Đối với phương thức chuyển tiền, việc chuyển tiền đôi khi còn chậm trễ, thời gian thanh toán chậm hơn so với một số ngân hàng khác như Ngân hàng Ngoại thương, Ngân hàng Công thương.
Đặc biệt phương thức chuyển tiền trước là một trong những phương thức thanh toán ẩn chứa rủi ro khá cao đối với cả ngân hàng và người chuyển tiền do việc trả tiền không gắn liền với việc giao chứng từ. Chính vì vậy, NHNo Tây Hà Nội còn gặp một số khó khăn khi thực hiện phương thức này. Cụ thể là, trong quá trình thực hiện, Chi nhánh sẽ phải kiểm tra kỹ hợp đồng ứng trước và sẽ quyết định có chuyển tiền hay không mà không thể biết về nội dung của chứng từ và hàng hóa. Nếu Chi nhánh quyết định chuyển tiền thì sau khi nhận được hàng và có chứng từ, khách hàng phải giao lại chứng từ cho Chi nhánh để lưu lại. Ngân hàng Nhà nước sẽ thường xuyên kiểm tra việc chuyển tiền ra nước ngoài để xem xét xem chuyển có đúng mục đích không và có chuyển đúng số lượng quy định theo pháp lệnh ngoại hối không. Tuy vậy, sau khi nhận được hàng, người nhập khẩu thường quên hoặc cố tình không nộp lại chứng từ cho Chi nhánh. Vì vậy đã gây khó khăn cho Chi nhánh trong việc chứng minh việc chuyển tiền là đúng mục đích và đúng với quy định trong pháp lệnh ngoại hối.
Một hạn chế khác đối với phương thức chuyển tiền tại Chi nhánh là trong nhiều trường hợp, Chi nhánh không thể chuyển tiền trực tiếp đến ngân hàng trả tiền mà khách hàng yêu cầu do mạng lưới ngân hàng đại lý của Chi nhánh còn hạn chế. Nên trong phương thức chuyển tiền đi, chi nhánh chỉ chuyển tiền đến một ngân hàng trung gian, là ngân hàng mà cả Chi nhánh và ngân hàng trả tiền có tài khoản, sau đó ngân hàng trung gian này sẽ ghi nợ có số tiền tương ứng vào tài khoản của Chi nhánh và ngân hàng trả tiền, ngân hàng trung gian sẽ thông báo cho ngân hàng trả tiền về số tiến tăng thêm trong tài khoản của ngân hàng đó và yêu cầu thực hiện giao dịch. Do phải tiến hành qua một trung gian như vậy nên không thể tránh khỏi những hạn chế về thời gian thực hiện nghiệp vụ, chi phí và những rủi ro khác như việc ngân hàng trung gian gây khó khăn cho việc chuyển tiền, chuyển tiền chậm trễ gây mất uy tín cho Chi nhánh...
Đối với phương thức nhờ thu, ngoài những hạn chế vốn có, phương thức nhờ thu tại Chi nhánh NHNo Tây Hà Nội còn gặp một số hạn chế khác về thời gian thanh toán còn kéo dài. Hơn nữa còn hay gặp rủi ro nếu sơ suất không phát hiện đuợc những bất đồng trong chỉ dẫn nhờ thu (cover sheet).
Đối với phương thức tín dụng chứng từ, đây là phương thức phức tạp nhất trong các phương thức thanh toán quốc tế nhưng nó lại đảm bảo được tính công bằng cho tất cả các bên tham gia. Chính vì vậy đây cũng là phương thức đòi hỏi trình độ nghiệp vụ của cán bộ thực hiện nhiệm vụ này phải cao và có đủ khả năng tư vấn cho khách hàng của mình. Tuy nhiên do lực lượng cán bộ của Chi nhánh còn mỏng do vậy đôi khi đã không đáp ứng được nhu cầu này của khách hàng. Hơn nữa, biểu phí về dịch vụ thư tín dụng thương mại còn thiếu tính linh hoạt khi chỉ quy định một mức phí cứng nhắc cho mỗi dịch vụ. Chiết khấu bộ chứng từ còn gặp nhiều khó khăn, Chi nhánh quy định chiết khấu tối đa 95% giá trị bộ chứng từ với L/C trả ngay và 85% với bộ chứng từ có L/C trả chậm.