Vấn đề nợ tồn đọng, nợ khó đòi đang là vấn đề gây nhiều khó khăn khi tiến hành CPH tại các DNNN, đặc biệt là giải quyết nợ khó đòi, nợ tồn đọng nhiều năm trong cơ chế cũ. Hiện nay, các DNNN có những khoản nợ trong xây dựng cơ bản là rất lớn, các doanh nghiệp khó có khả năng thu hồi nợ với nhiều lý do khác nhau, nhưng chủ yếu là do thủ tục xây dựng cơ bản chưa đúng quy định. Hiện tại, TP. Cần Thơ đã có hướng giải quyết là đề nghị các doanh nghiệp này tậρ trung thu hồi nợ, xác định, phân loại nợ để có hướng xử lý. Tuy nhiên, biện pháp này chưa đem lại kết quả thật khả quan. Hiện tại các đơn vị có nợ tồn đọng nhiều như Công ty xây dựng và phát triển đô thị TP. Cần Thơ, Công ty xây dựng Cần Thơ, Công ty xây lắp và phát triển kinh doanh nhà Cần Thơ. Đây cũng chính là đối tượng mà TP. Cần
Thơ sẽ CPH trong năm 2004, tuy nhiên do chưa giải quyết được các khoản nợ tồn đọng nên đã được chuyển sang là đối tượng CPH DNNN mới trong năm 2005. Chính vì vậy, để củng cố cho doanh nghiệp trước khi thực hiện CPH, biện pháp trước tiên phải thực hiện là giúp cho các DNNN cơ cấu lại năng lực sản xuất kinh doanh và làm lành mạnh hoá tình tình tài chính, đặc biệt là xử lý các khoản nợ. Để giải quyết tình trạng này Bộ Tài chính cần thiết lập một cơ chế xử lý nợ mới theo hướng cởi mở và thông thoáng hơn. Đồng thời mở rộng quyền cho cơ sở trong việc xử lý những khoản nợ đã mất khả năng thanh toán, chẳng hạn như:
- Ban hành cơ chế cho phép các DNNN được khoanh nợ hoặc chuyển nợ Ngân sách thành vốn Nhà nước cấp ở những hoạt động kinh doanh có hiệu quả, nhưng do các doanh nghiệp này đang thiếu vốn kinh doanh. Trong trường hợp các doanh nghiệp có những khoản nợ phải trả quá lớn, thực chất là thất thoát không có khả năng trả nợ, doanh nghiệp không thể kinh doanh có lãi trong vòng 3 năm sau CPH, Thành phố nên xem xét có thể cho xoá hẳn một phần nợ, tạo điều kiện cho DNNN phát triển.
- Ngân hàng và các chủ nợ khác có thể chấp nhận cho các doanh nghiệp trả phần nợ gốc không lãi phần còn nợ, nhưng phải trả ngay và có thể xoá một phần nợ nếu được mua cổ phiếu không qua đấu giá (tối đa theo mức khống chế) ở các doanh nghiệp thực hiện CPH.