Bản chất của hệ thống kiểm soát nội bộ là giúp doanh nghiệp thực hiện hiệu quả những mục tiêu đề ra. Vì vậy, hệ thống KSNB có một vị trí vô cùng quan trọng trong một doanh nghiệp.
Với mục tiêu bảo vệ tài sản của đơn vị, hệ thống KSNB phát hiện đợc những thiệt hại, những sai sót, những vi phạm trong việc sử dụng tài sản của đơn vị. Từ đó, hệ thống KSNB đề ra đợc những biện pháp để bảo vệ tài sản hữ hiệu hơn và sử dụng hợp lý nguồn tài sản của doanh nghiệp.
Thông tin tài chính là một bộ phận cấu thành quan trọng của hệ thống thông tin trong đơn vị. Nếu hệ thống thông tin sai lệch so với thực tế sẽ ảnh hởng nghiêm trọng tới hoạt động của đơn vị. Các nhà quản lý ko nắm bắt đợc hoạt động của công ty mình, từ đó đề ra những phơng hớng hoạt động sai lầm, đẩy công ty vào tình trạng có thể “phá sản lúc nào không biết”. Hệ thống KSNB trong doanh nghiệp duy trì và kiểm tra việc tuân thủ các chính sách có liên quan đến các hoạt động của doanh nghiệp, ngăn chặn và phát hiện kịp thời những gian lận và sai sót trong mọi hoạt động của doanh nghiệp. Hệ thống KSNB sẽ phát hiện ra những thông tin không chính xác, những thông tin không đáng tin cậy, quản lý doanh nghiệp sẽ căn cứ vào đó xác định đợc tình hình của doanh nghiệp, từ đó sẽ xây dựng chiến lợc phát triển công ty hợp lý hơn.
Hệ thống KSNB cũng giúp cho nhà quản lý xem xét đợc hiệu quả hoạt động và năng lực quản lý của doanh nghiệp, tìm ra đợc điểm yếu trong năng lực quản lý, làm cho doanh nghiệp hoạt động không hiệu quả. Từ đó đa ra những biện pháp cải thiện tình hình đó.
Hệ thống KSNB đóng vai trò quan trọng trong một doanh nghiệp. Nó sẽ giúp cho doanh nghiệp hoạt động hiệu quả hơn, giúp doanh nghiệp phát triển và đI đúng hớng kinh doanh, giảm thiểu những sai sót và rủi ro trong quản lý cũng nh trong hoạt động của một doanh nghiệp.