- Nguyên nhân khách quan
+ Do nhận thức của một số người dân còn hạn chế tham gia dẫn khách trốn lậu vé, tranh giành khách, bán khách…gây nên tình trạng mất trật tự an ninh.
+ Do ý thức của một số khách tham quan và nhu cầu của họ dẫn đến việc các tệ nạn diễn ra trong dịp lễ hội. Chính vì sự mê tín, tin vào bói toán mà du khách đã vô tình khiến cho nạn bói toán, giải hạn…phát triển kèm theo đó là sự ép giá, bắt chẹt khách. Do tính mùa vụ nên vào dịp lễ hội, lượng khách hành hương về tham quan Chùa Thầy rất đông dẫn đến tình trạng chen lấn, xô đẩy nhau, lộn xộn trước cửa chùa làm mất đi không khí thiêng liêng, tĩnh lặng nơi cửa chùa. Cách ăn mặc thiếu lịch sự của một số du khách gây ảnh hưởng xấu tới sự trang nghiêm nơi lễ phật. Ngoài ra, một số du khách thiếu ý thức đã vứt rác bừa bãi nơi cổng chùa, gây ra ô nhiễm môi trường, làm mất cảnh quan Chùa Thầy. Lượng khách tới lễ hội đông dẫn đến việc tạo cơ hội cho những kẻ xấu ăn cắp, móc túi.
- Nguyên nhân chủ quan
+ Việc phân công, phân cấp quản lý chưa thống nhất, phạm vi trách nhiệm chưa rõ ràng còn gây trở ngại cho hoạt động kinh doanh du lịch. Chưa có một bộ máy tổ chức, điều hành, quản lý thống nhất cho toàn khu vực. Ban tổ chức chỉ tập trung vào thu vé qua cổng, các ngành thuế chỉ tập trung vào thu thuế các loại. Địa phương xã còn có lúc né tránh nể nang nên hiệu quả quản lý thấp.
+ Sự phối hợp giữa các ngành chức năng và chính quyền địa phương trong công tác quản lý và khai thác chưa chặt chẽ, hoạt động thiếu hiệu quả
+ Hệ thống cơ chế chính sách chưa đồng bộ, chưa có các chính sách cụ thể ưu tiên phát triển du lịch như chính sách về đất đai, chính sách về vốn, chính sách thuế…để tạo môi trường hấp dẫn cho các nhà đầu tư.
+ Nhận thức của các cấp, các ban ngành và nhân dân trong huyện về du lịch còn chưa đầy đủ và nhất quán, chưa thấy rõ vai trò, vị trí và hiệu quả về nhiều mặt của du lịch. Do đó chưa tạo được sự phối hợp chỉ đạo quản lý đồng bộ chặt chẽ trong hoạt động du lịch.
+ Chưa có những giải pháp điều hòa, phân phối lại lợi ích kinh tế hợp lý giữa tỉnh, huyện, xã và giữa các đơn vị, cá nhân trong quá trình quản lý và khai thác nguồn tài nguyên du lịch.
+ Hiện tại, trong lĩnh vực du lịch đã xuất hiện mâu thuẫn giữa doanh nghiệp và nhân dân sở tại xung quanh vấn đề lợi ích, ít nhiều có ảnh hưởng đến môi trường đầu tư, thu hút các nguồn lực phát triển du lịch. Khá nhiều điểm du lịch đang trong tình trạng "việc ai, người ấy làm". Sự đồng thuận giữa doanh nghiệp, chính quyền và nhân dân sở tại chưa đạt đến độ cần thiết nên vẫn còn cảnh tranh mua, tranh bán... trong khi những thứ khách cần mua thì không có.
+ Trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ nhân viên ngành du lịch còn hạn chế
+ Về công tác tiếp thị, tuyên truyền: So với các điểm du lịch tâm linh khác, công tác quảng bá, tuyên truyền của Chùa Thầy còn non kém cả về nghệ thuật, kỹ thuật và phương pháp. Ngoài một số cuốn phim tài liệu, Chùa Thầy chưa có đội ngũ tuyên truyền viên, hướng dẫn viên chuyên nghiệp. Do đó, mặc dù có rất nhiều lợi thế nhưng chưa được nhiều người biết đến, doanh thu thấp.
+ Nhiều tiềm năng chưa được khai thác, lượng khách du lịch đến Chùa Thầy hàng năm khá lớn nhưng doanh thu từ các dịch vụ ở du lịch Chùa Thầy còn thấp mà nguyên nhân cơ bản là: chưa có nhà nghỉ phục vụ khách ở xa đến có nhu cầu ngủ qua đêm; chưa có nhà hàng ăn uống, giải khát phù hợp với nhu cầu của khách; chưa có các sản phẩm là đặc sản để bán cho khách du lịch.
+ Các tuyến giao thông xuống cấp: đường chật, mặt đường xấu, khó đi. Bãi để xe tạm bợ, khu vệ sinh kể cả việc tắm rửa sau leo núi chưa có…nên chưa thật sự hấp dẫn để thu hút du khách.
Những tồn tại, yếu kém ở trên và nguyên nhân của nó cần phải có giải pháp đồng bộ, cụ thể khắc phục kịp thời mới có thể nâng cao sức cạnh tranh so với các điểm du lịch khác, đáp ứng được nhu cầu của du khách và nâng cao hiệu quả kinh doanh
Trên cơ sở đánh giá, phân tích hiện trạng trên đây, đề ra được nhiệm vụ