được giải quyết theo biện pháp xử phạt hành chính, theo đánh giá tại Đề tài nghiên cứu khoa học trọng điểm cấp quốc gia về SHTT do Đại học Quốc gia Hà Nội thực hiện, có đến 90% số vụ việc vi phạm được giải quyết theo biện pháp xử phạt hành chính. Như vậy,
các quan hệ dân sự, các tranh chấp dân sự lại bị hành chính hoá một cách quá mức, điều đó rõ ràng là không bảo vệ được quyền và lợi ích của chủ sở hữu QSHTT, mặt khác của vấn đề là vô hình chung tạo điều kiện cho hành vi vi phạm tiếp tục tái phạm với quy mô lớn hơn, thủ đoạn tinh vi hơn, gây giảm thiểu lòng tin vào sự bảo vệ của pháp luật. QSHTT được pháp luật bảo vệ nhưng nếu thiếu các nguyên tắc và phương thức thực thi thì việc bảo vệ, thực thi quyền đó chỉ còn trên danh nghĩa về mặt lý thuyết, hay nói cách khác đó chỉ còn là "hư quyền". Những năm gần đây, nhận thức về SHTT của các cơ quan quản lý nhà nước, doanh nghiệp và người tiêu dùng ngày càng được nâng cao. Hệ thống pháp luật về SHTT đang được xây dựng, các hoạt động bảo vệ QSHTT cũng được nỗ lực triển khai trên diện rộng.