Bên cạnh những kết quả đạt đ−ợc, Sở giao dịch I- Ngân hàng Công th−ơng còn một số khó khăn tồn tại cần khắc phục, đó là:
Nguồn vốn huy động tuy lớn nh−ng cơ cấu ch−a hợp lý, thiêu tính ổn định. Nguồn tiền gửi thanh toán của các tổ chức kinh tế chiếm tỉ trọng lớn nh−ng luôn biến động, tiền gửi không kì hạn chiếm tỉ trọng caọ Nguồn tiền gửi dân c− t−ơng đối ổn định nh−ng cả năm không tăng.
Cơ cấu d− nợ cho vay đối với các doanh nghiệp vừa và nhỏ, doanh nghiệp t− nhân, cho vay tiêu dùng đã đ−ợc dịch chuyển theo h−ớng tích cực nh−ng tốc độ còn chậm, tỷ trọng d− nợ còn thấp, vốn tín dụng vẫn còn tập trung vào một số khách hàng là tổng công ty nhà n−ớc. Tỷ trọng cho vay có đảm bảo ch−a đạt nh− kế hoạch.
Các sản phẩm dịch vụ mới (sản phẩm thẻ) triển khai chậm, thiếu đồng bộ, phạm vi sử dụng của khách hàng còn ít, uy tín sản phẩm không caọ Các dịch vụ đang khai thác vẫn chủ yếu là các sản phẩm truyền thống, không có sự khác biệt trên thị tr−ờng. Tỷ trọng thu phí dịch vụ tuy có tăng song còn thấp so với tổng thu nhập, nguồn thu chủ yếu vẫn là khoản thu từ lãI đIều hoà vốn, đầu t− và cho vaỵ
Ch−ơng trình hiện đại hoá ngân hàng ch−a hoàn thiện và ổn định. Các sự cố kĩ thuật ch−a đ−ợc khắc phục kịp thờị Nhiều lúc giao dịch bị gián đoạn kéo dàI, khách hàng kêu ca nhiềụ
Trình độ năng lực đa số cán bộ tuy đ−ợc nâng lên nh−ng vẫn không đáp ứng đ−ợc yêu cầu phát triển. Số cán bộ có trình độ ngoại ngữ vi tính còn ít, do đó khả năng tiếp cận khai thác ch−ơng trình công nghệ mới phục vụ khách hàng bị hạn chế, công tác tiếp thị ch−a có hiệu quả.