Để thực hiện đợc các chức năng, nhiệm vụ cơ bản trên Trung tâm hiện có 5 đơn vị thành viên và 7 phòng ban giúp việc cho Tổng giám đốc (Sơ đồ 1).
Do hoạt động của Trung tâm mang tính đặc thù là đơn vị cung cấp dịch vụ với hàm lợng kỹ thuật cao, phạm vi hoạt động rộng nằm ở tất cả các nơi trên vùng trời của cả nớc và không phận quốc tế do ICAO phân công, do vậy việc quản lý hoạt động của trung tâm là công việc rất khó khăn đòi hỏi phải có tính kỷ luật cao, bởi nó liên quan trực tiếp đến tính mạng con ngời và của cải vật chất.
Bộ máy quản lý của Trung tâm đợc xây dựng theo mô hình trực tuyến các phòng ban có chức năng tham mu, quản lý theo ba cấp: Cục hàng không dân
dụng Việt Nam - Tổng công ty quản lý bay dân dụng Việt Nam - Công ty quản lý bay khu vực. Đứng đầu ban lãnh đạo là Tổng giám đốc chịu trách nhiệm trớc Cục hàng không dân dụng Việt Nam để chỉ đạo trực tiếp các phòng nghiệp vụ và hệ thống các khu vực, các phòng ban và các khu vực quản lý điều hành bay cung cấp thông tin phản hồi cho ban lãnh đạo. Điều này đợc thể hiện rõ ở sơ đồ tổ chức của Tổng công ty quản lý điều hành bay dân dụng Việt Nam ( Sơ đồ 1)
* Ưu điểm:
-Tất cả các đơn vị trong Trung tâm đều chịu sự chỉ đạo của Ban giám đốc nên hoạt động kinh doanh dịch vụ trong Trung tâm điều hành bay là thống nhất.
-Ban giám đốc kiểm soát mọi hoạt động của đơn vị do đó việc đánh giá chất lợng công tác của đơn vị đều do Ban giám đốc quyết định tránh đợc hiện tợng bao che giữa các đơn vị.
* Nhợc điểm:
Ban giám đốc quản lý tất cả các đơn vị do vậy nhiệm vụcủa Ban giám đốc quá nặng nề và nhiệm vụ của các phòng chức năng lại đơn giản. Các phòng ban trực tiếp chỉ đạo các đơn vị cấp dới khicó sự chỉ đạo của Ban giám đốc. Nh vậy các phòng ban không chủ động thực hiện các nhiệm vụ của mình và không có điều kiện để phát huy sáng kiến cải tiến kỹ thuật