- Các tiêu chí định lượng: Các tiêu chí định lượng thể hiện ở kết quả thực tế của nghiệp vụ kiểm tra, thanh tra thuế đã được tiến hành. Đó là kết quả cụ thể của việc thực hiện nhiệm vụ được giao hoặc kết quả đem lại của các nghiệp vụ kiểm tra, thanh tra thuế. Các tiêu chí này thường gồm:
+Tình hình thực hiện kế hoạch thanh tra: Tỷ lệ hoàn thành kế hoạch về số đối tượng thanh tra, kiểm tra so với kế hoạch năm; Tỷ lệ hoàn thành về số thời gian so với kế hoạch năm; Tỷ lệ hoàn thành kế hoạch về số vụ việc khiếu tố giải quyết được so với kế hoạch năm...
+Tình hình vi phạm pháp luật thuế đã phát hiện qua kiểm tra, thanh tra: Đánh giá tiêu chí này thường dựa vào các chỉ tiêu như: Tỷ lệ vi phạm pháp luật thuế/Tổng số đối tượng thanh tra, kiểm tra bình quân/thanh tra viên hàng năm; chi phí bằng tiền trực tiếp cho thanh tra, kiểm tra...
+ Hiệu quả trực tiếp của kiểm tra, thanh tra : Đánh giá tiêu chí này thường dựa vào các chỉ tiêu như: Chi phí kiểm tra, thanh tra so với số thuế truy thu đã nộp NSNN; Tỷ lệ giữ nguyên, sửa đổi hoặc huỷ bỏ quyết định truy thu thuế theo biên bản thanh tra, kiểm tra thuế khi giải quyết khiếu nại của đối tượng kiểm tra, thanh tra; Tỷ lệ trường hợp đối tượng kiểm tra, thanh tra chấp nhận hoàn toàn kết luận kiểm tra, thanh tra; Tỷ lệ số thuế truy thu được nộp vào NSNN/tổng số thuế truy thu....
+Mặc dù có thể tính toán cụ thể được một số chỉ tiêu đã kể trên, song trên thực tế đa số các chỉ tiêu không thực sự phản ánh rõ hiệu quả kinh tế của công tác kiểm tra, thanh tra. Bên cạnh việc tính toán các chỉ tiêu này trong năm, để đánh giá chính xác hơn tính hiệu quả, cần phải so sánh với các năm trước để đánh giá xu hướng
biến động của các chỉ tiêu, có như thế mới thấy rõ những tiến bộ của từng khâu công tác.
- Các chỉ tiêu định tính: Các chỉ tiêu định tính thường là hiệu quả của hoạt động kiểm tra, thanh tra mà không thể hoặc khó tính toán, đo đếm được. Đó thường là những hiệu quả có tính xã hội, chính trị như:
+Sự chuyển biến về ý thức tuân thủ pháp luật. Tiêu chí này có thể đo lường được thông qua so sánh tỷ lệ tuân thủ pháp luật thuế của đối tượng kiểm tra, thanh tra thuế qua các năm, đặc biệt là những đối tượng đã được kiểm tra, thanh tra.
+Tác dụng ngăn ngừa hành vi vi phạm pháp luật thuế; tạo sự công bằng giữa các ĐTNT; tạo môi trường cạnh tranh lành mạnh. Có thể đánh giá tác dụng này thông qua xem xét tỷ lệ đối tượng vi phạm bị xử lý truy thu thuế và xử phạt hành chính thuế. +Tác dụng phòng chống tham nhũng trong nội bộ cơ quan thuế và tạo lòng tin của ĐTNT vào hoạt động thanh tra, kiểm tra. Có thể đánh giá qua chỉ tiêu: Tỷ lệ cán bộ thuế vi phạm pháp luật trong thanh tra, kiểm tra; tỷ lệ cán bộ thuế vi phạm pháp luật bị xử lý (chia theo hình thức); những vụ việc vi phạm quan trọng và nhạy cảm được phát hiện và xử lý... Hệ thống tiêu chí đánh giá hiệu quả hoạt động kiểm tra, thanh tra được đánh giá theo kỳ (quý, năm) và được chia theo nhiều sắc thuế; theo hình thức thanh tra; theo loại đối tượng nộp thuế và từng nội dung thanh tra, kiểm tra tương ứng.