Tình trạng đầu tư không theo quy hoạch được duyệt; khâu khảo sát nghiên cứu thiếu tính đồng bộ, không đầy đủ các chỉ tiêu kinh tế, khả năng tài chính, nguồn nguyên liệu, bảo vệ môi trường, điều tra thăm dò thị trường không kỹ; chủ trương đầu tư không đúng khi xem xét, phê duyệt dự án đầu tư. Theo nhận xét của các chuyên gia trong và ngoài nước, lãng phí ở khâu quy hoạch chiếm tới 60-70% tổng số thất thoát, lãng phí vốn nhà nước.
Mức độ lãng phí tập trung nhiều nhất ở khâu quyết định đầu tư, trong đó có các khía cạnh như: dự án có cần thiết đầu tư hay không, đầu tư vào lúc nào và ở đâu, triển khai với quy mô thế nào là thích hợp cho trước mắt cũng như quá trình khai thác, sử dụng lâu dài...thất thoát do đầu tư sai, thiếu cơ sở khoa học khá nhiều. Nhiều dự án sử dụng vốn đầu tư cơ bản của Nhà nước thông qua nhiều cơ quan chức năng có thẩm quyền đã phê duyệt các dự án, công trình đầu tư không có tính khả thi, kém hiệu quả.
Khâu khảo sát thiết kế cũng không kém phần quan trọng, tình trạng khảo sát ẩu dẫn đến tình trạng thiết kế sai, công trình không đảm bảo chất lượng, không phát huy được hiệu quả, chi phí xử lý tốn kém, thậm chí không thể sử dụng. Bắt đầu từ khảo sát, thiết kế một khi công việc này làm không tốt có thể sẽ gây ra thất thoát lãng phí ở các bước sau: Việc thừa vốn ở dự án này đôi khi không thể chuyển sang dự án khác nên nhiều chủ đầu tư phải tìm cách sử dụng cho hết vốn, công trình sinh ra chắp vá, tốn kém. Tại Dự án nâng cấp Quốc Lộ 5, do tính toán vốn đầu tư ban đầu không chính xác nên tổng số vốn đầu tư dôi ra khá nhiều, người ta phải nghĩ ra việc xây dựng đường gom, cầu vượt. Do bước khảo sát, thiết kế trong giai đoạn chuẩn bị đầu tư không tốt làm phát sinh khối lượng, phát sinh chi phí tư vấn giám sát, quản lý trong giai đoạn thi công. Vì dự án đã thực hiện nên phải bám lấy phương án đang tiến hành do vậy phải bổ sung vốn đầu tư để xử lý khối lượng phát sinh. Do thiết kế không tính toán chính
xác và không kiểm tra tính toán một cách cụ thể nên người thiết kế đã đưa ra các yêu cầu vật liệu cao hơn mức an toàn cần thiết.
Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, một công trình lớn như đường Hồ Chí Minh vẫn lặp lại yếu kém thường thấy trong lĩnh vực xây dựng cầu đường trong nhiều năm qua ngay từ khâu khảo sát, thiết kế. Ví dụ, 8 gói thầu đoạn Thanh Hóa - Nghệ An, do công tác thăm dò, khảo sát và tính toán địa chất, thủy văn, các bước lập thiết kế kỹ thuật sơ sài, có nhiều sai sót về địa chất công trình... dẫn đến khối lượng xây lắp, mời thầu, nhất là khối lượng đào đắp nền đường có thay đổi lớn, làm phát sinh chi phí khảo sát, thiết kế, tăng giá thành công trình: có gói thầu phát sinh thêm 9,4 tỉ đồng, có gói thêm 12 tỉ đồng. Tổng cộng, cả đoạn này phát sinh gần 53,92 tỉ đồng.
Việc lập dự án, chuẩn bị đầu tư là giai đoạn rất quan trọng, tuy nhiên, tại nhiều dự án được thanh tra, công tác khảo sát thiết kế, lập dự án còn sơ sài, thiếu chính xác, là nguyên nhân chính dẫn đến những dự án phải điều chỉnh, hoặc phải thiết kế, thi công lại, thời gian thực hiện dự án kéo dài, gây lãng phí, tốn kém lớn cho ngân sách Nhà nước. Quản lý chất lượng yếu kém trong giai đoạn lập dự án đầu tư dẫn đến nhà máy xây xong không có nguyên liệu phải hoạt động cầm chừng, cảng cá không có tàu cập bến, chợ không có người họp, nhà xây xong không có người ở...
Việc thẩm định và phê duyệt dự án để ra quyết định đầu tư chỉ quan tâm tới tổng mức vốn đầu tư, không quan tâm tới hiệu quả, điều kiện vận hành của dự án, nên nhiều dự án sau khi hoàn thành và đưa vào sử dụng không phát huy tác dụng, gây lãng phí rất lớn.
Số lượng và tỉ lệ các dự án đầu tư XDCB sử dụng ngân sách nhà nước có vi phạm các qui định về quản lý đầu tư (không phù hợp với qui hoạch; phê duyệt không đúng thẩm quyền; không thực hiện đầy đủ trình tự thẩm tra, thẩm định dự án; đấu thầu không đúng qui định; bỏ giá thầu không phù hợp; phê duyệt không kịp thời; ký hợp đồng không đúng qui định; chậm tiến độ; chất lượng xây dựng thấp; lãng phí) có xu hướng tăng lên.
Cụ thể, năm 2005 có 1.822 dự án vi phạm (chiếm 14,57% dự án thực hiện đầu tư trong năm), năm 2006 có 3.173 dự án vi phạm (chiếm 18,19% dự án thực hiện đầu tư trong năm), năm 2007 có 4.763 dự án vi phạm (chiếm 16,6% dự án thực hiện đầu tư trong năm)... Các bộ, ngành và địa phương mới phản ánh được những sai phạm trong thủ tục đầu tư, chưa phản ánh đúng thực tế về chất lượng công trình và việc thất thoát, lãng phí trong đầu tư xây dựng (theo báo cáo của các cơ quan năm 2005 có 28 dự án có lãng phí, chiếm 0,1%; năm 2006 có 8 dự án có lãng phí, chiếm 0,03%; năm 2007 có 17 dự án có lãng phí, chiếm 0,06% tổng số dự án thực hiện đầu tư trong năm)...