Hoạt động giám sát th−ờng xuyên của các NHTM cổ phần đ−ợc thực hiện thông qua các cấp quản lý cơ sở tại mỗi bộ phận nghiệp vụ vμ cấp điều hμnh đơn vị, chi nhánh của ngân hμng. Đối với hoạt động tín dụng, hoạt động chủ yếu chiếm tỷ lệ trên 70% trong tổng thu nhập của các NHTM cổ phần, th−ờng có quy định các tr−ởng phòng tín dụng, giám đốc chi nhánh phải có trách nhiệm giám sát danh mục cho vay của đơn vị mình, kiểm soát việc thực hiện nghiệp vụ của các cán bộ tín dụng thuộc cấp, vμ báo cáo thông tin về cho Hội sở thông qua cuộc họp giao ban.
Ngoμi ra để nâng cao chất l−ợng phục vụ khách hμng, các nhμ quản trị ngân hμng rất quan tâm đến việc tiếp nhận thông tin phản hồi từ khách hμng thông qua hộp th− ý kiến, phiếu thăm dò hay địa chỉ email của ngân hμng.
Các NHTM cổ phần cũng chú trọng đến việc giám sát kiểm tra, kiểm soát định kỳ thông qua bộ phận kiểm toán nội bộ của ngân hμng, đặc biệt lμ kiểm tra tín dụng. Kiểm toán nội bộ đ−ợc thực hiện định kỳ theo kế hoạch hμng năm hoặc theo yêu cầu kiểm tra đột xuất.
Theo Luật Các tổ chức tín dụng đã đ−ợc sửa đổi, bổ sung năm 2004, tất cả các tổ chức tín dụng nói chung vμ NHTM nói riêng đều phải thực hiện kiểm toán độc lập các báo cáo tμi chính hμng năm. Tất cả các NHTM đều đã tuân thủ vấn đề nμy. Bên cạnh đó, một số các NHTM cổ phần còn thuê kiểm toán độc lập thực hiện các cuộc kiểm toán theo chuyên đề để kiểm toán tuân thủ, kiểm toán danh mục tín dụng, hoặc đánh giá tình hình đầu t− mμ ngân hμng tμi trợ cho vay.
Tuy nhiên, vẫn còn những vấn đề bất cập xảy ra nh− hệ thống kiểm toán, kiểm soát nội bộ hoạt động ch−a hiệu quả. Sự phân định hoạt động kiểm toán vμ kiểm soát nội bộ ch−a rõ rμng. Theo các chuẩn mực quốc tế thì chức năng của kiểm toán nội bộ vμ kiểm soát nội bộ có sự tách bạch rất rõ rμng. Kiểm soát nội bộ lμ một công cụ của Ban điều hμnh nhằm đảm bảo việc tuân thủ những chính sách vμ thủ tục, ngăn chặn các hμnh động lạm dụng vμ vi phạm quy chế cũng nh− tăng c−ờng công tác quản lý rủi ro vμ điều hμnh trong toμn hệ thống. Còn nhiệm vụ của kiểm toán nội bộ lμ đảm bảo tính trung thực vμ hợp lý của các báo cáo tμi chính do bộ phận kế toán lập để cung cấp cho Ban điều hμnh theo định kỳ hoặc tiến hμnh những cuộc kiểm tra cụ thể theo yêu cầu của Ban điều hμnh để đảm bảo chất l−ợng của các báo cáo tμi chính th−ờng niên.
Thực tế hiện nay cho thấy, chức năng, nhiệm vụ của kiểm toán nội bộ vμ kiểm soát nội bộ đang có những mảng chồng chéo nhau, dẫn đến sự lãng phí cũng nh− gây phiền hμ cho các đối t−ợng bị kiểm tra, lμm giảm hiệu quả hoạt động.
Thiếu sự phối hợp giữa các cơ quan kiểm tra, giám sát ngân hμng nh− Thanh tra ngân hμng, kiểm toán nội bộ vμ kiểm toán độc lập. Công tác kiểm tra, thanh tra chồng chéo, gây lãng phí vμ không hiệu quả. Trong khi đó, các thủ tục trong quy trình nghiệp vụ, nhất lμ nghiệp vụ tín dụng ch−a đ−ợc kiểm tra chặt chẽ, ch−a đ−ợc đánh giá lại một cách độc lập, khách quan.
Đội ngũ kiểm toán nội bộ tại các NHTM cổ phần quá mỏng so với quy mô hoạt động vμ mạng l−ới chi nhánh của ngân hμng; trình độ, kinh nghiệm của kiểm toán viên nội bộ còn hạn chế… đã không đáp ứng đ−ợc yêu cầu về phát hiện triệt để các gian lận, sai sót, vμ kiểm soát tính tuân thủ trong từng hoạt động của ngân hμng.
Việc xây dựng bộ máy kiểm toán nội bộ chuyên trách tại mỗi chi nhánh của NHTM cổ phần để phục vụ cho mục tiêu giám sát từ xa của Ban lãnh đạo ch−a đ−ợc thực hiện. Đa phần bộ phận kiểm toán nội bộ đ−ợc tổ chức tại Hội sở của các NHTM cổ phần. Nguyên nhân sâu xa của vấn đề nμy lμ do các yếu tố về nhân sự, nguồn lực, vμ cách thức tổ chức, ngoμi ra cũng có thể do quan điểm của các nhμ quản lý ngân hμng, họ chạy theo mục tiêu kinh doanh mμ ch−a chú trọng thoả đáng đến kết quả của kiểm toán nội bộ. Phản ứng của các nhμ quản lý đối với các báo cáo của kiểm toán nội bộ về các sai phạm chỉ lμ những biện pháp xử lý tức thời chứ không phải lμ các giải pháp cụ thể để khắc phục những yếu kém của hệ thống kiểm soát nội bộ vμ ngăn ngừa sự tái diễn của các sai phạm.