Cơ cấu tổ chức, điều hành của Sàn giao dịch chứng khoán Tokyo cũng đồng thời là cơ cấu tổ chức, điều hành của sàn giao dịch các hợp đồng quyền chọn và hợp đồng tương lai.
Cơ cấu tổ chức của TSE Group được tổ chức dưới hình thức một công ty với hệ thống các uỷ ban để tách bạch giữa quyền hạn và trách nhiệm trong việc quản lý, thực hiện các chức năng. Đặc biệt các ban gồm các giám đốc từ bên ngoài được thành lập với các chức năng giám sát và chức năng thực hiện kinh doanh được tách biệt, bao gồm:
Ban Điều hành: Ban Điều hành chịu trách nhiệm quản lý toàn bộ hoạt động giao dịch, gồm tối đa 16 thành viên, trong đó 11 thành viên được chỉ định từ bên ngoài công ty để tăng tính minh bạch và khách quan cho công tác điều hành, mở rộng việc giám sát các giao dịch thực hiện một cách đầy đủ. Trong 11 thành viên bên ngoài đó, có 5 người từ các công ty niêm yết trên TSE, 2 người là chuyên gia về luật pháp, 2 người có chứng chỉ kiểm toán công cộng, 1 người là phóng viên độc lập, và 1 là nhân viên chính thức của ngân hàng trung tâm. Mỗi thành viên phải có kiến thức chuyên sâu trong lĩnh vực phụ trách, điều này giúp mở rộng các hệ thống hoạt động của TSE trong các quan điểm khác nhau từ bên ngoài. Ban Điều hành quyết định các chính sách cơ bản và các vấn đề quan trọng ảnh hưởng đến việc quản lý và quản lý toàn bộ hoạt động quản trị kinh doanh theo các quyết định đó.
Ban bổ nhiệm: quyết định các hồ sơ gởi cho Đại hội cổ đông thường niên về việc
bầu cử, bổ nhiệm và bãi nhiệm các giám đốc.
Ban Kiểm toán: bao gồm 4 giám đốc, 3 trong số họ là từ bên ngoài với một người
từ ngân hàng trung ương, một người là luật sư và một người là kiểm toán công chúng. Dựa trên kế hoạch kiểm toán và nhiệm vụ được phân công, ban kiểm toán thực hiện giám sát và điều chỉnh nội bộ cho các trường hợp hoạt động khác nhau trên cơ sở phối hợp thống nhất và đồng bộ với các nhân viên kiểm toán của phòng kiểm toán nội bộ hoặc của các công ty con khác.
Ban bồi thường: bao gồm 3 giám đốc, hai trong số họ là ở ngoài công ty. Ban bồi
thường xác định trách nhiệm bồi thường của mỗi giám đốc và người điều hành.
Kiểm toán nội bộ: kiểm toán nội bộ có nhiệm vụ kiểm tra và ngăn ngừa các hành vi
giao dịch vi phạm nguyên tắc và điều lệ của sàn giao dịch. Kiểm toán nội bộ do Chủ tịch và Tổng giám đốc điều hành quản lý trực tiếp.
Ban tư vấn: chịu trách nhiệm tham mưu và tư vấn cho các quyết định và phương thức quản lý điều hành của Ban Giám đốc. Uỷ ban tư vấn gồm Uỷ ban cấu trúc thị trường, Uỷ ban điều lệ và Uỷ ban kỷ luật.