Thứ nhất, đầu tư còn dàn trải
Trong những năm qua, mặc dù đã có một số tiến bộ nêu trên những tình trạng đầu tư còn dàn trải trong bố trí kế hoạch vẫn chưa khắc phục triệt để. Tình trạng này được tích tụ trong nhiều năm, gây lãng phí lớn và dẫn đến hiệu quả đầu tư thấp, nhưng chậm được khắc phục. Việc bố trí vốn đầu tư thuộc ngân sách nhà nước còn dàn trải thiếu tập trun, số lượng dự án năm sau lớn hơn năm trước là điểm yếu và lặp đi lặp lại nhiều năm nay. Do đó mà số dự án tích tụ còn quá lớn, vượt xa khả năng cân đối nguồn vốn của ngân sách nhà nước và của nền kinh tế nói chung. Chẳng hạn, tổng dự toán của công trình giao thông được đưa vào kế hoạch năm 2004 gấp hơn 10 lần so với số vốn bố trí trong kế hoạch. Do đó chỉ một số ít công trình có thể tập trung vốn để hoàn thành sớm, tình trạng đầu tư kéo dài là phổ biến. Việc phân cấp trong quản lý đầu tư là phù hợp nhưng việc giám sát ở nhiều địa phương để đầu tư tập trung, có trong điểm chưa có kết quả rõ rệt.
Thứ hai, thất thoát trong đầu tư xây dựng cơ bản việc quản lý đầu tư kinh doanh của nhiều doanh nghiệp còn bị buông lỏng. Nhiều cá nhân quản lý doanh nghiệp nhà nước đã lợi dụng việc tự chủ trong sản xuất kinh doanh để thao túng các họat động đầu tư kinh doanh của doanh nghiệp,gây tổn thất lớn nguồn vốn của Nhà nước. Các
hành vi vi phạm này chỉ được phát hiện khi có sự tham gia của cơ quan thanh tra, điều tra.
Thứ ba, hiệu quả sử dụng vốn đầu tư từ ngân sách nhà nước chưa cao, chưa phát huy được lợi thế so sánh và lợi thế cạnh tranh trong từng ngành, vùng và của cả nền kinh tế.
Một là trong nông nghiệp còn nặng đầu tư vào các công trình thuỷ lợi chủ yếu là thuỷ lợi phục vụ cây lúa, việc xây dựng các công trình thuỷ lợi tưới cho các loại cây công nghiệp còn ít, còn coi nhẹ đầu tư thuỷ lợi cấp nước cho công nghiệp và dân sinh. Vốn cho công tác nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, công tác nghiên cứu phát triển giống, khuyến nông, khuyến lâm khuyến ngư thời gian đầu chưa được quan tâm thoả đáng. Cơ cấu đầu tư còn nhiều điểm chưa hợp lý như đầu tư từ ngân sách cho một số ngành và sản phẩm được bảo hộ, đầu tư cho nông nghiệp, nông thôn và cơ sở hạ tầng còn thấp…Việc đầu tư phục vụ việc chuyển đổi cơ cấu kinh tế còn ít, nặng về đầu tư quốc doanh, chưa có chính sách tốt để thu hút các nguồn vốn ngoài ngân sách đầu tư phát triển nông nghiệp nông thôn. Mới quan tâm đầu tư nhằm phát triển năng lực sản xuất, chưa quan tâm đến đầu ra của sản xuất, đầu tư cơ sở hạ tầng phục vụ lưu thông hàng hoá, đầu tư cho công tác bảo quản chế biến sau thu hoạch, đầu tư cho thông tin thị trường chưa tương xứng. Mới quan tâm đầu tư theo chiều rộng, lấy số lượng làm chính, do vậy một số hàng hoá nông sản làm ra thường chất lượng không cao, chủng loại mẫu mã kém, không phù hợp với yêu cầu của thị trường, giá thành cao hơn các nước trong khu vực và trên thế giới, khả năng cạnh tranh thấp, tỷ lệ nông sản qua chế biến thấp, phần lớn xuất khẩu hàng nông sản dưới dạng thô.
