Về mối quan hệ giữa Tổng Công Ty và các công ty phụ thuộc còn nhiều bất cập: Chưa khoa học, không chuyên nghiệp, kém thống nhất, mang tính chủ quan…Điều này ảnh hưởng đến công tác quản lý và điều hành của TCT đối với các công ty phụ thuộc và gây ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động SXKD của cả CTM.
Về mối quan hệ giữa TCT và các công ty thành viên hạch toán độc lập đang thực hiện chuyển đổi và quan hệ TCT và các công ty thành viên hạch toán độc lập đã thực hiện chuyển đổi không có sự khác biệt lớn. Chính vì vậy TCT chưa thoát khỏi cách quản lý theo mô hình cũ, điều này ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động SXKD của toàn TCT. Mối quan hệ này còn rất phức tạp pha trộn giữa quan hệ theo kiểu cũ-Mô hình TCT và một phần lại theo mô hình mới CTM- CTC của TĐKT. Điều này gây khó khăn trong định hướng phát triển của các đơn vị thành viên nói riêng và của cả tập đoàn nói chung. Chính sự không nhất quán này gây một số vướng mắc trong quá trình phát triển của toàn TCT.
Mặc dù đã chuyển đổi sang hoạt động theo mô hình CTM-CTC, nhưng quan hệ giữa TCT với các công ty thành viên vẫn còn tồn tại kiểu quan hệ cấp trên – cấp dưới. Chính kiểu quan hệ này đã dẫn đến tình trạng chủ quan, ỷ lại của các CTTV. Mặc dù các CTTV đã cổ phần hoá vẫn còn tâm lý trông chờ vào
sự hỗ trợ của CTM về vốn, thị trường… Họ không tự chủ trong việc tìm kiếm thị trường. Phần lớn hoạt động SXKD chính, doanh thu chính của các CTC đều từ các hợp đồâng xây lắp do CTM giao thầu lại. Trong toàn TCT, chỉ có Công ty C&T và Công ty Cổ phần Xây dựng Số 5 là tự mở rộng SXKD sang lĩnh vực kinh doanh vật tư và kinh doanh căn hộ cao cấp, nên hai đơn vị này hoạt động khá hiệu quả và tương đối độc lập đối với CTM.