Thực tế, qua gần 10 năm thực thi CPH DNNN cho thấy, CPH là một chương trình đầy khó khăn và phức tạp, một mặt do bao hàm nhiều mục tiêu, mặt khác do động chạm đến nhiều vấn đề kinh tế, xã hội, chính trị liên quan đến nhiều tầng lớp người khác nhau. Nếu cứ tiếp tục CPH theo kiểu phong trào tự giác hiện nay thì có thể dự báo CPH những năm tới sẽ khó đạt kế hoạch đặt ra.
Theo kinh nghiệm tư nhân hóa ở một số nước thành công, cần phải thiết lập một cơ quan chuyên trách đủ mạnh để dồn tâm lực vào quá trình xây dựng chương trình, mục tiêu, phương án CPH khoa học, khả thi trên phạm vi tổng thể bỏ qua lợi ích cục bộ của các cơ quan chủ quản và kiên quyết thực hiện tới cùng chương trình đó. Cách làm theo kiểu phong trào những năm qua đã dẫn đến các hậu quả không mong muốn như: CPH diễn ra rất chậm do phải chờ các cơ quan chủ quản và doanh nghiệp tự nguyện; các DNNN dễ cổ phần hóa và có lợi cho các bên liên quan khi CPH thì làm nhanh, các doanh nghiệp gặp khó khăn hoặc xin rút, hoặc tìm mọi cách lẩn tránh, kéo dài quá trình làm thủ tục; nhà nước không kiểm soát được quá trình CPH nên đôi khi bị thất thoát vốn nhà nước...
Do vậy, cấp thiết phải thiết lập cơ quan chuyên trách về CPH để thực sự đặt quá trình CPH trên cơ sở khoa học và kiểm soát được từ phía nhà nước cũng như linh hoạt, kiên quyết khi giải quyết khó khăn, vướng mắc trong quá trình CPH .