Lễ hội Chùa Thầy được tổ chức vào ngày 5,6,7 tháng 3 âm lịch, trong đó ngày 7 tháng 3 là hội chính. Lễ hội chính được tổ chức 5 năm một lần. Tương truyền, đó là ngày kị của thiền sư Từ Đạo Hạnh - ngày Thiền Sư vào hang Thánh Hóa trút xác đầu thai làm con vua Lý Nhân Tông, nối ngôi làm vua Lý Thần Tông. Hàng năm, cứ đến ngày 7 tháng 3, các thiện tín và du
khách bốn phương lại tấp nập kéo về dự hội Chùa Thầy. Những năm gần đây không chỉ ngày hội mà quanh năm đều có khách du lịch đến thăm rất tấp nập, đông nhất là 3 tháng mùa xuân, các hoạt động văn hóa và tín ngưỡng vẫn diễn ra đúng nghi lễ và vui vẻ. Không khí lễ hội thật náo nhiệt. Cờ phật được trang hoàng khắp nơi. Từ chùa Thượng, đến chùa Trung, chùa Hạ đâu đâu cũng vang tiếng gõ mõ, tiếng tụng kinh và khói hương nghi ngút.
Nghi lễ đầu tiên là lễ tắm tượng, được tiến hành trước ngày mồng 7-3 âm lịch. Tham dự lễ này là các nhà sư, tăng ni phật tử và đông đảo nhân dân. Trong hương khói nghi ngút, nước tinh khiết được đem tới trước bàn thờ. Nhà sư trụ trì cùng những người giúp việc lấy khăn vải đỏ sạch nhúng vào nước và lau cẩn thận tượng. Mọi hành động diễn ra hết sức tỉ mỉ, cẩn thận và trang nghiêm. Trong lúc lau, nhà sư cùng người giúp việc luôn lầm rầm niệm Phật. Tăng ni phật tử cùng nhân dân xung quanh đều chắp tay hướng về phía tượng nghiêm trang cầu khẩn.
Tắm Phật xong, người ta lau rửa luôn các đồ tế khí trên các ban thờ. Nước tắm Phật được vẩy ra khắp nơi như mưa của đức Phật để người khang vật thịnh. Chiếc khăn dùng tắm Phật được chia nhau về làm bùa cho trẻ nhỏ tránh khỏi những ma tà ám khí.
Tiếp đến là lễ cúng Phật và chạy đàn. Đây là một nghi lễ lớn, quan trọng nhất và gây ấn tượng nhất ở hội Chùa Thầy. Nghi lễ này là một diễn xướng có tính chất tôn giáo với sự phối hợp của các nhạc cụ. Các lễ vật chính được dâng lên ban thờ cùng hàng trăm lễ vật khác nhau của khách thập phương dự hội với đủ màu sắc của các loại hoa quả, oản, bánh, xôi… lung linh trong khói nhang và đèn nến. Người xem bị cuốn hút bởi sự hấp dẫn của nó như có một ma lực nào đó lôi kéo.
Sau đó các nhà sư với bộ áo cà sa sang trọng, tay cầm gậy hoa biểu diễn những bước múa lượn vòng tròn, bước nhanh, bước chậm thể hiện một
chuyến đi không ngừng của kiếp người để vươn tới điều cao đẹp. Trong khung cảnh như mờ ảo xa vời, các nhà sư vừa đi vừa múa hát theo dàn nhạc đệm và tiếng mõ tụng kinh.
Khách đến lễ hội Chùa Thầy mong muốn bày tỏ ước vọng của mình trước thần phật, cầu tiền, tài, phúc, lộc, cầu cho tai qua nạn khỏi và gặp nhiều may mắn trong năm mới. Sau khi làm lễ, các du khách hành hương còn tham quan các kiến trúc của chùa và các thắng cảnh tự nhiên như hang Thanh Hóa, hang Cắc Cớ, hang Hút Gió, nhà lưu niệm Bác Hồ…
Các hoạt động dành cho phần hội diễn ra hết sức sinh động, vừa mang tính giải trí vừa chứa đựng những yếu tố tâm linh, tín ngưỡng, lôi cuốn được nhiều người xem. Một trong những hoạt động giải trí, mang tính nghệ thuật cao là biểu diễn rối nước tại thủy đình, một kiến trúc sân khấu độc đáo chỉ dành cho loại hình nghệ thuật này, được xây dựng từ cách đây nhiều trăm năm, nằm giữa ao Rồng, phía trước chùa.
Nội dung của các vở diễn rối vẫn xoay quanh các chủ đề quen thuộc như “ đi cày”, “bắt vịt”, “ múa loan phượng”…Ngoài ra, người ta còn tổ chức thêm một số trò chơi dân gian như kéo co, đánh đáo, đấu vật…Du khách tham gia lễ hội còn có thể thưởng thức các món ăn dân dã như bún riêu cua, riêu cá, bánh trái địa phương và mua các hàng lưu niệm.
Du khách đến chùa không chỉ vì lý do tín ngưỡng, mà còn có nhu cầu thưởng ngoạn và muốn được tận hưởng vẻ thanh tịnh của cảnh chùa chiền. Đến với hội Chùa Thầy là đến với hội của du xuân và tình yêu đôi lứa
“ Gái chưa chồng nhớ hang Cắc Cớ Trai chưa vợ nhớ hội Chùa Thầy”