Trong điều kiện sản xuất, dù cĩ vệ sinh sạch đến mấy cũng khĩ đảm bảo vơ trùng tuyệt đối, vì vậy cần phải dùng chất sát trùng để ngăn ngừa và hạn chế tạp khuẩn.
Cĩ thể dùng hĩa chất khác nhau nhƣ clorua vơi, formalin, fluosilicat natri. Tùy theo chất lƣợng của hĩa chất mà dùng nhiều hay ít, cốt sao hạn chế đƣợc phát triển của tạp khuẩn nhƣng khơng làm ảnh hƣởng xấu đến hoạt động của nấm men.Khi dùng formalin hay fluosilicat natri, nồng độ khơng vƣợt quá 0,02% so với dịch lên men.
Tùy theo tính chất và mức độ phân ly của mỗi acid mà tác hại của chúng lên nấm men sẽ khơng giống nhau.Ngồi ra, trong dịch đƣờng lên men luơn chứa một lƣợng furfurol, melanoidin, cũng gây ảnh hƣởng tới nấm men. Furfurol hạn chế khả năng nảy chồi và kích thƣớc tế bào, tạo ra các hạt trong khơng bào. Furfurol chứa nhiều trong mật rỉ cĩ thể làm giảm khả năng tạo rƣợu và tăng các tạp chất, giảm hoạt độ của maltase và zymase của nấm men.
Khi dịch chứa 4 – 6 triệu tế bào/ml thì 0,002% furfurol sẽ ảnh hƣởng xấu đến sinh trƣởng và sinh lý của dịch lên men; khi dịch lên men chứa 90 triệu / ml thì 0,006% furfurol mới ảnh hƣởng tới sinh lý nấm men.
Hàm lƣợng furfurol trong mật rỉ thƣờng vào khoảng 6 đến 8 g / 100 g chất khơ. Nếu mật rỉ pha lỗng tới 20 – 22% thì nồng độ sẽ khoảng 1,5 – 2,0 mg / 100ml (0,0015 – 0,002%). Trong điều kiện lên men với tỉ lệ men giống lớm hơn 10%, ảnh hƣởng của furfurol xem nhƣ khơng đáng kể.
Melanoidin cĩ ảnh hƣởng khơng giống nhau đối với các chủng men. Nĩ ảnh hƣởng xấu đến sinh sản của chủng B và IA, chỉ trong 12 giờ đầu đối với chủng r- 176 và r-202, melanoidin ảnh hƣởng suốt trong thời gian 24 giờ, số tế bào ít hơn 1,3 – 2 lần so với mơi trƣờng chứa 0,005 – 0,3g/100 ml. Caramela khơng bị hấp thụ trên bề mặt nấm men nhƣng với nồng độ 0,005% sẽ làm nhiều tế bào bị chết đi.