Hai là trong công nghiệp và các ngành kinh tế, hầu hết các công trình đầu tư đã quá chú trọng vào đầu tư để tăng công suất sản xuất mà chưa chú ý đúng mức đến năng lực cạnh tranh của đầu ra sản phẩm được thị trường chấp nhận đến mức nào; tuy có quy hoạch nhưng còn rất lúng túng trong việc tạo một hệ thống chính sách, biện pháp phù hợp để thực hiện quy hoạch gắn với thị trường, nên dẫn đến đầu tư quá mức trong một số ngành làm cho một số sản phẩm cung vượt quá cầu; chưa tập trung đổi mới công nghệ theo hướng hiện đại nên chất lượng sản phẩm chưa cao, giá thành chưa hạ chưa đầu tư đúng mức cho công nghiệp sản xuất vật liệu, công nghiệp chế tạo công nghệ cao để tăng cường khả năng chủ động của nền kinh tế trong điều kiện ngày càng hội nhập sâu rộng. Một số dự án chương trình đầu tư phát triển công nghiệp đã đề ra trong kỳ kế hoạch 5 năm chưa được triển khai hoặc triển khai chậm do chưa tính hết các yếu tố khách quan từ phía đối tác và cả yếu tố chủ quan trong đó có yếu tố ngùôn vốn.
Ba là, hiệu quả kinh doanh của các doanh nghiệp nhà nước quá thấp kém, dù đã được ưu đãi, song tỷ lệ lợi nhuận trên vốn nhà nước rất thấp. Năng lực cạnh tranh của nhiều doanh nghiệp nhà nước còn nhiều thấp kém do công nghệ thiết bị lạc hậu,
không đồng bộ năng suất, chất lượng không cao, nhiều sản phẩm có đầu vào cao so với định mức và so với bình quân của các nước trong khu vực.Trong cơ chế quản lý đầu tư xây dựng và kế hoạch hoạt động đầu tư chưa đồng bộ và còn nhiều bất cập, sơ hở để bị lợi dụng do bị hiểu sai hoặc cố tình hiểu sai các quy định của nhà nước từ đó gây thất thoát lãng phí vốn ngân sách nhà nước, không đảm bảo được hiệu quả hoạt động đầu tư. Chính vì vậy cần phải xem xét lại một cách có hệ thống toàn diện cơ chế chính sách quản lý trong đầu tư phát triển bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước để kịp thời phát hiện sửa chữa bổ sung cho phù hợp với điều kiện thực tế những cũng phải đảm bảo tính ổn định của chính sách quản lý.Còn có sự chồng chéo, phân công chưa rõ ràng giữa người ra quyết định đầu tư và chủ đầu tư. Tư vấn quản lý dự án, ban quản lý dự án còn chưa rõ ràng về trách nhiệm cho từng chức danh công việc, còn chịu sự chỉ đạo của cùng một cơ quan.Tổ chức tư vấn thiết kế các nhà thầu xây dựng, tư vấn giám sát chưa hẳn đã đảm bảo yếu tố độc lập khách quan. Quy trình đầu tư còn khép kín, do vậy hiệu lực hiệu quả đấu thầu giám sát chưa cao, nhiều trường hợp chỉ mang tính chất hình thức. Chưa có tổ chức tư vấn hoạt động độc lập về các lĩnh vực có liên quan đến đầu tư
Vấn đề chất lượng công tác hoạch định, quy hoạch đầu tư còn hạn chế. Mối quan hệ về công khai quy hoạch và công tác giải phóng mặt bằng còn nhiều khiếm khuyết do đó ảnh hưởng tới công tác giải phóng mặt bằng của nhiều dự án trên địa bàn tỉnh nhiều chủ trương phê duyệt sai vị trí địa điểm đầu tư, thời điểm đầu tư.
Vấn đề thực hiện đầu tư: công tác triển khai thủ tục đầu tư còn chậm so với yêu cầu thực tế. Chất lượng công tác tư vấn đầu tư còn thấp, nhiều dự án trong quá trình tổ chức triển khai thực hiện thậm chí chưa khởi công đã phải phê duyệt điều chỉnh dẫn đến kéo dài thời gian triển khai thực hiện các thủ tục chuẩn bị đầu tư, chuẩn bị phê duyệt dự án.
Vấn đề năng lực chủ đầu tư: chưa theo kịp yêu cầu được giao, thiếu cán bộ có năng lực có trình độ chuyên môn nên quá trình triển khai thực hiện đầu tư còn lúng túng mất nhiều thời gian nhất là khâu hoàn thiện thủ tục hành chính. Bên cạnh đó cũng có hiện tượng chủ đầu tư vô trách nhiệm, phó mặc cho đơn vị tư vấn triển khai thực hiện chuẩn bị dự án đầu tư. Năng lực yếu kém của chủ đầu tư cũng là một trong những nguyên nhân trực tiếp ảnh hưởng hiệu quả đầu tư.