Căn cứ vào kết quả công bố giá trị phần vốn nhà nước tại ngân hàng và kế hoạch kinh doanh của các năm sau khi chuyển thành ngân hàng cổ phần mà cơ quan quyết định cổ phần hóa sẽ quyết định quy mô và cơ cấu vốn điều lệ. Trong trường hợp hình thức cổ phần hóa là bán bớt vốn nhà nước tại ngân hàng thì vốn điều lệ được xác định không thấp hơn giá trị thực tế phần vốn nhà nước
tại doanh nghiệp. Còn trong trường hợp phát hành thêm cổ phiếu thì vốn điều lệ được xác định bằng giá trị thực tế của phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp và giá trị cổ phần phát hành thêm tính theo mệnh giá cổ phiếu.
Trên cơ sở vốn điều lệ đã được xác định, cơ quan quyết định cổ phần hóa quyết định cơ cấu cổ phần phát hành lần đầu, bao gồm: Cổ phần do Nhà nước nắm giữ, cổ phần bán cho nhà đầu tư chiến lược và nhà đầu tư khác, cổ phần bán cho tổ chức công đoàn tại ngân hàng cổ phần hóa và cổ phần ưu đãi cho người lao động tại ngân hàng.
Tỉ lệ số cổ phần do Nhà nước nắm giữ được thực hiện theo tiêu chí phân loại doanh nghiệp do Thủ tướng Chính phủ công bố trong từng thời kì. Ngân hàng thương mại là loại hình doanh nghiệp mà Nhà nước cần nắm giữ cổ phần chi phối. Tỉ lệ vốn Nhà nước có thể giảm dần qua nhiều giai đoạn nhưng không thấp hơn 51% vốn điều lệ của ngân hàng.
Cổ phần bán cho nhà đầu tư chiến lược và các nhà đầu tư khác không thấp hơn 25% vốn điều lệ, ngoại trừ trường hợp cơ quan quyết định cổ phần hóa xem xét, quyết định điều chỉnh quy mô vốn điều lệ để giảm cổ phần bán cho nhà đầu tư chiến lược và các nhà đầu tư thông thường khác thì mức cổ phần tối thiểu bán cho các nhà đầu tư đó không thấp hơn 20% vốn điều lệ. Tỉ lệ số cổ phần bán cho các nhà đầu tư cụ thể sẽ do Thủ tướng Chính phủ xem xét và quyết định. ở đây, có phân biệt rõ rệt giữa nhà đầu tư nước ngoài và nhà đầu tư trong nước. Các nhà đầu tư nước ngoài khi mua cổ phần của ngân hàng thương mại Việt Nam phải tuân thủ các quy định tại Nghị Định số 69/2007/NĐ-CP ngày 20/04/2007 về việc nhà đầu tư nước ngoài mua cổ phần của ngân hàng thương mại Việt Nam. Theo đó, các nhà đầu tư nước ngoài muốn mua cổ phần tại ngân hàng thương mại Việt Nam thì phải tuân thủ nguyên tắc sở hữu cổ phần là: Tổng mức sở hữu cổ phần của các nhà đầu tư nước ngoài và người có liên quan với các nhà đầu tư nước ngoài không được vượt quá 30% vốn điều lệ của một ngân hàng Việt Nam; Một nhà đầu tư nước ngoài và người có liên quan không được sở hữu quá 5% vốn điều lệ của một ngân hàng Việt Nam; Một tổ chức tín dụng
nước ngoài và người có liên quan không sở hữu quá 10% vốn điều lệ của một ngân hàng Việt Nam; Nhà đầu tư chiến lược nước ngoài và người có liên quan không sở hữu quá 15% vốn điều lệ của một ngân hàng Việt Nam, trong trường hợp đặc biệt thì Thủ tướng Chính phủ có thể căn cứ vào đề nghị của Ngân hàng Nhà nước để quyết định tăng mức sở hữu cổ phần của nhà đầu tư chiến lược nước ngoài lên nhưng không được quá 20% vốn điều lệ của một ngân hàng Việt Nam.
Cổ phần bán cho tổ chức công đoàn tại ngân hàng cổ phần hóa không được vượt quá 3% vốn điều lệ. Số cổ phần này do Tổ chức Công đoàn nắm giữ nhưng không được chuyển nhượng. Bộ Tài Chính và Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam hướng dẫn việc sử dụng nguồn quỹ hợp pháp để mua cổ phần trên nguyên tắc đảm bảo quyền lợi người lao động tại ngân hàng.
Cổ phần bán ưu đãi cho người lao động trong ngân hàng được xử lí như sau: người lao động có tên trong danh sách thường xuyên của ngân hàng tại thời điểm công bố giá trị ngân hàng cổ phần hóa được mua tối đa 100 cổ phần cho mỗi năm thực tế làm việc tại khu vực nhà nước với giá bán bằng 60% giá đấu thành công bình quân khi chào bán cổ phần lần đầu. Trong trường hợp số lượng cổ phần ưu đãi bán cho người lao động trong ngân hàng lớn hơn số lượng cổ phần dự kiến phát hành còn lại thì Thủ tướng Chính Phủ sẽ quyết định xem xét điều chỉnh quy mô vốn điều lệ để tăng số lượng hợp lí cổ phần bán ưu đãi cho người lao động trong ngân hàng. ở đây, có một vấn đề đó là hiện nay vẫn chưa có quy định cụ thể về giá trị của một cổ phần cho nên con số 100 trở nên không có ý nghĩa gì. Nhà nước mong muốn cho người lao động nhận được những ưu đãi xứng đáng với công sức mà họ đã bỏ ra nhưng nó lại phụ thuộc hoàn toàn vào giá trị của một cổ phần. Lợi ích mà người lao động nhận được ở đây có thể sẽ cao hoặc thấp hơn lợi ích mà họ xứng đáng được hưởng trong trường hợp giá cổ phiếu cao hoặc thấp. Mặt khác, quy định này cho thấy điều bất hợp lí ở chỗ lượng cổ phần chào bán ra đã không được quyết định bởi quy luật cung cầu của thị trường mà thay vào đó là số lượng người lao động. Điều đó ít nhiều sẽ ảnh
hưởng tới giá trị thực tế của cổ phần ngân hàng thương mại Nhà nước. Thiết nghĩ, ở đây quy định của pháp luật nên linh hoạt hơn theo hướng giảm số cổ phần bán cho một người lao động. Điều này sẽ giúp hạn chế khả năng số lượng cổ phần ưu đãi bán cho người lao động lớn hơn số cổ phần dự kiến phát hành còn lại và Nhà nước sẽ không phải xem xét điều chỉnh quy mô vốn điều lệ của ngân hàng để tăng số lượng hợp lí cổ phần bán ưu đãi cho người lao động.